Tras vencer a William, Nathan y Duke están destrozados al averiguar que la Audrey que aman ha desaparecido. En su lugar, con su rostro y cuerpo, está Mara, la malvada creadora de la maldición de las personas de Haven hace muchos cientos de años.

Con Duke luchando por aceptar la muerte de Jennifer y Nathan buscando algún vestigio de Audrey en la cruel personalidad de Mara, Dwight debe llevar sobre sus hombros la pesada carga de mantener unido a Haven.

Con Mara como prisionera, Nathan huye a un escondite secreto donde trata de descubrir la personalidad de Audrey enterrada dentro de Mara. Por otra parte, Duke y Dwight deben luchar contra un nuevo problema que amenaza con poner la ciudad patas arriba.

Vince y Dave van a Carolina del Norte para saber más sobre el pasado secreto de Dave, pero esta búsqueda puede causar nuevos problemas en Haven: la gente está cambiando sus cuerpos.

Nathan y Duke están desesperados por consiguir el retorno de Audrey y por esa razón se ven obligados a tomar una peligrosa decisión.

Con el peligro de Mara finalmente bajo control, Audrey y Nathan se reúnen al fin, hasta que un problema paranormal comienza a separarlos.

Al no poder avanzar en su investigación, Audrey decide acudir a un viejo amigo para que le ayude a comunicarse con Nathan, que todavía está atrapado en el avión fantasma. Mientras tanto, Dave y Vince tratan de escapar del hospital antes de que descubran su origen.

Dwight se hace amigo de Charlotte Cross, la doctora del CDC enviada a Haven para analizar la muestra de la biopsia realizada a Dave. Mientras tanto, Mara convence a Duke de que sus amigos se están volviendo en su contra.

A medida que empeora la salud de Audrey, Nathan se da prisa por encontrar una cura pera la misteriosa enfermedad antes de que sea demasiado tarde. Dwight lucha por contener el contagio pero se enfrenta a las interferencias del Dr. Cruz, que esconde varios secretos.

Los problemas de Duke y un nuevo peligro para Audrey los obligan a cada uno a buscar ayuda de aliados potencialmente peligrosos.

Cuando un problema hace que los habitantes de Haven persigan sus deseos más primarios, todos deben trabajar para evitar que Haven se desmorone, lo que los distrae de la peligrosa tormenta que se avecina.

Una vez que el juego de Mara queda revelado, Audrey y Nathan buscan un plan para pararla de una vez por todas.

Dwight trata de coordinar los esfuerzos para suprimir el nuevo estallido de Problemas, mientras Dave y Vince se enteran de la verdad sobre las visiones de Dave. Entretanto, Nathan y Duke tratan de calmar a una niña Problemática, y Audrey y Charlotte buscan la fuente del muro de niebla.

El asesino que no deja marcas ataca de nuevo, y Vince y Dwight encubren el asesinato. Entretanto, un Problema basado en la oscuridad está matando gente, y Nathan lleva a un equipo a la central eléctrica para restablecer el suministro de electricidad antes de que sea demasiado tarde. En Halifax, Duke se encuentra con la hija de un viejo amigo que quiere saber si es Problemática.

Nathan no es culpable de la muerte de Kira, pero no puede revelar su paradero sin poner en evidencia el escondite del éter. Mientras Charlotte y Dwight van a rescatar a la mujer, Nathan se somete a un juicio para darles el tiempo que necesitan. Entretanto, la oscuridad se cierne sobre ellos cuando Audrey descubre la persona Problemática responsable de las muertes.

Audrey está atrapada en el mundo del Arenero y obligada a casarse con él, sin recordar nada de su vida real. Entretanto, Duke se encuentra con Seth, uno de los Buscadores del Lado Oscuro, en Halifax y descubre que no se acuerda de Haven ni de los Problemas.

Mientras Charlotte y Audrey tratan de recolectar el éter oculto, descubren que hay un nuevo Problema que las está atacando a ellas y a Nathan y Dwight. Entretanto, Duke y Seth viajan a Carolina del Norte y se contactan con un hombre que, supuestamente, es capaz de expulsar los Problemas.

Las cosas parecen demasiado buenas para ser verdad cuando Nathan y Audrey se topan con un Problema que puede resucitar a los muertos. Pronto traen de vuelta a Charlotte, pero descubren que la resurrección tiene un costo terrible. Entretanto, Dave y Vince salen a cazar al Croatoan.

Nathan y Vince viajan al pasado, a 1983, para tratar de encontrar a la persona Problemática que creó la raedura que el Croatoan usó para matar al Colorado Kid. Entretanto, unos hombres misteriosos capturan a Duke para llevarlo a encontrarse con su empleador.

Nathan se encuentra con un viejo adversario luego de entrar al terrible Vacío. Audrey y Duke lidian con el peligro de una persona recién convertida en Problemática que quiere vengarse. Al mismo tiempo, Dwight trata de ayudar a Vince a liberar a Dave de las garras del Croatoan.

Audrey y Dave tratan a salvar a Nathan del Vacío. Dave lucha por liberarse de las garras mortales del Croatoan.

Nathan y los demás llevan a Audrey a la estación de policía para mantenerla a salvo. Pero Croatoan envía a su agente a que la capture y le traiga a su hija. Entretanto, Vince lidia con la muerte de su hermano y el despachador Laverne adquiere un nuevo Problema.

Después de que Nathan y Dwight capturan a Duke, Nathan trata de llegar a su amigo atravesando el control de Croatoan para que revele dónde está Audrey. Entretanto, Croatoan le explica a Audrey, a quien tiene cautiva, por qué ella es tan importante para sus planes con respecto a los habitantes de Haven.

 Audrey y los otros tratan de utilizar a Vickie para restaurar el núcleo del éter, pero Croatoan envía a Duke para detenerlos. Mientras tanto, Dwight debe elegir si desea ayudar a Croatoan y mantener a su hija Lizzie a su lado... o perderla para siempre.

Mientras Nathan trata de encontrar el camino de regreso a Haven, el plan de Croatoan para hacerse con el cristal falla. Sin embargo, el intento del grupo para atrapar a Croatoan en el nuevo granero no sale bien, forzando a Audrey a tomar medidas desesperadas.