Audrey und ihre Freunde haben über William gesiegt und ihn in eine andere Dimension verbannt. Nachdem der Leuchtturm zusammengebrochen ist, finden sich alle an unterschiedlichen Orten in Haven wieder. Nathan trifft auf Audrey, allerdings muss er bald feststellen, dass es sich um Mara handelt. Sie hat sich den Körper von Audrey angeeignet, um Jennifer zu finden, mit deren Hilfe sie die Tür in die andere Dimension öffnen will. Auch Duke macht sich auf die verzweifelte Suche nach Jennifer.

Mara sorgt für neuen Ärger in Haven. Als Audrey getarnt, bewegt sie sich durch die Stadt und sucht Vickie auf. Nathan und Duke treffen sich am Strand und planen, getrennt voneinander nach Mara und Jennifer zu suchen. In der Zwischenzeit erfährt Dwight, dass Jennifer tot ist. Dann hat Nathan eine Idee, wie man Audrey zurückholen könnte. Dafür muss er allerdings Mara in seine Gewalt bringen.

Nathan nimmt Mara gefangen und flieht mit ihr an einen geheimen Ort. Dort will er versuchen, Audreys Persönlichkeit, die in Mara steckt, zu befreien.

Duke und Dwight haben derweil schon wieder mit einem neuen Problem zu kämpfen, das die Stadt in große Gefahr bringen könnte. Doch während Duke um Jennifer trauert, kann er kaum seine Gefühle unter Kontrolle halten.

Nathan und Dwight streiten darüber, was sie mit Mara tun sollen. Nathan ist fest davon überzeugt, dass Audrey noch lebt, und will sie unbedingt retten. Dwight verlangt von Mara, die Flüche in Haven endgültig zu beenden. Mara willigt ein, wenn Dwight ihr im Gegenzug hilft, die Dimension zu finden, in der sich William aufhält.

In der Zwischenzeit erfahren Vince und Dave, was sich in der Höhle zugetragen hat, während Duke von einem neuen Fluch heimgesucht wird.

Während Dave und Vince in North Carolina unterwegs sind, um mehr über Daves Vergangenheit herauszufinden, taucht in Haven ein neues Problem auf: Menschen tauschen ihre Körper.

Nathan hingegen verfolgt mittlerweile einen neuen Ansatz, um Audrey zurückzuholen.

Mara nutzt die Auswirkungen der letzten Vorkommnisse in Haven, bei denen die Menschen ihre Körper tauschen, um die Stadt anzugreifen.

Währenddessen setzen Nathan und Duke alles daran, Audrey zurückzuholen, bevor sie für immer verloren ist.

Die Feier zum Anlass von Audreys Rückkehr findet ein jähes Ende, als Nathan durch ein paranormales Phänomen in die Welt der Geister verschwindet.

Audrey ist jetzt auf sich allein gestellt und muss sich gegen die feindlich gesinnten Garden wehren. Die glauben immer noch, sie sei Mara.

Währenddessen muss sich Duke dazu durchringen, die gefährliche Realität seines neuen Zustands zu akzeptieren.

Audrey und Duke bitten Seth Byrne um Hilfe.

In der Zwischenzeit geraten Dave und Vince in North Carolina in Schwierigkeiten. Dave liegt wegen eines verletzten Beins in einem Krankenhaus, und die beiden müssen unbedingt verhindern, dass er gründlich untersucht wird – denn ein Labortest würde seine übernatürliche Herkunft entlarven. Gemeinsam mit Vince versucht er zu fliehen.

Duke glaubt währenddessen, in einem ehemaligen Feind einen Seelenverwandten gefunden zu haben.

Dwight versucht, Charlotte davon zu überzeugen, nicht die Armee zu Hilfe zu rufen.

Audreys Gesundheitszustand verschlechtert sich indes zusehends. Nathan sucht verzweifelt nach einem Heilmittel gegen ihre mysteriöse Krankheit. Schließlich findet er den Ursprung der Seuche.

In der Zwischenzeit kommt Duke zu der Einsicht, dass er die Sache in die eigenen Hände nehmen muss, um Haven zu schützen. Außerdem entschließt er sich, Mara zu befreien.

Als mit Dukes zunehmender Selbstauslöschung in Haven das Chaos auszubrechen droht, wächst der Druck auf die Mediziner der Seuchenschutzabteilung, schnell ein Gegenmittel zu entwickeln.

Gleichzeitig verschlechtert sich auch Audreys Zustand. Sie wird immer schwächer. Während sie mit Nathan ein psychologisches Problem zu lösen versucht, muss sie gute Miene zum bösen Spiel machen. Doch Nathan macht sich längst große Sorgen um ihre Gesundheit.

Vince und Audrey suchen nach einem Beweis, um Dwight zu überzeugen, dass Dr. Charlotte Cross nicht diejenige ist, für die sie sich ausgibt.

Die Ärztin macht inzwischen Fortschritte bei der Entwicklung eines Heilmittels, doch Dukes Zustand verschlechtert sich zusehends.

Duke lässt sich auf einen Deal mit Mara ein, um Haven vor der Vernichtung zu retten. Gleichzeitig braucht Nathan Mara, um Audrey zu heilen.

Unterdessen deckt Dr. Charlotte Cross das Geheimnis von Maras und Audreys Existenz auf, während Dave und Vince herauszufinden versuchen, welche Ursachen Daves Visionen haben

Nach der Freisetzung der Unruhen aus Dukes Körper scheint nichts mehr wie es war in Haven. Die Stadt befindet sich im Ausnahmezustand. Die Situation spitzt sich zu, als ein mysteriöser Nebel die Stadt einschließt und niemanden entrinnen lässt. Nathan und Dwight schwören die Stadt auf einen festen Zusammenhalt ein und machen sich auf die Suche nach einer Lösung.

Nachdem sich die Unruhen auf die Bewohner Havens übertragen haben, ist die Stadt immer noch nicht unter Kontrolle zu bringen. Als sie dann von einem Trouble heimgesucht wird, der Dunkelheit verursacht, versinkt Haven weiter in Chaos und Anarchie. Mit der Hilfe von Dave und Vince versuchen die Bewohner, die Elektrizität wieder zum Laufen zu bekommen.

Nach dem letzten Trouble in Haven sind mehrere Menschen verschwunden. Daraufhin stellen sich die Bewohner der Stadt gegen Nathan . Sie werfen ihm vor, dass er seiner Pflicht als Detective und Beschützer der Stadt nicht nachgekommen sei und fordern seine sofortige Verbannung. Audrey arbeitet unterdessen an einem Plan, um die wütende Meute in den Griff zu bekommen.

Ein Mitarbeiter aus Dwights Team besitzt eine nicht ganz ungefährliche Fähigkeit: Sandman kann andere Menschen in Stase versetzen und in diesem Zustand mit ihnen in Kontakt treten. Eigentlich soll er auf diese Weise Kriminelle ausschalten. Doch Sandman ist ein heimlicher Verehrer von Audrey Daher missbraucht er seine Begabung und entführt die FBI-Agentin in eine Art Traumwelt. In dieser will er ihr Herz erobern und sie heiraten.

Audrey versucht weiterhin, ein Ende der Unruhen in Haven zu erreichen. Dabei erfährt sie einige Neuigkeiten über ihren Vater. Währenddessen löst eine Kartenlegerin weitere Aufregung aus, die vor allem Dwight zusetzt. Der mysteriöse Croatoan scheint mit den Vorfällen in der letzten Zeit in Verbindung zu stehen. Dabei wird klar, dass hinter dem Namen höchst wahrscheinlich eine einzelne Person steckt, die im Hintergrund die Fäden zieht.

Dave hat Visionen, in denen er immer wieder auf den rätselhaften Croatoan trifft. Er ist ihm allerdings nicht gewachsen. Aus Angst schafft er es nicht, einen Schwachpunkt in dessen Machtgefüge aufzudecken und dadurch ein Ende der Unruhen herbeizuführen. Derweil macht Duke eine ganz besondere Erfahrung und bekommt einige Anhaltspunkte, welche Rolle er in den undurchsichtigen Plänen von Croatoan zu spielen scheint.

Vince und Nathan wollen die Zusammenhänge zwischen Croatoan, Audrey und den Unruhen besser verstehen. Ihnen bleibt nichts anderes übrig, als eine Reise in die Vergangenheit anzutreten. Sie gelangen ins Jahr 1983. Hier trifft Nathan auf seinen Vater und Vince auf den jungen Dave Teagues. Außerdem lernen sie Lucys Sohn James kennen, der besser unter dem Namen „Colorado Kid“ bekannt ist.

Nathan berichtet Duke, welche Pläne er verfolgt, um endlich die Unruhen in Haven zu beenden. Sein Vorhaben lässt sich allerdings nicht mit den Visionen von Duke in Einklang bringen. Nathan lässt sich davon jedoch wenig beeindrucken und setzt seine Nachforschungen fort. Diese führen ihn schließlich an einen mysteriösen Ort außerhalb von Haven. Dort trifft er zu seiner Überraschung seinen alten Bekannten William wieder.

Nathans Nachforschungen haben ihn in Schwierigkeiten gebracht. Er ist an einem geheimnisvollen Ort außerhalb Havens gefangen und hofft nun auf die Unterstützung von William. Der soll ihm wegen ihrer gemeinsamen Liebe zu Audrey bzw. Mara bei der Rückkehr nach Haven helfen. Dort wollen Vince und Dwight Dave davon überzeugen, einen Zugang zu dem scheinbar unerreichbaren Croatoan zu finden.

Nathan und Duke müssen Audrey vor Croatoan schützen. Daher verbarrikadieren sie sich in der Polizeistation von Haven. Ihr Plan geht allerdings nicht auf. Seltsame Dinge geschehen plötzlich mit der Kommunikationsanlage. Alles deutet darauf hin, dass sich Croatoan bereits Zugang zu der Station verschafft hat. Und es kommt noch schlimmer. Auch Duke scheint dem Einfluss Croatoans zu unterliegen, denn er benimmt sich immer merkwürdiger.

In der Polizeistation spitzt sich die Lage zu. Duke steht immer noch unter dem Einfluss von Croatoan, und so gelingt es diesem, Audrey zu entführen. Nathan und Dwight versuchen, sie zu retten, doch ihr Gegner ist übermächtig. Obendrein müssen die beiden zunächst Duke überwältigen. Dessen Gedanken werden weiterhin von Croatoan kontrolliert.

Croatoan ist wieder mit seiner Tochter Audrey vereint. Doch um ihr Herz zu gewinnen, muss er zu einem Trick greifen. Er erschafft eine schöne, heile Welt, in der es sogar ein Wiedersehen mit längst verstorbenen Freunden und Verwandten gibt. Audrey durchschaut allerdings die Taktik ihres Vaters und setzt alles daran, sein perfides Vorhaben zu vereiteln. Es kommt zum Kräftemessen zwischen Vater und Tochter.

Croatoan steht mittlerweile kurz davor, endgültig die Kontrolle über Haven und dessen Bewohner zu erlangen. Es scheint keinen Ausweg aus der Situation zu geben. In ihrer Verzweiflung setzt Audrey alles auf eine Karte. Sie stellt ihre Liebe zu ihrem Vater der Liebe gegenüber, die sie zu Nathan und den Bewohnern Havens empfindet. Es kommt zum finalen Showdown.