I premiereafsnittet får Robin, Speedy, Aqualad og Kid Flash endelig adgang til Justice Leagues hovedkvarter.

Kid Flash, Robin og Aqualad bliver fanget af Cadmus-styrkerne, som forbereder sig på at klone dem og skaffe sig af med originalerne.

Da Speedy ikke vil være en del af det nye hold, frygter Dick Grayson, Kaldur'ahm og Wally West, at Young Justice ikke bliver til noget.

På deres første officielle opgave bliver holdet fanget i en kamp mellem den dødsensfarlige Bane og kultlederen Kobra.

Superboys vrede over sit manglende forhold til Superman er ude af kontrol. Han nægter at træne sammen med Black Canary og skifter senere side.

Artemis står over for hård kamp om at vinde sine nye holdkammeraters tillid, da hun forsøger at følge i Red Arrows fodspor på en mission, han påbegyndte.

Da holdet undersøger Kent Nelsons forsvinden, bliver den videnskabelige Wally West tvunget til at konfrontere sin manglende tro på magi.

Efter en katastrofal mission med holdet vender Aqualad tilbage til Atlantis for at vælge mellem et liv på jorden eller et liv under havets overflade.

Holdet vandrer rundt i en ørken uden at kunne huske noget fra de sidste seks måneder – eller om hinanden. Kun Miss Martian kan genskabe deres hukommelser.

Red Arrows kamp for at forhindre League of Shadows i at anspore til krig sætter ham op imod verdens farligste snigmordere.

Batman sætter Superboy og Miss Martian på en undercovermission i Belle Reve Penitentiary – et fængsel beregnet til at huse verdens værste superskurke.

Når grotten bliver angrebet, kan Artemis og Robin – de to teenagere uden superkræfter – så redde holdet (eller blot sig selv) fra de ukendte indtrængende?

Efter invasionen af grotten finder holdet ud af, at Aqualad – deres ven og leder – har tilbageholdt oplysninger, der bragte dem alle i fare.

Da plantevæsner angriber byer rundt om i verden, er holdet klar til at tage kampen op. I stedet giver Batman dem en endnu farligere opgave.

Holdet er på jagt efter Red Tornado og fast besluttet på at finde ud af, om robotten var muldvarpen – selvom det betyder, at de skal kidnappe deres nye ven Zatanna.

Under en invasion fra rummet står holdet over for den ultimative udfordring, da de bliver tvunget til at erstatte den faldne Justice League.

Conner Kents kæledyr, Sphere, har undergået en forbløffende omdannelse og får nu opmærksomhed fra Forever People fra New Genesis.

Til halloween tager Artemis og Zatanna til Manhattan, hvor de bliver jaget af Harm – en psykopat med en dødbringende hemmelighed.

Da alle voksne på planeten forsvinder, står kun holdet, Zatanna og Billy Batson tilbage til at besejre de fem mest magtfulde troldmænd på Jorden.

Wally West kommer ret tæt på at få sit fødselsdagsønske opfyldt: at kæmpe sammen med Justice League. Men i stedet får han en simpel leveringsopgave.

En skjult operation mod Queen Bee i Qurac tvinger Miss Martian til endelig at konfrontere sin største frygt og sine største hemmeligheder.

Superboy vender tilbage til Project Cadmus, hvor han opdager, at det tophemmelige genetiklaboratorium måske har skabt en anden superklon.

Red Arrows tilbagevenden svækker Artemis' selvtillid, mens holdets mission om at spore Sportsmaster truer med at afsløre hendes mørkeste hemmeligheder.

Holdet går undercover på Haly International Traveling Circus for at finde en tyv, der har stjålet våbenteknologi i hele Europa.

Holdet opdager endelig forræderens identitet og starter en kamp mod den farligste fjende, de nogensinde har mødt.