Duke, absorbé par la grange, réapparaît à Boston. Il découvre que sa présence dans la grange a en réalité durée six mois. Ces six mois ont bouleversé la vie de Haven : Nathan a démissionné, Dwight est devenu chef de la police.

D'étranges cas de combustion spontanée apparaissent à Haven. Dans le même temps, Audrey semble être vivante mais sous une nouvelle identité.

Une étrange attaque se produit dans les égouts de Haven. De son coté, Lexie commence à admettre une autre réalité.

La disparition d'enfants sème le trouble dans Haven. Pendant ce temps, Lexie cherche un moyen de fuir la grange, qui continue à imploser.

L'arrivée de Lexie remet en cause les plans de Nathan et de la Garde. Pendant ce temps, à Haven, la folie s'empare d'un jeune homme.

Nathan, Duke et Lexie tentent de retrouver l'affecté qui transforme les habitants de Haven en pierre. Entretemps, Jordan manipule Wade afin que celui-ci active son affection dans le but de tuer Audrey. Mais son plan ne se déroule pas comme prévu...

Nathan et Audrey enquêtent sur des accidents causés par les neveux du révérend Driscoll, tandis que Jennifer continue ses recherches sur ses parents biologiques..

Audrey pense que les hommes qu'elle a rencontrés dans la grange ont pris William en otage. Après l'avoir sauvé, Jennifer, Dwight et Nathan sont contaminés par une étrange affection...

Audrey se retrouve dans un Haven différent, où les affections n'existent pas et où personne ne se souvient d'elle excepté William. Après avoir découvert que Nathan est marié et médecin et que Duke est policier, William lui apprend une terrible vérité. Elle doit alors se battre pour cette ville où elle n'a jamais existé.

Un duo de chasseurs suit une créature qui dévore le coeur de ses victimes, à Haven. Leur présence risque de révéler les affections du monde entier. Cette créature, créée par William, recherche Jennifer pendant qu'Audrey est opérée après le tir de Nathan..

William est déterminé à convaincre Audrey afin qu'elle découvre la vérité sur ses origines alors qu'une malédiction s'abat sur Haven. Entre temps, avec l'aide des frères Teagues, Jennifer trouve « le Cœur » de Haven. Il peut être la clé pour stopper les nombreux décès qui frappent la ville.

Nathan, Audrey, Jennifer, Duke, Vince, Dave et Dwight mettent un plan au point pour renvoyer William à travers la porte après qu'Audrey ait rendu son pouvoir à Duke. Au cours de la préparation du plan, Duke se rend compte que son pouvoir est différent, Vince apprend que son frère Dave vient du même monde que William et Jennifer. Nathan parvient à emmener William au lieu de rendez-vous après qu'Audrey ait montré des talents que seule Mara possédait. Lorsque le groupe se réunit pour renvoyer William, ce dernier révèle à Duke qu'il est mourant car lorsqu'Audrey lui a rendu son pouvoir, elle a réveillé tous ceux endormis dans son sang depuis plusieurs générations. Puis le groupe parvient à renvoyer William à travers la porte mais juste après, Jennifer tombe inconsciente et sans respirer, Duke a un malaise et les yeux ensanglantés, Dave blessé par sa propre balle et Audrey se trouve être redevenue Mara qui cherche à faire revenir William.