Audrey Parker, un agent du FBI, est envoyée à Haven pour enquêter sur un homme qui s'est échappé de prison. Là-bas, elle rencontre Nathan Wuornos, un policier de Haven. Durant l'enquête, il arrive de drôles de phénomènes météorologiques.

À l'hôpital psychiatrique dit « Freddy » de Haven, le médecin responsable de celui-ci est d'une soudaine colère et fait preuve d'une force extraordinaire. À ce moment-là, trois patients s'échappent de l'asile "guéris" de leurs maladies. Une scène du même genre a lieu en ville, cette fois Nathan est pris de la même furie que le docteur.

Tous les incidents ont lieu quand une patiente, ancienne joueuse de musique, et son mari sont là. Nathan craint que l'heure des Phénomènes est de nouveau revenue. Tandis que l'agent Parker en découvre un peu plus sur la femme qui pourrait être sa mère.

Au marché de Haven, la plupart des produits vendus pourrissent instantanément et en même temps. L'agent Parker demande à Duke de l'aide dans la recherche de sa mère que celui-ci refuse poliment.

Un jeune homme vieillit de façon inexorable et finit par en mourir. Audrey n'a que très peu de temps pour trouver un remède à cette maladie, car Duke est victime de la maladie...

Au club de chasse de Haven, un de ses membres est attaqué et décède après une attaque qui serait celle d'un loup. Cette nuit-là était une nuit de pleine lune.

Sur un bateau de pêche réservé aux gens à gros portes-feuilles, l'un d'entre eux subit un incident très bizarre: ses os se brisent en des sens non conventionnels. Puis un autre est lacéré à mort dans son bureau.

Dans les premières scènes, un infirmier du centre médical se fait tabasser puis poignarder mais pas par un humain mais une ombre... A ce même hôpital, des familles essayant de faire leur deuil disent que leurs parents ou amis sont morts du au Spectre Noir.

Nathan est hésitant concernant sa relation avec Jess.

Lors de son anniversaire surprise dans un hôtel au large de Haven, Audrey découvre le nom de famille de sa mère et a confirmation de son prénom.

Le propriétaire laisse sa peau derrière lui. Cela fait de lui un caméléon, un monstre qui tue et s’empare de l'apparence de sa victime. Cette peau laisse croire que l'un des participants à la fête est mort. Nathan a cependant du mal à se faire au départ de Jess.

L'ancienne baby-sitter de Duke a des visions sur les morts de plusieurs personnes. Tout le monde cherche l'origine de ses visions où apparaissent le plus souvent du feu.

Ce soir-là, Audrey, Duke, la fille de l'ancienne médecin légiste ainsi que deux hommes jouent au poker sur le bateau du contrebandier. Le boss d'Audrey lui rend visite sur celui-ci mais tout tourne mal.

Audrey, son boss, la fille du médecin légiste et Duke sont kidnappés par les deux joueurs de poker après que ceux-ci ont pris le contrôle du bateau.

Un bateau refait surface lors de la dernière tempête passée à Haven. Le corps d'un certain James ou plutôt son squelette est retrouvé à bord. La famille de celui-ci est le mouton noir de la ville à cause de son alcoolisme. Mais l'un des membres serait un Phénomène.

Audrey et Nathan enquêtent sur les différentes fissures qui se déclarent à Haven. Pendant ce temps un homme avec un tatouage sur l'avant-bras revient à Haven pour retrouver sa famille mais aussi pour y mourir, tombé dans une des fissures. Le Chef pourrait bien être derrières ces catastrophes...