La véritable personnalité d'Audrey, Mara, est bien décidée à retrouver William, disparu par l'étrange porte ouverte par Jennifer. Cette dernière est portée disparue, ce qui inquiète Duke au plus haut point. Nathan tente de prouver qu'Audrey est toujours quelque part au fond de la conscience de sa personnalité maléfique. De son côté, Dwight essaye de maintenir un semblant d'ordre à Haven, alors qu'une perturbation frappe la ville.

Mara continue de faire des ravages à Haven au désespoir de Nathan, alors même que la perturbation du précédent épisode fait de nouvelles victimes. Dwight est obligé de prendre certaines mesures, tandis que Duke nie toujours la mort de Jennifer.

Nathan échappe à la surveillance de la Garde et met Mara en sécurité, avec l'aide de Duke et dans le dos de Dwight. Ces deux derniers font équipe pour résoudre une perturbation qui touche une de leurs amies, Jody, et menace de réduire la ville en cendres.

La Garde a retrouvé Nathan et Mara, mais une nouvelle perturbation devient leur priorité. Duke est mal en point, et Nathan trouve une occasion de convaincre ses amis qu'Audrey est toujours présente, et qu'il a un plan concret pour la ramener définitivement.

Une perturbation entraîne que des habitants de Haven échangent leurs corps dès lors qu'ils se cachent un secret. Ainsi, Dwight doit mener l'enquête dans le corps de Gloria, et cette dernière doit s'occuper de ses morts depuis le corps de Dwight. Cette perturbation s'étend même jusqu'à la Californie du Nord, où Vince et Dave, chacun dans le corps de l'autre, enquêtent sur l'enfance de Dave et font une étrange découverte.

Jeffrey Doohan s'échappe du centre psychiatrique de Haven et ne cesse de déclencher le phénomène de l'interversion des corps. Duke et Nathan, qui en sont victimes, sont décidés à piéger Mara pour faire revenir Audrey. Sachant que celle-ci était déterminée à mettre fin aux phénomènes, ils emmènent Mara sur une enquête au centre psychiatrique et espèrent la pousser à bout. Vince et Dave, eux aussi victimes de l'affection des Doohan, se rendent à Manteo pour en savoir plus sur le lieu où Dave aurait été adopté. Ils interrogent Allison Doohan sur son époux Skip et son beau-frère Jeffrey, les affectés qui provoquent de nouvelles interversions...

Une nouvelle perturbation transforme Nathan en fantôme, invisible aux yeux de tous, excepté de Mara. Audrey, de son côté, est le bouc-émissaire des membres de la Garde. Duke fait de son mieux pour tenter de sauver ses deux amis.

Avec Nathan invisible aux yeux de tous, Audrey et Duke font appel à un allié innatendu pour les aider à résoudre cette affaire. Mara essaye une nouvelle approche avec Duke qui semble porter ses fruits.

La présence d'un nouvel arrivant à Haven inquiète les habitants au courant des perturbations, d'autant qu'une maladie qui semblent toucher un certain nombre d'entre eux, dont Audrey, menace de faire éclater leurs secrets au grand jour.

Audrey, Nathan, Duke et Dwight essayent de gérer comme ils le peuvent la présence d'une scientifique du CDC à Haven, dont les travaux risquent de dévoiler les perturbations au monde entier. Mais il semblerait que ce ne soit pas l'unique plan du Dr Cross...

Face aux perturbations qu'il risque de relâcher sur Haven, Duke est contraint de faire équipe avec Mara. De son côté, Audrey tente de résoudre son enquête malgré qu'elle soit malade et très faible. Elle va se tourner vers le Dr Cross pour en savoir plus sur son état...

Alors qu'une violente tempête se profile à l'horizon, une perturbation distrait les habitants de Haven, les poussant à assouvir leurs besoins les plus primitifs.

Une surprenante révélation met en danger l'équilibre déjà fragilé de Haven. L'objectif final de Mara est enfin dévoilé, tandis que Nathan et Audrey mettent en place un plan pour l'arrêter une fois pour toute.

Dwight se bat pour maintenir l'ordre à Haven alors que Duke fait des ravages autour de la ville. Pendant ce temps, Audrey et Charlotte doivent travailler ensemble pour combattre un brouillard mystérieux qui les piège tous à l'intérieur de Haven.

Pour calmer les habitants terrifiés, Nathan rassemble un groupe pour mener une mission kamikaze afin de rétablir le courant dans la ville. Audrey se lance dans une course contre la montre alors que les cadavres s'acculement. Grâce à Charlotte, la mère de Mara, nous allons en savoir plus sur leurs origines. Pendant ce temps, Duke devra continuer à lutter contre sa violente perturbation.

Les Teagues se retrouvent à arbitrer le procès de Nathan, et Dwight et Charlotte sont contraints de faire équipe pour laver le nom de leur ami, Audrey essaye d'arrêter des perturbations, sans l'aide de son partenaire.

La vision de Dave de Croatoan l'envoie, lui et Vince, pour voir si la femme dans sa vision est toujours vivante. Audrey, Nathan, Dwight et Charlotte font face à leur mort quand un nouveau phénomène de carte de Tarot frappe Haven. Nathan trouve la diseuse de bonne aventure, Lainey, seulement ils réalisent qu'elle n'a pas tiré les cartes pour eux, mais c'est Croatoan qui l'a fait. Audrey et Charlotte obtiennent finalement la première pièce pour la construction de la grange, mais Charlotte est retrouvée morte après que Croatoan l'ait retrouvé. Duke se trouve enfermé dans un conteneur d'expédition et est sauvé par son vieil ami Seth, qui ne se souvient pas de lui ou de Haven. Finalement, Seth et Duke vont en Caroline du Nord pour trouver de l'aide et des réponses.

Nathan reçoit une mystérieuse aide de l'au-delà tandis que Duke a une vision terrifiante du futur de Haven.

Nathan et Vince voyagent dans le temps jusqu'en 1983 pour découvrir comment le Croatoan a pu arriver jusqu'à Haven. Duke est appréhendé par un ennemi mystérieux.

Dans le néant, Nathan rencontre un vieil ennemi. Audrey et Duke font face à une vendetta. Dwight et Vince luttent pour libérer Dave de l'emprise du Croatoan.

Audrey et Duke tentent de sauver Nathan du néant pendant que Dave lui-même lutte pour se défaire de l'emprise mortelle du Croatoan.

Audrey et Nathan tentent de reprendre le contrôle du poste de police tandis qu'un mystérieux tueur laisse de nombreux morts dans son sillage.

Nathan et Dwight tentent de sauver Audrey mais Duke, sous l'influence du Croatoan, se met en travers de leur chemin. Vince envisage un sacrifice.

Nos héros unissent leurs forces pour reconstruire la Grange, malgrés de nombreux obstacles. Dwight reçoit un cadeau inattendu et Nathan fait face à un dilemme.

Nathan lutte pour retourner à Haven et Dwight doit faire un choix quant à son futur. Audrey envisage une solution lourde de conséquences mais qui pourrait faire disparaître une fois pour toute le Croatoan et les perturbations.