Die tödlichen Ausschreitungen im Hochsicherheitsgefängnis Oz liegen mittlerweile zehn Monate zurück. Der Resozialisierungstrakt „Emerald City“ öffnet wieder seine Zellen. Chef-Wärter Tim McManus beruft ein Gremium ins Amt, das Ordnung auf den Fluren schaffen und den Insassen die Möglichkeit einräumen soll, ihren Schulabschluss nachzuholen.

Noch immer ist nicht bekannt, wer die Tochter des Gefängniswärters Leo Glynn vergewaltigt hat. Oz-Häftling Miguel Alvarez kennt den Täter, schweigt aber wie ein Grab. Kenny Wangler macht im Weiterbildungskurs große Fortschritte. Sein Zellengenosse Simon Adebisi nutzt den Unterricht dagegen nicht nur, um sich vom tristen Knastalltag abzulenken.

Die Berufung von Häftling Augustus Hill wurde vor Gericht abgelehnt, trotz der Bemühungen seines Mithäftlings Kareem Said, der sich als wahres Dichtertalent entpuppt. Der Gefangene Ryan O’Reily steckt seine Operation am Oberkörper gut weg. Seine Augen sind von nun an auf Dr. Gloria Nathan gerichtet.

Die Erzfeindschaft zwischen den zwei Knast-Gangstern Simon Adebisi und Peter Schibetta erreicht seinen Höhepunkt. Adebisi möchte seinen Widersacher am liebsten aus dem Weg räumen und startet einen fatalen Giftanschlag.

Kareem Said soll seinen Mitsträfling Vern Schillinger aus dem Hochsicherheitsknast Oz schleusen. Said weigert sich, den Auftrag anzunehmen. Kaum ist Häftling Peter Schibetta nach einem Giftanschlag wieder genesen, wird er von seinem Erzfeind Simon Adebisi vergewaltigt.

Ryan O’Reillys Bruder Cyril muss seine Strafe ebenfalls im Gefängnis Oz verbüßen. Der Neu-Häftling bekommt sofort die Gewalt des Gefangenen Vern Schillinger zu spüren. Ryan versucht ihm zu helfen. El Cid ist der neue Anführer der Latino-Häftlinge in Emerald City. Um nicht zur Zielscheibe von Gewaltattacken zu werden, empfiehlt El Cid seinen Flurgenossen, sich an seine eigenwilligen Regeln zu halten.

Ein weiterer Gefangener von Emerald City wird auf Ansage von Offizier Karl Metzger ausgewechselt und in ein Straflager versetzt. Zwei Häftlinge graben einen Tunnel und versuchen aus dem Oz-Gefängnis auszubrechen. Als der Tunnel einstürzt, ringen die Flüchtigen um ihr Leben.