Alors que Jane enquête sur une femme retrouvée morte dans une benne à ordure, Frankie, de son côté, se retrouve impliqué dans une fusillade. Les affaires internes prennent l'affaire en main, ce qui gêne beaucoup les agents dans l'exercice de leurs fonctions. Rien n'est clair dans le déroulement de l'agression...

Un pêcheur est retrouvé mort sur sa barque. Parallèlement, Angela fait un régime tout en couleur. Elle ne mange que des fruits colorés. Francky, à la suite d'un pari, doit s'occuper d'un sac de farine...

Jane et Maura sont appelées à la BCU, un organisme de recherche dédiée à l'étude de la décomposition humaine : la victime d'un crime a été retrouvée enterrée. Angela cache des secrets à Jane...

Le meurtre d'un célèbre voleur conduit Jane et Maura dans le monde des objets d'art et de la contrefaçon. Jane doit traiter avec un agent du FBI, qui s'intéresse à son cas. Angela a un nouvel homme dans sa vie...

Maura apprend l'assassinat de son assistante Susie suspectée d’être véreuse.

Quand une jeune fille de 16 ans est tuée et laissée dans une cage, Jane et Maura se retrouvent face à un dilemme éthique d'un psychiatre, et face à l'opposition d'un procureur.

Lorsque le bijoutier à Boston de "cool et célèbre" meurt, l'enquête conduit à un membre de la famille Isles ... ce qui conduit à un secret que Maura a gardé pendant presque toute sa vie.

Le meurtre d'un étudiant prend une tournure bizarre quand Jane et Maura découvrent qu'il avait 32 copines. Alors en train de chercher qui l'a tué et pourquoi, elles sont entraînées dans un monde de développeurs d'applications, des amis virtuels et des relations fondées sur des mensonges. Pendant ce temps, Korsak introduit enfin à tout le monde la nouvelle femme dans sa vie.

Quand un entraîneur de chien est retrouvé mort à la maison, son champion Rottweiler est le principal suspect. Comme l'équipe enquête sur ce tueur improbable, Maura a une interaction particulière avec Kent.

Après la découverte d'un corps à Boston lié à un assassinat à Los Angeles, Jane et Maura remballent leur crème solaire et sauter dans un avion. Avec les filles hors de la ville, Angela et Korsak prévoient un "double date" avec leurs "date" respectives, Kiki et Ron.

La mort d'une ancienne toxicomane s'avère être connecté à la personne qui a mis le feu à l'appartement de Rizzoli, piraté ses comptes financiers et menacé elle-même et ses proches.

Maura est kidnappée et Jane et l'équipe font tout ce qu'ils peuvent pour la retrouver avant qu'elle ne soit blessé. Alors enlevé, Maura découvre un complot qui met Jane en position de cible.

Un gardien de sécurité dans un magasin d'herbes, arrête un vol. Le gardien est blessé par balle alors qu'il tue l'un des voleurs. La police a beaucoup de questions qui restent sans réponse. Rizzoli & Isles recherchent le voleur complice. Plus tard, Rizzoli poursuit ses efforts pour protéger Isles et Angela.

Jane et Maura enquêtent sur l'assassinat d'une femme qui fait partie d'un "club de la peur"; Korsak et Nina trouver le hacker de Jane, mais cette découverte conduit à d'autres questions; Korsak envisage de proposer à Kiki de l'épouser.

Quand une bataille d'armes à feu fait rage dans un quartier calme, laissant un mort, Jane et Maura sont jetés dans le monde secret d'une bande d'Europe orientale. Maura revient avec une fièvre tout en jonglant avec le travail et le jeu, et Angela et Kent prescrit plusieurs remèdes maison qui ont un effet surprenant.

L'horloge tourne alors que l'équipe travaille à résoudre un meurtre avec des conséquences explosives. Ron propose à Angela de l'emmener sur une escapade romantique.

Quand un soldat de l'Etat est tué dans le Maine, la voiture de fuite est traquée. L'équipe doit maintenant percer le mystère de l'obsession du cerveau avec Jane, afin de la protéger, et tourner le chasseur dans le chassé.