教皇英诺森八世弥留之际，教皇之位为众人所觊觎。时任罗马教会副秘书长的波吉亚通过私下行贿成功谋得教皇一职，称为亚历山大六世。波吉亚的私生子凯撒为帮父亲上位，下了不少功夫。波吉亚任命主教斯福查为副秘书长，这让同是主教的奥尔西尼十分不服。为了报复波吉亚，奥尔西尼借请主教团来自己府邸赴宴之际，买凶在波吉亚酒中下毒，凯撒发现了奥尔西尼的诡计，他让凶手将毒药投入了奥尔西尼的酒杯。

下毒人米凯莱托决定对凯撒效忠，凯撒命米凯莱托接近罗维里主教，并暗中监视他的动向。米凯莱托让凯撒鞭笞自己，用背上的伤痕赢得了罗维里的信任。少妇茱莉亚向波吉亚忏悔罪行，波吉亚将其私藏起来，并暗中和她偷情。露克蕾莎将父亲波吉亚私藏女子的事告诉母亲梵诺莎，气愤的梵诺莎大闹教堂将丑事传的沸沸扬扬。罗维里欲借公然淫乱之罪罢黜波吉亚，谁料却使自己陷入了纵欲谋杀的圈套。

罗维里逃到了佛罗伦萨共和国，凯撒命米凯莱托推荐的修士姜卡洛前往佛罗伦萨监视罗维里的行踪。露克蕾莎为杰姆的死感到悲痛，凯撒只骗她说杰姆感染了疟疾。因卑微的出身，梵诺莎不能出席女儿露克蕾莎和斯福查家族的联姻。罗维里无意间发现修士姜卡洛竟是波吉亚的探子，他杀害了姜卡洛。露克蕾莎和乔瓦尼举行了隆重的婚礼，在晚宴上，凯撒携梵诺莎盛装出席，波吉亚为了女儿只好默许了梵诺莎的行为。

厄休拉借忏悔的机会向凯撒表白，凯撒也被其深深吸引。罗维里再次前往米兰公国进行游说。为了打探实情，波吉亚命凯撒前往佛罗伦萨面见大使，欲以萨沃纳罗拉修士的性命为交换，迫使佛罗伦萨和罗马结盟。露克蕾莎被乔瓦尼弄得伤痕累累，她和乔瓦尼的马夫保罗产生了感情。为助露克蕾莎脱离苦海，保罗在乔瓦尼的马鞍上做了手脚，使他摔断了腿。为得到厄休拉，凯撒和厄休拉的丈夫决斗，并一剑杀死了他。

在乔瓦尼养伤期间，露克蕾莎趁机和保罗偷情，同时凯撒也和厄休拉厮混。费兰特国王欲将私生女斯奎拉齐公主嫁给胡安，胡安明着让弟弟杰弗雷迎娶公主，暗中则和公主偷情。罗维里来到法国，欲说服国王查尔斯进军罗马。得知丈夫的死讯，厄休拉质问凯撒，凯撒只好承认一切。厄休拉深感是自己害死了丈夫，她决定做修女赎罪。梵诺莎的情人西奥来看望她，为了证实自己不是西奥的私生子，胡安殴打西奥以示警告。

凯撒到修道院看望厄休拉，并对其示好，遭到厄休拉制止。庞大的法国军队通过了米兰，并将卢卡城血洗一空，这让波吉亚十分忧心。基本痊愈的乔瓦尼欲和露克蕾莎行床笫之欢，露克蕾莎暗中将地面弄湿，使乔瓦尼再次摔伤。为了避免卢卡城的悲剧重演，罗维里说服佛罗伦萨同意让法军通行。波吉亚派茱莉亚前往佩扎罗打探乔瓦尼是否愿意出兵援助罗马，茱莉亚却偶然发现露克蕾莎怀上了保罗的孩子。

保罗放走了露克蕾莎和茱莉亚，并因此受到乔瓦尼鞭笞。波吉亚召开枢机团会议，并命凯撒在会上鼓舞人心。露克蕾莎和茱莉亚遭法军劫持，并被扣为人质。胡安想出迎敌之策，并领兵出城战斗。查尔斯邀露克蕾莎和茱莉亚共进晚餐，他对露克蕾莎很有好感。两军交战阵前，露克蕾莎说服查尔斯不攻打罗马，并以平安通过罗马直取那不勒斯作为交换条件。波吉亚准备留在梵蒂冈，他命胡安护送梵诺莎前往奥斯蒂亚暂避。

查尔斯私下觐见波吉亚，获得了那不勒斯的主权，波吉亚亲自为其加冕。凯撒将露克蕾莎藏在修道院，并让厄休拉照顾她。凯撒作为大使，与查尔斯一同前往那不勒斯。在路上，凯撒与米凯莱托趁机逃走，并绑回了乔瓦尼。波吉亚召回枢机主教团，并让众人穿素衣涂灰忏悔。为了离婚，露克蕾莎谎称乔瓦尼得了阳痿，二人未曾圆房。为了顾及面子，乔瓦尼承认病情，二人正式离婚。此时，露克蕾莎诞下一名男婴。