Quand la carte devient plus grande pour représenter le monde au-delà d'Équestria, il faut trouver un moyen de transmettre l'amitié le plus largement possible. Heureusement, Twilight Sparkle sait quoi faire : ouvrir une école de l'amitié.

Après que son école se retrouve portes closes, Twilight Sparkle doit réunir ses étudiants, donner de l'inspiration à ses amis et écraser les règles pour ce qui lui paraît juste : que toutes les créatures, poneys ou non, aient le droit d'apprendre l'amitié ensemble.

Twilight découvre qu'il existe une autre école d'amitié. Elle et Rarity vont y enquêter et découvrent que Tourbillon Étoile, un pilier d'Équestria, est inscrit dans cette école.

La magie d'Équestria est en train de disparaître sans raison, Twilight se met en quête de réponses avec ses amis tout en laissant l'école de l'amitié derrière elle. Cela laisse la porte ouverte pour une attaque venant d'un esprit malin...

Tandis que Twilight et ses amis tentent d'échapper à Tartarus, Cozy Glow manigance dans l'ombre afin de prendre le contrôle de l'école de l'amitié avec pour seul barrage les élèves de Twilight et les Chercheuses de talent !