Duke, po tym jak sześć miesięcy wcześniej wskoczył za Audrey do stodoły, poznaje nową, dziwną przyjaciółkę, i dowiaduje się, że Nathan wyjechał z Haven, Audrey zaginęła, a Znaki nękają ludzi bardziej niż kiedykolwiek.

Nathan i Duke wciąż szukają Audrey, jednak poszukiwania komplikuje Naznaczony, który spopiela mieszkańców Haven w biały dzień.

Znak, który pozbawia ofiary krwi, zagraża też Nathanowi. Tymczasem Duke stara się nakłonić brata do wyjazdu z nękanego Znakami miasteczka.

Nathan i Dwight badają sprawę zaginięć dzieci, mającej związek z dawnym podaniem. Duke liczy na odszukanie Audrey za pomocą Znaku Jennifer.

Lexie powraca do Haven, którego nie pamięta, i razem z Nathanem starają się zapobiec śmiertelnemu Znakowi, który wydaje się zmieniać ludzką osobowość.

Kiedy niepowiązani ze sobą ludzie zaczynają nagle kamienieć, Nathan, Duke i Lexie walczą z czasem w poszukiwaniu odpowiedzialnego za Znak.

Nathan i Lexie starają się zidentyfikować Znak, który atakuje ofiary w koszmarach. Tymczasem Duke zmaga się z bratem, który przeistoczył się w monstrum rodem z koszmarów.

Śmiertelnie groźny Znak związany z głębinowym ciśnieniem zagraża całemu miastu, każąc Nathanowi i Lexie zwątpić we wszystko, co wiedzą o Znakach.

Audrey odkrywa, że tajemniczy bandyci ze stodoły dotarli za Lexie do Haven i więżą Williama. Wraz z Williamem musi wspólnie przejrzeć ich plan, zanim miasto ulegnie zniszczeniu.

Łowcy duchów, nazywający siebie Tropicielami Mroku, badając pogłoski o mitycznym potworze, trafiają do Haven. Ich obecność może sprawić, że o Znakach dowie się cały świat.

William jest zdeterminowany, żeby ujawnić Audrey prawdę o jej pochodzeniu. Zostaje uwolniona pozornie niepowstrzymana klątwa. Wkrótce w mieście może się pojawić twórca zupełnie nowych Znaków.

W obliczu prawdy o tym, kim niegdyś była, Audrey próbuje pozostać sobą. Odnajduje Williama i próbuje zerwać ich nadnaturalną więź.