Mégatron manipule un Optimus désorienté (perdu sa mémoire suite à l'utilisation de la Matrice) pour qu'il rejoigne les Décepticons.

Jack trouve le moyen de rendre la mémoire à Optimus: Avec l'aide de la clé pour Vector Sigma sur Cybertron.

Optimus se rebelle contre Mégatron pendant que les Autobots tentent de récupérer leur chef via la mission sur Cybertron.

Bumblebee doute de sa place dans l'équipe Autobot après un échec.

Bumblebee découvre que MECH et Starscream sont responsables de ses malheurs et Ratchet affronte ses démons de son passé Cybertronien (Son échec d'avoir pu convenablement réparé les cordes vocales de Bumblebee après que Mégatron l'ait laissé quasi détruit.).

Wheeljack revient sur Terre à la recherche d'un Décepticon nommée Dreadwing. Optimus Prime commence à avoir des soupçons sur les réels motifs de Wheeljack de revenir sur Terre.

Arachnid et Starscream tentent de contrôler un guerrier Insecticon apparu sur Terre.

M.E.C.H. se crée un clone d'Optimus Prime, nommé Némésis Prime, et le télécommande pour qu'il ravage une base militaire. Naturellement, le vrai Optimus est blâmé pour cette destruction, et l'armée des États-Unis devient hostile. Les Autobots essayent alors de retrouver ce clone et ainsi prouver l'innocence d'Optimus.

L'agent Fowler a quelques explications à fournir sous la menace d'un tribunal militaire a propos de la dissolution de l'équipe d'Optimus Prime.

Bulkhead se retrouve piégé à bord du Nemesis alors que Mégatron est presque deux fois assassiné.

Lorsque le Nemesis menace l'humanité... Jack, Miko et Rafael sont les seuls qui peuvent y mettre fin.

Arcee et Bumblebee affronte Mégatron dans les sous-sols New-yorkais, alors que ce dernier cherche la 4ème relique de Iacon.

Optimus Prime se rend en Antarctique pour traquer quelques reliques des voûtes de Iacon, mais c'est là qu'il se retrouve pris entre des alliances changeantes.

Lors d'une chasse pour une relique, Ratchet et Wheeljack obtiennent une occasion unique en son genre quand le séide volant de Soundwave, Laserbeak, est désactivé.

Se déroulant en même temps que les épisodes "Tunnel Vision", "Triangulation" et "triage"... Bulkhead va sur une île volcanique de l'équateur afin de trouver la 4e et dernière relique de Iacon, pour seulement y découvrir qu'il s'agit d'un morceau de Tox-En , une forme d'Énergon hautement toxique. Alors qu'il tente de disposer de la Tox-En en la jetant dans un volcan, il est confronté à un groupe d'Insecticons dirigé par le féroce Hardshell.

Lorsqu'Arcee se retrouve en compagnie d'un vieil ami inattendu, ensembles ils découvrent un complot secret et élaboré que prépare les Décepticons afin de détruire à jamais les Autobots et revendiquer victoire.

Pendant que Starscream part à la recherche pour trouver de l'Énergon Rouge, un nouvel Autobot devient membre de l'équipe Prime. Tandis qu'Optimus Prime & Mégatron s'affronte à nouveau dans une bataille épique pour le contrôle de la Terre; les Autobots et les Décepticons trouvent quelques indices qui pourraient faire jouer dans la balance de cette la guerre et peut-être restaurer Cybertron.

Blessé fatalement, Silas est fusionné par M.E.C.H. avec le corps du Décepticon Breakdown. Maintenant un TF, Silas veut rejoindre les Décepticons et propose à Mégatron le "projet Damoclès", un satellite équipé d'un canon laser, capable de viser sur Terre. Pour contrer cette arme, les Autobots demande l'aide de Raf qui réussit à pirater le système et faire échouer l'attaque du satellite. Mégatron rappelle Silas à revenir au vaisseau et lui ordonne d'être disséquées par Knock Out

Les Autobots sont leurrés par les Décepticons de l'emplacement réelle d'une relique, l'épée "Star Saber". La relique est enfoncé dans une montagne et ne peut être enlevé que par un chef Autobot, un "Prime". Smokescreen et Jack en équipe, découvre l'emplacement et Ratchet informe les autres. Optimus Prime récupère alors l'épée et envois avec une puissante attaque au vaisseau Décepticon qui prend fuite. Retour à la base, Optimus Prime reçoit alors un message d'Alpha Trion via l'épée "Star Saber".

Mégatron essaie d'acquérir la puissance des Primes pour lui-même en déchiffrant les secrets des mystérieuses clés Oméga.

Mégatron essaie d'acquérir la puissance des Primes pour lui-même en déchiffrant les secrets des mystérieuses clés Oméga.

Smokescreen est capturé puis apprend en même temps l'emplacement de la clé d'Oméga et tente alors de récupérer toutes les autres clés volées.

Starscream propose une trêve à Mégatron mais Dreadwing menace de s'interposer sur son chemin.

La quête pour retrouver les clés d'Oméga amène les Autobots et les Décepticons à retourner sur Cybertron pour s'y battrent.

Mégatron met en marche les clés d'Oméga qui commence à faire revivre Cybertron en utilisant l'énergie vitalle de la Terre, qui la transformerait en planète morte, au point qu'Optimus est forcé de détruire les clés d'Oméga, condamnant Cybertron dans le processus. Mégatron lance une attaque de front sur les Autobots, parvenant à trouver leur base et les forces ainsi les Autobots à s'enfuir en solo, afin de mieux se cacher pour une future contre-attaque. Seul Optimus est pris sous les décombent de l'ancienne base Autobot une fois détruite par les Décepticons... est-ce la fin pour Optimus?