Nella prima puntata della sesta stagione, Alvarez e Schillinger escono dall'isolamento e tornano tra i detenuti comuni. Intanto, l'umore a lutto di Rebadow si solleva quando è trasferito in biblioteca e incontra la nuova bibliotecaria, Stella Coffo.

L'arrivo inaspettato del sindaco Loewen a Oz scatena una svolta ironica per Schillinger e Beecher. Intanto, la dott.essa Nathan scopre che i detenuti in isolamento si stanno ammalando. L'idea di un nuovo business a Oz ispira Redding.

Schillinger ha un incontro deludente con il sindaco Loewen. Glynn deve affrontare la verità sul problema tossicologico a Oz. In isolamento, Brass passa del tempo con Morales. Intanto, Cyril O'Reily è sottoposto a una terapia inusuale.

Glynn riceve notizie contrastanti sul problema tossicologico. Intanto, la relazione tra Rebadow e la bibliotecaria Stella subisce un intoppo, Keller e Beecher trovano un accordo e Robson finalmente si riscatta.

Ognuno al Paradiso ha un'opinione diversa sul nuovo detenuto, Idzik. Intanto, Alvarez riceve delle notizie sconvolgenti, Murphy fa una confessione a Glynn e Beecher si trova in una posizione scomoda per la sua devozione nei confronti di Keller.

Il nuovo detenuto Idzik affronta i suoi nemici e chiede il trasferimento. Intanto, il caso Loewen si complica sempre di più, i Musulmani hanno problemi d'affari e la popolazione carceraria si dà da fare per sostenere gli O'Reily.

Nella puntata finale, Oz è in agitazione per il ritorno di Martin Querns. Intanto, Howell e Robson ricevono brutte notizie e gli O'Reily provano a fare ammenda. Finalmente, la rappresentazione di "Macbeth" termina con un atto finale sbalorditivo.