Emerald City, der ungewöhnliche Resozialisierungstrakt des Hochsicherheitsgefängnisses Oz, öffnet nach 24 Stunden Komplettverriegelung wieder seine Stahltüren. Die Gefängnisleitung bemüht sich, die Feindseligkeiten zwischen den Häftlingen künftig besser in den Griff zu bekommen. Erzielt ihr Kampf gegen Gewalt hinter Gittern Fortschritte oder sind ihre Bemühungen vergebens?

Die afroamerikanischen Häftlinge von Oz machen Wärter-Chef Tim McManus dafür verantwortlich, dass der Resozialisierungsflügel Emerald City völlig aus dem Ruder läuft. Wegen seines fehlerhaften und launischen Verhaltens erhält McManus von Leo Glynn die Kündigung.

Der entlassene Wärter-Boss Tim McManus erfährt von Häftling Simon Adebisi, dass dieser eine Waffe vom ehemaligen ersten Offizier Clayton Hughes bekommen hat. Wurde Abebisi beauftragt, Glynn zu töten?

Die Rehabilitationsstation Emerald City bekommt einen neuen Bereichsleiter. Martin Querns Methoden, um auf dem Flur für Recht und Ordnung zu sorgen, sind nicht gerade streng. Der gefeuerte Ex-Wärter-Chef Tim McManus kehrt unterdessen ins Hochsicherheitsgefängnis Oz zurück. Doch mit welcher Funktion?

Mit dem neuen Bereichsleiter Martin Querns zieht auch ein neuer Kurs gegenüber den Häftlingen in Emerald City ein. Und ganz allmählich ändert sich die Dynamik unter den Insassen. Tobias Beecher hadert unterdessen weiterhin mit seinem Schicksal. Je mehr der zu 15 Jahren verurteilte Advokat über seine Kinder grübelt, umso tiefer verfällt er in Depressionen.

Um die Gewaltbereitschaft innerhalb von Emerald City zu verringern, werden die weißen Insassen in einen anderen Trakt verlegt. Der Gefangene Kareem Said und sein Zellengenosse wollen Bereichsleiter Martin Querns davon überzeugen, dass diese Maßnahmen zu viele negativen Auswirkungen nach sich zieht. Jedoch ohne Erfolg.

Die Kette merkwürdiger Ereignisse in Emerald City reißt nicht ab. Häftling Ryan O’Reily führt weiterhin ein geheimes Verhältnis mit Offizierin Claire Howell. Die Revision von Moses Deyell wurde abgelehnt. Das macht ihn so wütend, dass er ein Loch in die Zellenwand hackt. Chris Keller und Vern Schillinger planen unabhängig voneinander den nächsten Mord hinter Gittern.

Nach dem Mordanschlag auf Gouverneur Devlin, zieht sich Leo Glynn aus dem Wahlkampf zurück. Basil ist schließlich gezwungen, den Mord an Gergan zu gestehen und erstickt damit alle Hoffnungen auf ein Ende des schwunghaften Drogenhandels in Oz. Zwischen Simon Adebisi und Kareem Said kommt es zu einer tödlichen Auseinandersetzung.

Mc Manus führt in Emerald City einige neue Regeln ein. Omar wird aus der Einzelhaft entlassen und gerät sofort mit Guerra aneinander. Dr. Gloria Nathan kehrt nach Emerald City zurück und will mehr darüber herausfinden, warum O’Reily Patrick Keenan umgebracht hat. Leroy Tidd will unterdessen zum Islam konvertieren, um so näher an Said heranzukommen.

Um endlich der Einzelhaft zu entkommen, bietet Häftling Miguel Alvarez dem Wärter Leo Glynn an, als Informant zu arbeiten. Dr. Gloria Nathan verkündet, dass die Insassen von Emerald City ausgewählt wurden, um ein Probemedikament zu testen. Das könnte für einige Insassen die Zeit hinter Gittern erheblich verkürzen.

Im Rehabilitationsbereich des Gefängnisses Oz geht ein Probemedikament um, das den Insassen die Zeit hinter Gittern verkürzen soll. Ryan O’Reily weigert sich – sollte das Mittel seine Wirkung erzielen – seinen Bruder Cyril damit in Berührung kommen zu lassen. Der Gefangene William Giles hat um einen außergewöhnlichen Hinrichtungswunsch. Bestürzung macht sich breit.

Oz-Häftling Ryan O’Reily bekommt es mit einer besonderen Überraschung zu tun: Ein Besucher entlarvt pikante Details über seine Vergangenheit. Sein Bruder Cyril ahnt Schlimmes und sieht Ärger aufziehen.

Tim McManus ruft einen vorläufigen Waffenstillstand zwischen den Häftlingsstreithähnen Burr Redding und Enrique Morales in Emerald City aus. Cyrils aktueller Wutausbruch ist der Beweis dafür, dass der Gipfel der Gewalt erreicht ist. Doch was geschieht mit ihm?

Tobias Beecher teilt den Eltern des von ihm getöteten Mädchens mit, dass er kurz vor seinem Hafturlaub steht. Offizierin Claire Howell versucht Häftling Ryan O’Reily zu erpressen, um an dessen Bruder Cyril heranzukommen. Aber er bringt sie völlig aus dem Konzept.

Der im Rollstuhl sitzende Häftling Augustus Hill stellt für sich selbst fest, wo er im Hochsicherheitsgefängnis Oz dazugehört. Der Sträfling Tobias Beecher leidet unter höllischen psychischen Qualen. Denn die Entscheidung über seinen Hafturlaub naht.