Princess Celestia convoca a Canterlot Twilight per un "test", che si rivela consistere nel recarsi all'Impero di Cristallo, per proteggerlo dall'ombra del malvagio unicorno Sombra. Dopo aver raggiunto Princess Cadance e Shining Armor, che si sono già recati sul posto, Twilight e le amiche scoprono grazie a un antico libro di storia che l'Impero può essere protetto grazie a una "Fiera del Cristallo", nella quale gli abitanti fanno rilucere in un "cuore di cristallo" la loro speranza, allontanando dalla regione i pericoli grazie al potere dell'artefatto. Twilight intaglia perciò un cristallo a forma di cuore e organizza una perfetta Fiera di Cristallo cui invita tutti gli abitanti dell'Impero, allo scopo di sconfiggere Sombra prima che la magia protettiva di Cadance si esaurisca; le cose si complicano quando le protagoniste scoprono che "Cuore di Cristallo" è il nome di un'antica reliquia, e non un nome generico, e che pertanto la cerimonia risulterà inutile senza il vero Cuore.

Cadance, sviene, causando la scomparsa della barriera che proteggeva l'Impero; Sombra si prepara ad attaccare la città. Twilight lascia alle amiche l'incarico di tenere occupati i pony di cristallo mentre lei cerca il vero Cuore di Cristallo. Ella trova la sala del trono e colpisce un cristallo con un incantesimo oscuro, rivelando una scala segreta che conduce a una porta; Twilight si ritrova faccia a faccia con Princess Celestia. L'arrivo di Spike, la risveglia da quella che si rivela un'illusione causata dalla porta, e i due si dirigono verso il Cuore di Crisallo. Twilight, riesce a salvare il Cuore di Cristallo e ad affidarlo a Spike. Sombra viene repulso dal potere del Cuore, che dota temporaneamente tutti i presenti di un aspetto brillante come quello di un cristallo. Infine, le sei amiche e Spike tornano a Canterlot, dove Twilight viene promossa nel test per aver dimostrato che le importava di più della sorte degli amici che della propria.

Non riuscendo a decidere con quale amica trascorrere il tempo, Pinkie Pie si reca a un magico laghetto sotterraneo in grado di creare un doppione di se stessa. Tuttavia, la situazione va fuori controllo quando i suoi doppioni iniziano a loro volta a immergersi nel laghetto e a duplicarsi. Dopo aver assistito all'invasione dell'intera città da parte dell'armata di doppioni, Twilight scopre un incantesimo in grado di farli sparire, ma per poterlo adoperare si trova nella necessità di discernere la vera Pinkie; su suggerimento della stessa Pinkie, raduna allora tutti i doppioni e li costringe a rimanere immobili a guardare asciugare un muro appena verniciato, con il monito che chi si fosse distratto sarebbe stato colpito dall'incantesimo. I doppioni iniziano pian piano a perdere interesse e a essere di conseguenza fatti sparire dalla magia di Twilight, l'unica che sentiva di non potersi permettere di fallire la prova e perdere di conseguenza le proprie amiche.

Le Cutie Mark Crusaders incontrano per la prima volta una cugina di Apple Bloom proveniente da Manehattan, Babs Seed, e la invitano a unirsi al loro gruppo in quanto fianco bianco; tuttavia, Babs Seed decide al contrario di schierarsi dalla parte di Diamond Tiara e Silver Spoon, iniziando a comportarsi in modo sgarbato nei confronti delle tre amiche. Le Cutie Mark Crusaders decidono allora di vendicarsi facendo salire Babs Seed su un carro da parata che avevano manomesso, ma quando Applejack racconta loro di come la pony sia stata vittima di bullismo a Manehattan per il fatto di non possedere ancora il cutie mark, si ravvedono immediatamente e riescono a salvarla; Babs Seed, a sua volta, ammette di aver cominciato con il piede sbagliato e diventa anch'essa una Cutie Mark Crusader.

Trixie fa ritorno a Ponyville con un potente talismano, per vendicarsi dell'umiliazione subita a causa di Twilight in occasione della sua prima apparizione in città. Dopo aver sconfitto Twilight in una dimostrazione di poteri magici, l'unicorno azzurra assume il controllo della città e ne bandisce la rivale. Dopo essersi allenata presso Zecora, Twilight viene raggiunta da Fluttershy da cui apprende l'identità dell'amuleto di Trixie. Sfidata Trixie a un secondo confronto, Twilight le mostra un amuleto che dichiara essere ancora più potente di quello dell'Alicorno, e sfoggia doti magiche superiori, finché questa le sottrae l'artefatto; dopo essersi tolta l'Amuleto dell'Alicorno per indossare l'altro, tuttavia, Trixie scopre che esso è privo di poteri, e che Twilight non ha fatto altro che adoperare alcuni stratagemmi per simulare le proprie magie.

Le Cutie Mark Crusaders partono per un campeggio assieme ad Applejack; Scootaloo, decisa a mostrarsi coraggiosa agli occhi di Rainbow, si finge indifferente alle storie d'orrore di quest'ultima. La notte successiva, ancora turbata dagli incubi, viene visitata in sogno e confortata da Princess Luna, che allo stesso tempo la avverte che gli incubi avrebbero avuto termine solo a patto che si decidesse ad affrontare la propria paura di apparire debole agli occhi di Rainbow Dash. Svegliatasi nel cuore della notte, Scootaloo viene messa in fuga da alcuni rumori, e finisce con il precipitare nelle rapide, per poi essere salvata all'ultimo momento da Rainbow Dash. Scootaloo le confessa allora di essersi spaventata per le sue storie dell'orrore, e Rainbow la consola ammettendo che ella stessa, da piccola, si era spaventata allo stesso modo, promettendole poi che si sarebbe fatta carico di prendersi cura di lei d'ora in avanti.

Rainbow Dash viene accettata nell'accademia di volo dei Wonderbolt, dove dà prova di grande abilità. Per questo motivo, al momento di dividere la squadra in coppie, la capitana dei Wonderbolt Spitfire decide di assegnare a Rainbow Dash il ruolo di spalla, e a Lightning Dust quello di capo. Inizialmente, Rainbow decide di mostrarsi all'altezza emulando le imprese più spericolate della compagna, ma in seguito, quando ciò finisce con il mettere in pericolo le proprie amiche, capisce che Lightning si sta comportando in modo sbagliato: presentatasi da Spitfire, dichiara che se essere Wonderbolt significa comportarsi in modo spericolato, ella non vuole averne a che fare, e annuncia di voler lasciare l'accademia. Spitfire, dicendosi d'accordo con Rainbow, toglie a Lightining il ruolo di capo e lo conferisce alla prima.

In occasione della tradizionale riunione di famiglia, Applejack si offre volontaria per occuparsi delle attività ricreative; tuttavia, nel tentativo di organizzare una riunione memorabile, finisce con il perdere di vista le cose importanti, e si concentra solo sul fatto che i pony svolgano attività di gruppo senza badare a cosa questi vogliano effettivamente fare: alla fine, il giro sul carretto da lei programmato non va come previsto e causa la distruzione della fattoria. Dopo un primo momento di disperazione per aver rovinato un evento tanto importante e per aver demolito la propria abitazione, Applejack s'ingegna nel proporre come attività la ricostruzione dell'edificio, che viene portata a termine rapidamente e in un clima di allegrezza da parte di tutti i membri della famiglia Apple, che riescono pertanto a scattare la tradizionale fotografia di gruppo davanti alla fattoria, e soprattutto a serbare un ricordo positivo e indimenticabile della giornata.

Dopo essere stato salvato da Applejack, Spike insiste nel saldare il suo debito mettendosi al servizio della sua benefattrice; quest'ultima, cede alle sentite richieste di Spike, che afferma di non poter fare a meno di onorare il proprio codice d'onore da drago, ma dopo i numerosi disastri provocati involontariamente dal draghetto durante vari incarichi, si rivolge alle amiche in cerca di aiuto. Alla fine, le sei protagoniste escogitano un trucco per fare in modo che Spike possa a sua volta salvare la vita a Applejack, viene interrotta dall'arrivo di veri lupi del legno, che finiscono con il mettere davvero in pericolo Applejack, finché questa non viene effettivamente salvata dall'intervento di Spike. In seguito, parlando con Applejack e le altre, Spike capisce di aver esagerato, e si ripromette di tenere a mente che un atto di cortesia è ciò che caratterizza un amico, e non è necessario ripagarlo a tutti i costi.

Spike, nell'intento di ottenere gemme per una grandiosa torta di pietre preziose, convince le protagoniste, in procinto di partire per l'Impero di Cristallo, ad affidare a lui la custodia dei loro animaletti durante la loro assenza. Sfuggitagli rapidamente di mano la situazione, tuttavia, Spike tenta inizialmente di scaricare l'impegno preso su Apple Bloom, Sweetie Belle e Scootaloo, cosa che però gli fa guadagnare solo qualche tempo prima che le Cutie Mark Crusaders perdano le speranze di guadagnare il cutie mark come pet-sitter e gli rendano l'onere. Tornati a Ponyville, Spike e compagnia riescono a sgattaiolare fuori dal treno senza che nessuno si accorga della loro presenza, e le protagoniste si complimentano con lui per l'ottimo lavoro svolto.

Con l'avvicinarsi dei Giochi di Equestria, esse sono state convocate dalla principessa Cadance. Arrivate al cospetto della principessa si viene a sapere che l'acconciatrice personale di Cadance, è malata. Rarity si offre per sostituire l'acconciatrice, mentre le altre partono per accogliere l'Ispettrice. Giunte alla stazione, scambiano una pony comune per l'Ispettrice, e la invitano a un tour del Palazzo, senza accorgersi che la vera Ispettrice è proprio dietro di loro. Rainbow Dash, memore della delusione provata anni prima all'annuncio che i Giochi non si sarebbero tenuti nella propria città come previsto, fa di tutto per mettere a proprio agio quella che ritiene essere l'Ispettrice. L'equivoco viene infine alla luce e, all'arrivo di Cadance, finalmente pronta, tutto sembra perduto. Per fortuna qui entra in scena la pony sconosciuta, che informa l'Ispettrice del caloroso benvenuto datole: l'Ispettrice, decide così di ospitare i Giochi di Equestria nell'Impero di Cristallo.

Poco dopo il suo risveglio, Twilight scopre con costernazione che i cutie mark delle sue amiche sono stati cambiati. Twilight si rende conto che il giorno prima, tentando di ottemperare alla richiesta di Princess Celestia di completare un antico incantesimo sviluppato inizialmente — senza successo — dal grande mago del passato Star Swirl il Barbuto, ella stessa aveva causato involontariamente il rimescolamento degli Elementi dell'armonia, con le conseguenze del caso. Twilight riesce a porre rimedio alla situazione e a far riscoprire a ciascuna il proprio vero destino. Twilight riesce a completare l'incantesimo e viene immediatamente trasportata al cospetto di Celestia in un luogo etereo; la principessa, le annuncia che è ormai pronta per compiere il suo destino, e grazie a un incantesimo trasforma il suo corpo in quello di un "alicorno". Tornate dalle amiche di Twilight, Celestia rivela loro che quest'ultima ha mostrato di essere degna di coprire il ruolo di principessa d'Equestria.