Nella prima puntata della terza stagione, Beecher è ancora in ospedale per le fratture inflittegli da Schillinger, Alvarez è ancora in isolamento per aver accecato Rivera, Adebisi torna in cucina e McManus comincia a vedere un nuovo comandante.

Nessuno sa chi ha ucciso Metzger. McManus assume come comandante il suo amico Murphy e lancia un programma di boxe. Hill si trova a un bivio quando un nuovo detenuto confessa un crimine orribile. Adebisi infilza Nappa con una siringa infetta di Aids.

Nel gruppo di boxe, O'Reily droga la bottiglia spray di Robson prima dell'incontro con Cyril. La madre di Rebadow cerca di convincerlo a incontrare il figlio e il nipote. Intanto, Nappa scopre di essere sieropositivo e viene spostato nel braccio E.

O'Reily e Keller tramano contro Andrew. McManus è obbligato dai piani alti ad accordarsi con Howell dopo che lei l'ha denunciato di molestie. Hanlon è assolto dall'accusa di omicidio e può tornare tra i detenuti comuni, dove lo attendono nuovi guai.

Cyril deve boxare con Pancamo e O'Reily vuole usare il trucco della bottiglia, ma prima deve occuparsi di Cudney. Alvarez vede la foto di Rivera con gli occhi cavati e perde la testa. Il nuovo arrivato Nat Ginzburg si offre come segretario di Nappa.

La visita della "impiegata del Dipartimento di Stato" Lana Keese costa a Kosygin in isolamento la vita. Adebisi accusa McManus di aver molestato Wangler. Bellinger incontra McManus e chiede l'impiccagione. C'è solo un problema: lei è incinta.

Con il nuovo millennio alle porte, la situazione precipita al Paradiso mentre crescono le tensioni razziali. Glynn licenzia Hughes che prima di andare fa un regalo ad Adebisi: una pistola.