Rastreando o sinal do protótipo Techno-Viper após sua derrota, os Joes acabam na Escócia. Enquanto estavam lá, os Joes ficaram presos dentro do castelo de Destro durante uma missão de reconhecimento investigando uma arma Cobra chamada Bio-Dag, um míssil que distribui Bio-Vipers nas massas.

Quando Scarlett e Snake Eyes se infiltram nas instalações secretas do Comandante Cobra, eles descobrem que o Comandante Cobra está escondido nas instalações após um ataque ninja em sua própria casa. A ameaça do ninja faz com que a Baronesa chame Storm Shadow para proteger o Comandante Cobra. Logo é descoberto que o ninja é na verdade Jinx em um traje de alta tecnologia feito por Destro's M.A.R.S. Industries e ela descobre o que realmente aconteceu no dia em que o Hard Master foi morto. Storm Shadow também confessa a verdade para ela e agora não tem mestre quando deixa Jinx para ser o líder legítimo do clã Arashikage. Ela jura que a partir de agora o clã seguirá o caminho que seu pai pretendia - abandonar os velhos hábitos e abraçar o novo - usando tecnologia.

Depois de uma experiência com o que parecia ser o fantasma de seu pai Patrick O'Hara, Scarlett e os Joes vão para sua cidade natal, Atlanta, Geórgia, onde ela visita a casa de sua família vazia. Ela aprende com as imagens recuperadas por Snake Eyes que seu pai inventou o Molecular Assembler Scrambler Sender (também conhecido como MASS Device) para a Cobra Industries usar para teletransportar tropas para a batalha. Enquanto isso, a Baronesa comanda os Bio-Vipers para atacar os Joes quando ela descobre que a pedra no medalhão de Scarlett desempenha um papel na trama do Comandante Cobra para usar o Dispositivo MASS. O motivo de Snake Eyes usar uma máscara também é revelado.

Como o medalhão de Scarlett está em posse da Baronesa e do Dr. Mindbender, os Joes acabam levando a luta para as Cobra Industries ao se infiltrar em sua fortaleza para impedi-los de terminar o dispositivo MASS. Mais tarde, os Joes chegam a Washington DC no Destro's High Speed Sentry (também conhecido como tanque HISS) e são cercados pelo General Abernathy e os Falcons. Scarlett mostra a eles a prova do laboratório de que precisam limpar seus nomes. No final, os segredos das Indústrias Cobra são revelados e o Comandante Cobra declara guerra aos Joes.

A transmissão original incluiu um segmento de trailer apresentando a versão em desenho animado Sunbow dos anos 1980 de Duke afirmando que a realidade dos Renegados era "apenas um sonho", separando especificamente as duas interpretações. As outras contrapartes da tripulação dos Renegados refutam a realidade dos Renegados, rindo da descrição que o Real American Duke lhes disse.