保罗前往罗马寻找露克蕾莎。阿尔方索被残忍杀害。波吉亚与情妇私访民间，看到民不聊生之景大受感触。波吉亚派茱莉亚管理账册，意图改进腐败之象。罗维里前往佩鲁贾途中遇强盗，凭一己之力成功脱险。保罗接近露克蕾莎时被胡安阻止，胡安暴打保罗被妹妹阻止。露克蕾莎晚上与保罗私会，被跟踪的胡安看到。在凯撒和梵诺莎的帮助下，露克蕾莎让保罗见到了两人的孩子。保罗次日离开罗马时，胡安将他杀害。

胡安制造出保罗自杀的假象，露克蕾莎从保罗身上的遗书看出保罗是他杀。罗维里联合佩鲁贾修道院的教士，欲铲除波吉亚。露克蕾莎明白是胡安杀死了保罗，她在胡安与女人亲热时制造意外，胡安险被砸死。查尔斯和斯福查家族结盟欲攻打罗马，波吉亚下令一个月内制造百门大炮。由于资金匮乏，维托里奥和凯撒用石膏制造大炮。查尔斯和斯福查家族兵临城下，见到罗马竟有百门大炮吓得撤军。

圣西西莉亚修道院被法军斥候团血洗，凯撒决定为厄休拉报仇。波吉亚同米兰各公爵联合，欲将法国赶出半岛。波吉亚与旧情人比安卡相遇，比安卡已成了米兰公爵的妻子。波吉亚亲赴前线督战，将大权暂交给了女儿。凯撒半路堵截斥候团，刑逼下，斥候团成员交代出血洗修道院是乔瓦尼指使，还说出法军的军火所在地。凯撒率众夜袭法军营，破坏了法军的军火，法军最终惨败。

波吉亚乔装混入萨沃纳罗拉的布道现场，却不知罗维里也在那儿。凯撒试图与斯福查家族结盟，卡特琳娜色诱他，凯撒为了达成目的与其发生关系并久久滞留。罗维里说服年轻的修道士安东尼埃罗，让他毒杀波吉亚。波吉亚在教堂里举行弥撒，一道闪电击中教堂致教堂坍塌，现场混乱不堪。 凯撒询问结果，不料卡特琳娜拒绝与其合作，凯撒一怒下杀了乔瓦尼。

凯撒告诉父亲自己杀了乔瓦尼，并且未说服卡特琳娜。波吉亚让梵诺莎安排露克蕾莎相亲事宜，把女儿当作结盟的筹码。副秘书长以做主教为诱让萨沃纳罗拉归顺罗马，但遭到拒绝。萨沃纳罗拉不断宣扬波吉亚罪行，波吉亚派凯撒堵住其嘴。热那亚的卡尔维诺前来相亲，露克蕾莎却对其弟弟拉菲埃罗产生兴趣。凯撒截获了美蒂奇家族的金币向父亲证明自己，却失望的发现胡安即将接管军权。

胡安带了一队友军从西班牙回来了，波吉亚命其攻打卡特琳娜的城堡。凯撒目睹了萨沃纳罗拉的追随者的疯狂行为，佛罗伦萨的有钱人家遭到教徒洗劫，珍贵的宝物遭到烧毁。胡安施计擒住了卡特琳娜的儿子贝尼托，卡特琳娜还是选择不屈服。露克蕾莎私会拉菲埃罗，并试图嫁给他，但遭到波吉亚反对。两军对峙之时，卡特琳娜的援军赶到，教皇军队受到两面夹击，胡安死里逃生。

赫南多没有杀死贝尼托，而是背着胡安将其关了起来。罗维里使安东尼埃罗对毒药产生了抗体，以便顺利实施计划。凯撒让贝尼托见了波吉亚，贝尼托将弗里一战的真相告诉了波吉亚，胡安虚夸战绩遭到拆穿。波吉亚释放了贝尼托，主动向卡特琳娜示好。露克蕾莎色诱拉菲埃罗，并与他发生关系。安东尼埃罗杀了教皇的尝菜员，意图取代他。卡尔维诺向露克蕾莎求婚，露克蕾莎同意了。

卡尔维诺请求退婚，其弟弟则要娶露克蕾莎，波吉亚大怒。萨沃纳罗拉开始排除异教徒，凯撒让其进行火的试炼。萨沃纳罗拉自诩受上帝庇佑，走进火海却险些丧命，顿时颜面扫地。波吉亚挑选新的试菜员，安东尼埃罗入选。乔瓦尼洗礼仪式上，安东尼埃罗将毒药放进波吉亚的水里，但未达到目的。胡安羞辱露克蕾莎的孩子，露克蕾莎让凯撒杀了他。凯撒将胡安杀死，并将尸体投进台伯河中。

米凯莱托对萨沃纳罗拉施以酷刑，让其在罪行书上签字。阿尔贡王子阿尔方索前来求婚，露克蕾莎最终钟情于他。波吉亚派人寻找失踪的胡安，终于找到了其尸体。萨沃纳罗拉被处以火刑。凯撒向父亲表示想卸任主教一职，掌管军权。凯撒搁置胡安的葬礼，而先举行露克蕾莎的订婚仪式。订婚仪式之际，波吉亚抱着胡安的遗体来到墓地，亲自将他埋葬。波吉亚与凯撒交谈之际，喝下安东尼埃罗下了毒的酒。