In seguito al rapimento di Audrey, Nathan ha problemi con Duke, intanto un detective di Boston arriva a Haven per cercare un serial killer. Una misteriosa organizzazione civile prende provvedimenti per difendersi.

Audrey e Nathan devono trovare un modo per fermare un orda di barbari che sta invadendo le strade di Haven.

Un poliziotto di Boston collega un omicidio avvenuto a Haven ad altri crimini che portano la stessa firma e Audrey e Nathan sospettano di avere a che fare con un killer che ruba gli organi alle sue vittime.

Audrey sta cercando disperatamente il collegamento che c'è tra alcune morti su cui sta indagando e che sono in qualche modo collegate all'oceano. Ma il tempo stringe e Audrey deve trovare una spiegazione prima che sia troppo tardi.

I criminali di Haven sono presi di mira da una donna apparentemente invincibile e senza scrupoli che ha le sue idee in quanto a giustizia e punizione. Audrey cerca di organizzare un piano per fermarla prima che arrivi a Duke.

E' la notte di Ognissanti e Audrey, Nathan e Duke rimangono intrappolati in una casa infestata da presenze sovrannaturali.

Audrey e Duke tornano a Haven dal Colorado e si uniscono a Tommy nelle ricerche per la donna che ha il dono della "resurrezione". Tommy accetta di lavorare con loro soltanto per poterli sabotare e allo stesso tempo tenere al sicuro il suo segreto.

Duke sta leggendo il diario della famiglia Croker per trovare un rimedio alla sua maledizione e si ritrova proiettato all'indietro nel tempo, nella Haven del 1955 dove ovviamente le sue azioni portano conseguenze nel presente. Spetta a Nathan trovare un modo per riportarlo indietro.

Audrey si prepara ad affrontare il suo destino e fa di tutto per alterare il corso degli eventi ma si ritrova faccia a faccia con il Bolt Gun Killer.

Tutta Haven è profondamente addormentata e il caso del Bolt Gun Killer diventa sempre più complicato e Audrey è costretta a collaborare con l'unica persona sveglia in città.

Il liceo di Haven è terrorizzato da una serie di omicidi e Nathan e Duke decidono di ritornare nella loro vecchia scuola per aiutare Audrey a trovare il responsabile di quest'ondata di orrore.

Audrey, Nathan e Duke affrontano nuovamente il Bolt Gun Killer e Audrey si trova faccia a faccia con il suo destino.