Tre topi motociclisti antropomorfi, Sterzo (Throttle) Turbo (Vinnie) e Pistone (Modo), scappano da una guerra scoppiata sul loro pianeta natio, Marte. Terminano il loro viaggio precipitando sulla Terra nella città di Chicago; qui fanno conoscenza con un'affascinante ragazza che svolge il lavoro di meccanico chiamata Charlene "Charley" Davidson e scoprono che i plutarchiani sono sbarcati sulla Terra per impadronirsi delle sue risorse naturali.

I plutarchiani sono una razza aliena umanoide puzzolente e simile ai pesci il cui scopo è sfruttare le risorse naturali degli altri pianeti perché hanno ormai esaurite le loro. Essi sono i principali responsabili della enorme devastazione su Marte che ha portato alla morte della maggior parte della popolazione dei topi marziani e la successiva distruzione della flora e della fauna di Marte.

I Biker Mice riescono a scoprire che il maggior imprenditore industriale di Chicago, Lawrence Limburger, è lui stesso un plutarchiano il quale si è mimetizzato sotto le mentite spoglie di un umano. Limburger gode dell'aiuto di malvagi come il sadico scienziato pazzo Dr. Carbonchio e il suo aiutante Morchia che cercano di rubare alla Terra le proprie risorse naturali per mandarle su Plutarco. Fortunatamente, i loro piani vengono puntualmente sventati dai Biker Mice alla fine di ogni puntata.