Twilight Sparkle, un unicorno antisociale, viene a conoscenza di una profezia che afferma che la malvagia Nightmare Moon tornerà durante l'imminente Festa Del Sole D'Estate dopo mille anni di prigionia nella luna. Twilight cerca di mettere in guardia Princess Celestia, il suo mentore, del pericolo imminente, ma la principessa la manda a Ponyville per controllare i preparativi per la celebrazione, e fare amicizia con i pony lì. Twilight incontra riluttante i cinque pony che si occupano dei preparativi: Applejack, Rainbow Dash, Rarity, Fluttershy e Pinkie Pie. Il giorno della celebrazione, Nightmare Moon appare al posto di Princess Celestia annunciando la notte eterna

Dopo che Nightmare Moon decreta la notte eterna, Twilight Sparkle, e le sue nuove amiche, si avventurano in profondità della Everfree Forest per trovare Gli Elementi Dell'Armonia, una serie di artefatti usati per sconfiggere Nightmare Moon in passato. Nightmare Moon crea ostacoli per fermare le sei pony, ma ciascuna delle amiche di Twilight aiuta il gruppo a superarli usando i suoi punti di forza. Una volta trovati gli Elementi, appare Nightmare Moon e li frantuma. Twilight capisce che lei e i suoi nuovi amici incarnano i sei Elementi: Onestà (Applejack), Gentilezza (Fluttershy), Gioia (Pinkie Pie), Generosità (Rarità), Lealtà (Rainbow Dash) e Magia (Twilight Sparkle) e le sei pony li usano per sconfiggere Nightmare Moon, riportandola alla sua forma originale, la sorella minore di Princess Celestia, Princess Luna. Princess Celestia riappare e perdona Luna, e ordina a Twilight di rimanere a Ponyville per continuare a studiare la magia dell'amicizia.

Applejack, non potendo contare sull'aiuto del fratello infortunato, decide di affrontare da sola la raccolta annuale delle mele. Il duro lavoro mette alla prova le sue abitualmente rinomate capacità, causando incidenti di varia natura ai cittadini di Ponyville; Twilight, dopo aver invano offerto il proprio aiuto all'orgogliosa Applejack - determinata a dimostrare a tutti di potercela fare da sola - si spazientisce e si reca da lei un'ultima volta, decisa a far valere le proprie ragioni. Questa volta Applejack, ormai stremata dal troppo gravoso incarico e consapevole dei problemi da lei causati agli altri pony, accetta di buon grado l'aiuto delle amiche, e riesce finalmente a completare la raccolta delle mele.

Pinkie e Rainbow Dash scoprono di avere in comune la passione per le burle, e iniziano a farne di tutti i colori; un giorno, recatasi da Rainbow per organizzare altri scherzi, Pinkie la trova in compagnia di una grifone, Gilda, un'ex-compagna di Rainbow Dash al campo di volo. Pur comportandosi amichevolmente con Dash, Gilda si dimostra ostile nei confronti di Pinkie e degli altri pony, finché Pinkie decide di reagire a suo modo: organizzarle una festa di benvenuto. Gilda, già insospettita dall'insolita reazione di Pinkie, cade in preda all'esasperazione dopo esser stata vittima di una serie di scherzi, e accusa il pony di aver ordito quel party per farle fare una figuraccia; Rainbow Dash, prendendo le difese di Pinkie Pie, rivela però a un'incredula Gilda di aver preparato ella stessa tutte quelle burle, e la caccia per il suo cattivo comportamento nei confronti delle sue nuove amiche.

A Ponyville arriva "la grande e formidabile Trixie" e si vanta di essere il pony più magico di tutta Equestria, guadagnandosi l'antipatia delle amiche di Twilight. Sfidando gli altri pony a dimostrare di essere migliori di lei, Trixie arriva a umiliare gli altri pony sabotando le loro esibizioni con la magia; Twilight invece, temendo il risentimento delle amiche, si astiene dallo sfoggiare le proprie doti magiche. Avendo sentito Trixie vantarsi di essere riuscita una volta a battere una terribile Ursa Major, Snips e Snails decidono di andare a risvegliarne una nella speranza di assistere a una spettacolare battaglia magica, ma scatenano involontariamente la bestia su Ponyville mettendo alle strette Trixie, che si rivela una bugiarda. Solo l'intervento di Twilight calma le bestia. Twilight, dopo aver confessato di non aver usato la magia per timore d'essere considerata una sbruffona al pari di Trixie, viene rassicurata dalle amiche. Umiliata, Trixie scappa via.

Twilight e le sue amiche hanno il compito di risvegliare un grosso drago, addormentato in cima a una montagna, il cui russare produce un fumo che minaccia di oscurare Ponyville. Il gruppo si organizza per la missione, ma si trova ad avere delle difficoltà a causa di Fluttershy che, in preda al terrore, rallenta la salita rifiutandosi di volare e causando persino una frana. Solo una volta arrivati in cima Fluttershy confessa di avere una paura enorme dei draghi, scombinando così i piani di Twilight che contava sulla sua bravura con gli animali per tentare di parlamentare col drago. Twilight, Rarity e Pinkie Pie cercano inutilmente di convincere il drago, finché Rainbow Dash non lo colpisce sul muso causandone l'ira. Vedendo le amiche in pericolo, Fluttershy si fa coraggio e affronta il drago muso a muso, arrivando addirittura a farlo piangere e convincedolo ad andare a dormire da un'altra parte.

Durante un temporale, Twilight invita Applejack e Rarity a casa sua per un pigiama party. Nonostante le due non vadano molto d'accordo, decidono di accettare per ripararsi dall'acquazzone e per non deludere le aspettative di Twilight; questa, eccitata per il suo primo pigiama party, inizia a seguire passo passo i consigli di un manuale, ma i continui battibecchi tra le due ospiti finiscono con il rovinare la festa. Quando però un albero, colpito da un fulmine, precipita sulla casa, le due pony si decidono a scusarsi l'un l'altra per la propria inimichevole condotta, e collaborano per sgombrare la casa di Twilight.

La misteriosa zebra Zecora, viene considerata una strega ed evitata da tutti gli abitanti di Ponyville. Mentre Twilight cerca inutilmente di convincere le amiche dell'infondatezza dei loro pregiudizi, la piccola sorella di Applejack, Apple Bloom, segue Zecora nella foresta. Quando Applejack e le altre vanno a recuperarla, Zecora si rivolge a loro in modo enigmatico, e il dì seguente le sei amiche manifestano bizzarri cambiamenti nel proprio corpo. Apple Bloom, sentendosi in colpa, si reca nella foresta in cerca di Zecora, costringendo gli altri pony ad andare di nuovo a cercarla, e, vedendo la dimora della zebra e assistendo ai suoi esotici rituali, persino Twilight arriva a credere che si tratti di una strega; tuttavia, dopo aver fatto irruzione in casa sua, Twilight e le altre scoprono che Zecora è semplicemente un'esperta delle proprietà delle piante. Chiarite le cose, fanno tutti ritorno a Ponyville.

Twilight è indaffarata con i preparativi per la visita di Princess Celestia. Fluttershy trova uno strano esserino ai confini dell'Everfree Forest, e quando fa per mostrarlo alle amiche si accorge che ne sono apparsi altri come dal nulla. Rarity, Rainbow e Twilight, si affrettano ad adottarne uno ciascuna. Ben presto i paraspiritelli si dimostrano capaci di moltiplicarsi rapidamente e cominciano a creare problemi: Twilight e le altre tentano, senza successo, di riportarli nella foresta, mentre Pinkie continua a chiedere invano il loro aiuto nella ricerca degli strumenti. Ponyville si trova così nel caos ed è Pinkie Pie a salvare la situazione: i paraspiritelli, infatti, seguono la polka da lei suonata fino a fuori la città e nella foresta; giusto in tempo per la visita di Celestia, che si congratula con Twilight per quella che crede una parata in suo onore.

Twilight Sparkle vuole partecipare alla annuale cerimonia di "Chiusura dell'Inverno" di Ponyville, cioè i lavori - tradizionalmente svolti senza l'uso di magia - per il passaggio dall'inverno alla primavera. Ogni pony è organizzato in diverse squadre, ognuna con una mansione diversa: chi si occupa di sgombrare i cieli e riportare a casa gli uccelli migratori, chi di liberare il terreno dalla neve e seminare, chi di svegliare gli animali dal letargo e chi di rompere il ghiaccio del lago. Purtroppo, i tentativi di Twilight sono un disastro dietro l'altro e l'unicorno finisce per farsi scoprire mentre si aiuta con la magia. Sconsolata per la propria inadeguatezza, Twilight si accorge però che le diverse squadre non fanno che ostacolarsi a vicenda rallentando così i lavori; l'unicorno decide quindi di mettere la sua capacità organizzativa al servizio degli altri pony, e i lavori vengono portati a termine in tempo per la prima volta da ann

Dopo aver visto un altro pony guadagnare il suo cutie mark, Apple Bloom diventa preoccupata del fatto di non riuscire a trovare il suo talento nascosto, sentendosi così isolata dalla sue compagne. Per paura di essere presa in giro alla festa di Diamond Tara e Silver Spoon, Apple Bloom chiede aiuto a sua sorella e alle sue amiche per ottenere in fretta il cutie mark prima della festa. Ma ogni tentativo si rivela infruttuoso e il piccolo pony si ritrova alla festa cercando di coprire il suo "fianco bianco". Scoperta, la piccola si trova a essere difesa dalle contumelie di Diamond Tiara da altre due pony, Scootaloo e Sweetie Belle, anch'esse "fianchi bianchi"; divenute subito amiche, le tre fondano il gruppo delle Cutie Mark Crusaders ("crociate del cutie mark") con lo scopo di scoprire i loro talenti nascosti.

Quando Applejack batte Rainbow Dash al lancio dei ferri di cavallo, quest'ultima non riesce ad accettare la sconfitta e sfida Applejack a una serie di sfide fisiche per dimostrare chi dei due sia il pony più atletico; ha così luogo una gara di "pony-resistenza" (Iron Pony Competition). Quando Rainbow Dash è accusata di barare per aver fatto ricorso alle ali, Applejack la sfida a partecipare alla "Corsa delle Foglie" - annuale maratona in cui i pony corrono attraverso una foresta allo scopo di far cadere più rapidamente le foglie secche autunnali - senza adoperare le ali. Anche Twilight decide di partecipare; le due pony si fanno prendere eccessivamente dalla competizione e arrivano a barare entrambe. Alla fine, a causa del loro modo di gareggiare, le due si posizionano ultime, e all'arrivo di Celestia comprendono il proprio errore e se ne scusano.

Rarity decide di creare i vestiti per tutte le sue amiche da indossare al Gran Galà Galoppante, e tenere una sfilata di moda per presentarli. Tuttavia, dopo aver constatato che i suoi primi modelli non risultano molto graditi alle amiche, Rarity li modifica cercando di assecondare tutte le loro richieste pur di far loro piacere. I modelli che ne vengono fuori sono orribili e la sfilata si rivela un fallimento, e causa un duro colpo alla sua carriera, dal momento che vi assiste anche il rinomato critico di moda Hoity Toity. Capendo di aver esagerato, Twilight e le altre realizzano un vestito per Rarity seguendo i suoi bozzetti iniziali. Successivamente, esse mettono in piedi una seconda sfilata personale per Hoity Toity, mostrandogli i vestiti originali che Rarity aveva concepito per loro, ottenendo così i suoi elogi per la bravura di Rarity.

Twilight viene a sapere che Pinkie Pie ha una capacità insolita nel prevedere degli eventi nell'immediato futuro a partire da diverse combinazioni di gesti involontari del suo corpo. A un certo punto, Pinkie avverte che sta per succedere un fatto "straordinario" (doozy) al Quartiere delle Rane e, dato che Fluttershy si trova lì, raggiunge il posto insieme a Twilight, Spike e Applejack. Dopo aver trovato Fluttershy, il gruppo viene attaccato da un'idra da cui riescono a salvarsi in maniera rocambolesca. Quando Pinkie rivela però che non era l'idra l'avvenimento straordinario, Twilight monta su tutte le furie, per poi darsi per vinta e accettare il fatto che Pinkie possiede della capacità inspiegabili: a quel punto, Pinkie capisce che il fatto straordinario da lei presagito era proprio l'accettazione da parte di Twilight di questa sua abilità.

Rainbow Dash è nervosa per via della sua prossima partecipazione alla gara, che si tiene a Nuvola City, come migliore giovane aviatrice; gara che prevede per chi vince una giornata insieme ai Wonderbolts. Rainbow Dash punta a stupire tutti usando l'arco-boom sonico, ma non riesce a ricrearlo negli allenamenti. Per non lasciare solo Fluttershy a sostenerla, Twilight e le altre raggiungono la città tramite gli incantesimi dell'unicorno. A causa di uno di essi a Rarity crescono delle bellissime ali da farfalla che attirano l'attenzione di tutti i pegasus pony e la sua vanità la porta a partecipare anche lei alla gara facendo così ancora più innervosire Rainbow Dash. Durante la gara però Rarity esagera e le ali si sciolgono e solo l'intervento di Dash la salva (insieme ai Wonderbolts che avevano tentato di intervenire) riuscendo a compiere un arco-boom sonico e vincendo così la gara.

Quando Rarity si trova sommersa di lavoro, Fluttershy si offre di ospitare le Cutie Mark Crusaders per un pigiama party convinta che sarà facile prendersi cura di loro come fa di solito con gli animali. Una volta arrivate a casa, Fluttershy però scopre che non è semplice dato che le tre piccole pony sono molto esuberanti ed arrivano a far svegliare tutte le galline quando cerca di farle dormire. Scoperto che una delle galline si è inoltrata nella Everfree Forest, le Cutie Mark Crusaders la seguono in cerca di avventure. Fluttershy, svegliatasi poco dopo a causa del troppo silenzio, le segue e trova la sua amica Twilight completamente pietrificata capendo che c'è in giro la coccatrice (un mostro metà drago e metà gallina che pietrifica con lo sguardo). Il mostro attacca infatti il trio di pony e solo l'intervento di Fluttershy le salva sconfiggendo il mostro con il suo "Sguardo", un'occhiataccia che fa obbedire ogni creatura, e costringendolo anche a liberare Twilight.

Applejack regala alle Cutie Mark Crusaders la sua vecchia casa sull'albero che le tre trasformano nel loro quartier generale. Il trio di pony ricomincia così con i suoi tentativi di ottenere il cutie mark, ma ognuno si rivela un fiasco dietro l'altro. Le tre decidono allora di iscriversi allo show per giovani talenti realizzando un numero musicale. Ognuna di esse però, nella preparazione, finisce per fare quello per cui è portata un'altra: Scootaloo il canto, Sweetie Belle le scenografie ed Applebloom la danza. Il loro numero musicale si rivela un fiasco, ma viene scambiato per un numero comico che gli vale comunque un premio che fa credere alle tre di essere portate per la commedia. Così continuano a non rendersi conto dei loro talenti nonostante Twilight cerchi di far loro capire commentando alla fine che c'è ancora tempo.

Quando Rarity va a cercare dei gioielli (con l'aiuto di Spike) per adornare dei vestiti che le hanno ordinato, viene rapita da un gruppo di cani conosciuti come i "Cani Stana-diamanti" attirati dalla capacità dell'unicorno di scovare i diamanti nel sottosuolo. Non riuscendo a salvarla, Spike avverte Twilight e le altre e nonostante le difficoltà riescono ad entrare nelle grotte utilizzando un gioiello come esca. Nel frattempo Rarity viene costretta a lavorare come schiava dei tre cani, ma le sue continue lamentele e piagnistei finiscono per far impazzire i suoi rapitori. Quando alla fine arrivano le altre, dopo avere sconfitto le guardie, sono gli stessi cani a ridare loro Rarity insieme a tutti i diamanti trovati nel frattempo dimostrando così che non è così indifesa come sembra.

Sapendo che una famosa fotografa di moda, Photo Finish, verrà a fare un servizio fotografico nel suo negozio, Rarity convince Fluttershy a farle da modella, sperando così in un trampolino di lancio per diventare una stilista di alta classe. Tuttavia Photo Finish mostra molto più interesse verso la pegaso che verso Rarity, scatenando la gelosia di quest'ultima. Fluttershy diventa rapidamente molto famosa grazie alla sua graziosità. Nel frattempo Twilight Sparkle, con l'aiuto di Pinkie Pie che salta fuori sempre all'improvviso a controllarla, cerca di mantenere tutti i segreti a lei affidati. Rarity nasconde la sua gelosia incoraggiando Fluttershy a continuare a fare la modella; Fluttershy nel profondo odia essere una modella a causa del suo successo e continua a farlo solo su richiesta di Rarity, e Spike ha una cotta per Rarity. Al termine della puntata, le due amiche si riconciliano e Fluttershy finalmente rinuncia alla carriera mentre Twilight si lascia scappare il "segreto" di Spike.

Le sei pony sono in viaggio per trasportare Bloomberg, l'albero di mele preferito di Applejack, alla cittadina di frontiera Appleloosa. Tuttavia durante il tragitto una mandria di bisonti attacca il treno, coinvolgendo così le sei amiche in una controversia tra i pony coloni e i bisonti, che sostengono di essere nativi di quella terra. Sembra che i pony, infatti, si siano appropriati dei territori di calca su cui i bisonti erano soliti correre ogni anno da generazioni. La situazione si fa critica quando il capo dei bisonti Zoccoli Tonanti decide che il giorno dopo, la sua mandria correrà attraverso il meleto, distruggendolo se i pony non l'avranno già tolto, e da lì alla cittadina, devastandola. Appleloosa si prepara così al contrattacco. Tuttavia, al termine dell'episodio, pony e bisonti giungono ad un compromesso: i bisonti permetteranno al meleto di restare a patto di una parte della frutta.

Nel corso di una visita di Princess Celestia all'Angolo Zuccherino, Fluttershy incontra Filomena, l'uccellino domestico della principessa, e, vedendola in uno stato di salute pietoso, decide di portarsela a casa senza farsi notare, sperando così di curarla. Tuttavia ogni metodo adottato da Fluttershy si rivela inutile, in quanto Filomena è impossibile da trattare. Persino con l'aiuto di Twilight, molto meno pietosa della pegaso gialla, l'uccellino si ostina a peggiorare sempre di più e scappa via dalle due pony. Le cose si complicano quando Celestia e le Guardie Reali si accorgono che Filomena è sparita. Quando poi sia le Guardie che le due amiche assistono alla morte di Filomena, la situazione si fa critica. Tuttavia, Celestia rassicura l'unicorno e la pegaso dicendo che Filomena in realtà è una fenice, e come tale ogni tanto si trasforma in cenere e poi risorge più bella che mai.

Dopo averne provate di tutti i colori per cercare di ottenere i loro Cutie Mark, le Cutie Mark Crusaders, sotto decisione di Scootaloo, decidono di ascoltare la storia di come Rainbow Dash abbia ottenuto il suo Cutie Mark, sperando di poterne trarre ispirazione. Durante la strada, s'imbattono anche nelle amiche della pegaso azzurra, venendo così a conoscenza anche delle loro storie. Ognuna di esse era all'apice del loro sogno ma qualcosa stava per andare storto ad ognuna di loro, ma poi, un Arcoboom Sonico ha provocato un effetto a catena che ha portato le ragazze a ottenere i loro Cutie Mark. Giunte da Rainbow Dash, si scopre che fu lei l'artefice dell'Arcoboom e che anche lei ottenne il cutie mark in quel momento.

Spike è l'assistente numero 1 di Twilight Sparkle, come l'unicorno lo definisce, però è ancora un cucciolo, e pertanto non può svolgere tutti i compiti che gli assegna Twilight dato che ha bisogno di riposarsi. Così l'unicorno viola stringe amicizia con Gufolisio, un gufo conosciuto durante una notte. Spike, già preoccupato a causa del fatto di aver accidentalmente distrutto un libro della pony, comincia a temere che Gufolisio voglia prendere il suo posto. Arriva così ad inscenare qualcosa per incastrare il gufo, ma Twilight non se la beve, e Spike si mette così in testa che la pony non gli voglia più bene. Il draghetto scappa via rifugiandosi in una grotta dove però viene attaccato da un drago enorme. Spike viene salvato appena in tempo da Twilight e Gufolisio e l'unicorno gli spiega che nessuno potrà mai prendere il suo posto e Spike fa pace anche con il gufo.

Il giorno dopo aver celebrato il primo compleanno di Gummy, il suo alligatore, Pinkie Pie invita tutte le sue amiche ad una "Festa di Dopo-Compleanno", tuttavia ognuna declina inventandosi delle scuse per non parteciparvi. Dopo aver preso parte ad una missione di spionaggio, Pinkie Pie comincia a credere all'idea che nessuna delle altre cinque pony voglia essere più sua amica, e fa emergere il lato ombroso della sua personalità arrivando a fare una festa per conto suo con degli amici immaginari. Alla fine, però, si scopre che le altre evitavano Pinkie Pie perché le stavano organizzando una festa a sorpresa per il suo compleanno di cui si era dimenticata. Il pony rosa ritorna così nel suo stato normale e si scusa con le amiche per aver dubitato di loro.

La notte del Gran Galà Galoppante è arrivata, e Twilight Sparkle e tutte le sue amiche vi partecipano sperando di realizzare i propri sogni. Rarity si augura di trovarvi il suo principe azzurro, Rainbow Dash di poter passare del tempo coi Wonderbolts, Applejack di poter vendere i suoi prodotti a base di mele, Fluttershy di poter fare amicizia con tutti gli animaletti del giardino di Canterlot e Pinkie Pie di realizzare un grande party, mentre Twilight spera di poter parlare un po' da sola con Celestia. Tuttavia le cose non vanno esattamente come previsto, e la situazione scivola inarrestabilmente verso il caos più totale. Al termine dell'episodio, Celestia confida alle altre che l'averle invitate era un modo per rendere più vivace il formale Galà, a lei noiosissimo.