Der Weltfrieden steht auf der Kippe. Discord, Geist des Durcheinanders, entflieht seinem Stein-Gefängnis. Twilight und ihre Freunde müssen ihn mit den Elementen der Harmonie besiegen. Doch wo kann man sie finden?

Discord hat die sechs Freunde gespalten – somit sind die Elemente des Einklangs und der Harmonie nutzlos. Twilight muss die Freundschaften wieder aufflammen lassen, damit sie die Elemente einsetzen können.

Die super organisierte Twilight bricht in Panik aus als ihr eine wichtige Lektion in Sachen Freundschaft fehlt, ohne die sie ihren wöchentlichen Brief an Princess Celestia nicht schreiben kann.

Es ist Alptraum-Nacht! Alle in der Stadt feiern ausgiebig. Doch dann taucht Luna auf. Sie will ihr schauriges Image unbedingt aufbessern.

Sweetie Belle verleugnet ihre Schwester Rarity als Rarity sich weigert bei einem groben Tobespiel mitzumachen.

Apple Bloom bekommt endlich ihr Cutie Mark! Doch plötzlich hat sie ein zweites … und drittes … und ein Dutzend!

Die Ponys veranstalten mal wieder einen Pony-Lieblingstier-Spieltag. Dabei fällt Rainbow Dash auf, dass sie als einzige kein Lieblingstier hat. Um das zu ändern, veranstaltet sie einen Wettbewerb, mit dessen Hilfe sie das perfekte Lieblingstier für sich ermitteln will. Rainbow Dash hat hohe Ansprüche an ihr Lieblingstier und sie hat klare Favoriten. Bei der letzten Disziplin des Wettbewerbs, ein Rennen durch die schreckliche Schlucht, wird sie aber unter einem Stein eingeklemmt. Ihre super Kandidaten fliegen einfach davon und lassen sie zurück. Rainbow Dash glaub schon, für immer verloren zu sein. Doch dann kommt eine Schildkröte, die sie eigentlich schon lange nach Hause geschickt hatte, und rettet sie. Rainbow Dash erkennt, dass es auf die inneren Werte ankommt und ernennt die Schildkröte zu ihrem neuen Lieblingstier.

Rainbow Dash ist die Heldin Ponyvilles. Sie rettet sämtliche Ponys, die in Not sind. Sie lässt sich gern feiern, wird dadurch allerdings auch ziemlich eingebildet. Das bereitet ihren Pony-Freundinnen Sorge. Als plötzlich ein maskiertes Pony in Ponyville auftaucht, das es noch besser versteht, Ponys aus Gefahrensituationen zu retten, fühlt sich Rainbow Dash auf einmal gar nicht mehr so wichtig.

Rarity ist in Canterlot, um neue Stoffe für ihren Laden zu besorgen. Da Twilight ihr eine Suite im Schloss besorgt hat, möchte Rarity ihr zum Dank ein tolles Outfit für ihre Geburtstagsparty machen. Mit Einkaufstüten beladen, trifft Rarity plötzlich auf Fancy Pants, der sie zum Wonder Bolts Derby einlädt. Rarity will unbedingt zu der Schickeria Canterlots gehören und vernachlässigt dafür Twilights Geburtstagsoutfit. Sie sagt sogar Twilights Party ab, weil sie lieber einer schicken Einladung folgt. Ihre Freundinnen, die von alledem nichts wissen, überraschen sie in Canterlot und feiern dort Twilights Geburtstag, damit Rarity ihn nicht verpasst. Die ist zwischen beiden Partys hin und her gerissen bis ihr am Ende klar wird, dass die allerwichtigsten Ponys ihre besten Freundinnen sind.

Die sechs Ponys reisen nach Canterlot, um dort das alljährliche Historienspiel aufzuführen. Darin geht es um die Entstehung von Equestria. Die Ponys schlüpfen in historische Rollen und zeigen, dass die Erdponys, die Einhörner und die Pegasi vor langer Zeit zerstritten waren. Durch ihren gegenseitigen Hass breitete sich ein gewaltiger Schneesturm über ihrem Zuhause aus und die drei Stämme waren gezwungen, ein neues Heimatland zu finden. Beinahe hätten sie auch dieses durch ihren Hass wieder zerstört. Aber am Ende siegt dann doch die Harmonie und die drei Stämme leben glücklich zusammen in ihrem neuen Land, Equestria.

Die Bunt-Apfel Ernte steht bevor und Apple Boom soll zum Familientag in der Schule ihre Granny Smith mitbringen, damit sie einen Vortrag hält. Da Diamond Tiara Apple Bloom aber eingeredet hat, dass ihre Granny total peinlich ist, versucht Apple Bloom mit allen Mitteln zu verhindern, dass ihre Granny in die Schule kommte. Ihr Plan geht schief. Granny Smith erzählt aber die Geschichte der Bunt-Äpfel und der Gründung Ponyvilles, die die ganze Klasse begeistert. Apple Bloom wird wieder bewusst, wie besonders ihre Granny ist und macht mit ihr zusammen die Bunt-Apfel Marmelade.

Mr. und Mrs. Cake haben einen dringenden Auftrag zu erledigen und suchen händeringend nach einem Babysitter. Pinkie bietet sich an, aber erst, als alle anderen Ponys nicht können, darf sie die Verantwortung für die beiden Cake-Babys übernehmen. Daran hat sie schwer zu tragen, denn die Babys sind sehr anstrengend. Am Ende lernt Pinkie aber, mit den jungen Fohlen umzugehen und erkennt, dass es wirklich eine sehr verantwortungsvolle Aufgabe ist, auf Babys aufzupassen.

Applejack fährt zum Equestria-Rodeo-Wettkampf und ganz Ponyville unterstützt sie dabei! Applejack ist die Nummer Eins und wird bestimmt gewinnen! Das Preisgeld will sie zur Reparatur des Rathauses spenden. Die Ponys bereiten eine Überraschungs-Party zu Applejacks Heimkehr vor, doch sie kommt nicht. Die Pony-Freundinnen machen sich auf die Suche. Sie finden Applejack auf einer Kirschplantage. Offensichtlich will Applejack nicht über Ponyville oder den Wettkampf reden. Wie sich herausstellt, konnte sie nicht gewinnen und schämt sich, nach Ponyville zurückzukehren.

In Equestria ist Apfelsaft Saison und wie jedes Jahr, hat sich eine lange Schlange auf Sweet Apple Acres gebildet. Weil die Nachfrage für den Apfelsaft so groß ist, kriegt nicht immer jedes Pony etwas davon ab. Besonders Rainbow Dash ist frustriert, weil sie nie was von dem Saft abkriegt. Plötzlich tauchen Flim und Flam mit der Super Schnellen Saftpresse 6000 auf und versprechen, dass sie genug Apfelsaft für ganz Ponyville produzieren können. Applejack tritt mit ihrer Familie in einem Wettbewerb gegen die beiden an und setzt ihre Farm dabei aufs Spiel. Flim und Flam gewinnen den Wettbewerb und Sweet Apple Acres scheint verloren. Doch am Ende stellt sich raus, dass eben nicht die Quantität wichtig ist, sondern die Qualität. Und durch den Wettbewerb hat Sweet Apple Acres genug Apfelsaft für alle Ponys.

Rainbow Dash hat einen Unfall und muss ins Krankenhaus. Sie langweilt sich schrecklich. Twilight empfiehlt ihr einen spannenden Abenteuerroman. Rainbow aber weigert sich zu lesen. Sie ist schließlich eine Sportlerin und keine Schlaumeierin! Doch irgendwann ist es ihr so langweilig, dass sie das Buch doch zur Hand nimmt. Die Geschichte von Daring Do lässt sie nicht mehr los. Als Rainbow aus dem Krankenhaus entlassen wird, versucht sie alles, um an das Buch heranzukommen, denn sie hat es ja noch nicht zuende gelesen!

In Ponyville ist „Herz und Huf- Tag“. Apple Bloom, Sweetie Belle und Scootaloo erfahren, dass Miss Cheerilee kein ganz besonderes Pony hat, mit dem sie diesen Tag verbringen kann. Also beschließen sie, ihr eins zu suchen. Big McIntosh scheint das perfekte Pony für Miss Cheerilee zu sein, aber die beiden wollen nur gute Freunde sein. Um ihrem Glück auf die Sprünge zu helfen, brauen die kleinen Ponys einen Liebestrank zusammen, der sich aber als Liebesgift herausstellt. Big McIntosh und Miss Cheerilee haben nämlich nur noch Augen für einander und geben sich alberne Kosenamen. Die kleinen Ponys schaffen es aber, den Liebesbann zu brechen und lernen daraus, dass man die Liebe nicht erzwingen kann.

Pinkie lernt Cranky kennen, der neu nach Ponyville zieht. Sofort bietet sie ihm ihre Freundschaft an, dieser hat daran aber offensichtlich kein Interesse und will allein sein. Pinkie lässt nicht locker und hilft ihm, seine Sachen auszupacken, dabei zerstört sie ein Album mit alten Erinnerungen und verspielt sich ihre letzte Chance auf eine Freundschaft mit Cranky. Doch Pinkie gibt nicht auf. Sie hat in Crankys Erinnerungen etwas entdeckt, womit sie ihm eine riesige Freude machen kann.

Fluttershy kann sich nicht durchsetzen und besucht deshalb ein Selbstbehauptungs-Seminar bei Iron Will . Dadurch verändert sie sich und wird so selbstbewusst, dass sie nicht merkt, dass sie andere Ponys mit ihrer Art verletzt. Als es ihr bewusst wird, zieht sie sich zurück. Doch Rarity und Pinkie geben die Freundschaft zu ihr nicht auf. Als Will kommt, um sein Geld einzutreiben, schafft es Fluttershy, ihm auf höfliche, aber selbstbewusste Art zu erklären, warum sie für das Seminar nicht bezahlen will.

Twilight bekommt Besuch von der Zukunfts-Twilight. Diese möchte sie vor irgendetwas warnen, doch sie wird in die Zukunft zurück gesogen, bevor sie ihren Satz beenden kann. Daraufhin glaubt Twilight, dass eine große Katastrophe bevorsteht, vor der sie die Zukunfts-Twilight warnen wollte. Twilight versucht alles, um jede Katastrophe zu verhindern, die in der Zukunft passieren könnte. Doch egal, was sie macht, es gibt immer mehr Anzeichen dafür, dass sie die Zukunft nicht verändert hat. Twilight glaubt, dass sie die bevorstehende Katastrophe nur verhindern kann, wenn sie die Zeit anhält. Deswegen schleicht sie sich mit Pinkie Pie und Spike in die Archive von Canterlot, um dort den richtigen Zauberspruch zu finden. Sie finden ihn aber nicht rechtzeitig und Twilight merkt, dass keine Katastrophe passiert und nimmt sich vor, sich nicht mehr wegen allem so viele unnötige Sorgen zu machen.

Während der großen Drachenwanderung macht sich Spike auf den Weg, um sich seinen Artgenossen anzuschließen. Er will nach seinem eigentlichen Ich suchen und hofft, bei den Drachen Antworten auf seine Fragen zu finden. Die Ponys lassen ihn zwar ziehen, folgen ihm aber. So können sie ihn vor den rüpelhaften Spielen der Drachen schützen und am Ende sogar retten. Spike beschließt, lieber bei den Ponys zu bleiben, denn dort fühlt er sich aufgehoben und sicher.

Die Pegasi sind dafür verantwortlich, dass ganz Equestria mit Regenwasser versorgt wird. Dafür schaffen sie einen Tornado, der das gespeicherte Wasser von der Erde hoch nach Cloudsdale transportieren soll. Rainbow Dash für die Pegasi an und trainiert hart mit ihnen, weil sie zusätzlich auch noch den Tornado Windgeschwindigkeitsrekord brechen wollen. Alle Pegasus Ponys werden in die Pflicht genommen, nur Fluttershy will nicht mitmachen, weil sie keine gute Fliegerin ist und früher dafür gehänselt wurde. Am großen Tag des Tornados fehlen aber einige Ponys, weil sie die Federgrippe haben. Die Pegasi können so unmöglich einen neuen Rekord aufstellen, sie schaffen es sogar kaum, einen Tornado zu erzeugen, der stark genug ist, um das Wasser nach Cloudsdale zu transportieren. In letzter Sekunde eilt Fluttershy zur Hilfe und fliegt so schnell wie noch nie. Der Tornado befördert das Wasser nach Cloudsdale und Fluttershy hat endlich ein bisschen Selbstvertrauen erlangt.

Sweetie Belle, Apple Bloom und Scootaloo haben immer noch nicht ihren Schönheitsfleck. Also versuchen sie ihn sich zu verdienen, indem sie Journalistinnen werden. Bei der Schülerzeitung wird aber Tiara zur Chefredakteurin ernannt, die die drei ganz schön unter Druck setzt. Sweetie Belle, Apple Bloom und Scootaloo schreiben eine Klatschkolumne unter dem Decknamen „Gabby Gums“. Dort verbreiten sie Gerüchte und Geheimnisse über alle möglichen Ponys und verletzen sie damit sehr. Am Ende kommt raus, dass die drei hinter „Gabby Gums“ stecken und all ihre Freundschaften gehen kaputt. Um es wieder gut zu machen, schreiben sie, als letzte Veröffentlichung, einen offenen Brief an Ponyville, in dem sie sich bei allen entschuldigen. Und Tiara wird durch Featherweight als Chefredakteur der Schülerzeitung ersetzt.

Die Ponys wollen für die Cakes eine große Torte mit dem Zug nach Canterlot bringen, weil dort ein nationaler Nachtischwettbewerb stattfindet. Im Zug treffen sie auf drei andere Bäcker, die ebenfalls an dem Wettbewerb teilnehmen wollen. Jeder glaubt, dass sein Nachtisch der beste ist. Pinkie misstraut den anderen Bäckern und will deswegen die Torte die ganze Nacht bewachen. Sie schläft aber ein und als sie aufwacht, ist die Torte angefressen. Und auch die anderen Nachtische wurden angefressen. Pinkie begibt sich mit Twilight zusammen auf die Suche nach dem Täter. Pinkie glaubt schnell, den Täter gefunden zu haben, aber durch Twilights Spurensuche finden sie die wahren Täter. Pinkie lernt, dass man erst jemandem die Schuld für etwas geben darf, wenn man auch Beweise dafür hat.

Twilight weiß nicht so recht was sie davon halten soll, dass ihr Bruder Shining Armor vor hat Mi Amore, die Nichte von Celeste, zu heiraten.

Twilight rettet ihren Bruder und alle Ponys indem sie Mi Amore befreit und Queen Chrysalis besiegt. Chrysalis hat sich Mi Amores Aussehen angeeignet um die Weltherrschaft an sich zu reißen.