Un pescatore professionista, Mark Harris, viene ritrovato ucciso da un dardo di balestra durante un torneo. Inizialmente i sospetti cadono sugli altri partecipanti, invidiosi delle ripetute vittorie conseguite dall'uomo. Prima TV Italia 11 febbraio 2016

Nella" Fattoria dei Corpi", un laboratorio in cui si studiano i processi di decomposizione dei cadaveri, vengono rinvenute due salme che non fanno parte del programma di studio. Dopo l'identificazione, si scopre che le vittime sono marito e moglie, uccisi pero' a un anno di distanza l'uno dall'altra.

In un vecchio frigorifero viene ritrovato il cadavere di un uomo. Si tratta del russo Yuri Yevtushok, famoso ladro d'arte. Dalle analisi di elementi rinvenuti sul suo vestito, Maura capisce che e' stato al Museo d'Arte di Boston, prima di essere ucciso.

Susie viene uccisa. Nel suo appartamento vengono ritrovati elementi che lasciano pensare che fosse corrotta. Nel tentativo di riabilitarla si cerca tra le sue ultime indagini condotte.

Durante i saldi Helen, un'appassionata di grandi svendite, viene assassinata mentre cerca di farsi strada fra la folla per entrare in un grande magazzino. Il primo a essere sospettato del suo omicidio e' Elliot Dutton, un uomo che si trovava vicino a lei al momento della sua morte. Jane e Frankie lo interrogano, e scoprono che Elliot è affetto da prosopagnosia, un disturbo che lo rende incapace di riconoscere i volti.

In un bosco viene ritrovato il cadavere di una giovane ragazza chiuso dentro una gabbia. La povera vittima e' stata lasciata morire in quella prigione, senza violenza, ma anche senza pieta'. La assoluta mancanza di elementi rende le indagini molto complicate, finche' non si presenta da Maura un suo vecchio amico, il dottor Foley, noto psichiatra. Prima TV Italia 17 marzo 2016

Il padre di Maura, con cui ha perso i contatti, si rifà vivo e questo fatto potrebbe essere collegato all'omicidio di un gioielliere molto noto nell'ambiente dello star system.

Uno studente universitario viene ucciso e Jane e Maura scoprono che il ragazzo aveva una fiorente vita online come fidanzato a distanza di 32 donne.

Una donna viene ritrovata morta nella piscina di casa e si sospetta che il cane di famiglia, un Rottweiler sia il colpevole. Dopo che gli esami portano alla luce tracce di veleno, si sospetta delle due figlie.

Jane e Maura si recano a L.A. per indagare su due casi di omicidio: una vittima di Los Angeles e una di Boston che hanno nomi e impronte digitali simili.

Maura trova l'orologio di Jane, settato alle ore 5:26, all'interno del corpo di una vittima di omicidio. Korsak decide di sospenderla temporaneamente dal servizio e mentre il dipartimento indaga sull'omicidio, lei cerca di capire il senso dell'orario indicato.

Maura viene rapita e Jane e il suo team fanno tutto il possibile per ritrovarla prima che le venga fatto del male. Durante il suo periodo come ostaggio, Maura scopre una cospirazione che potrebbe mettere in pericolo Jane.

Una guardia giurata in un negozio di marijuana ferma una rapina ma viene ferita, tuttavia lui uccide uno dei ladri. La polizia ha molte domande sull'accaduto che però rimangono semza risposta. Rizzoli e Isle sono alla ricerca del complice dei rapitori, in seguito Rizzoli continua con i suoi sforzi di proteggere Isle e Angela.

Jane e Maura indagano sull'omicidio di una donna che faceva parte di un club speciale, il "Club della Paura". Korsack e Nina trovano l'hacker di Jane ma la loro scoperta porta a ulteriori domande. Korsack sta pensando di chiedere a Kiki di sposarlo.

In seguito a una sparatoria in un quartiere tranquillo, Jane e Maura indagano sulla vittima che è rimasta uccisa e finiscono per addentrarsi nel mondo delle gang dell'Europa dell'est. Maura viene colta da un'influenza mentre si bilancia tra lavoro e vita privata e Angela e Kent le prescrivono una serie di rimedi domestici con effetti sorprendenti.

La squadra deve lavorare contro il tempo per risolvere un omicidio che ha conseguenze esplosive. Angela fa un passo indietro quando Ron le offre di portarla via per un viaggio all'insegna del romanticismo.

Un agente governativo viene ucciso nel Maine e l'auto usata per il crimine viene fatta risalire a colui che ha organizzato gli attacchi ai danni di Jane. Il team deve svelare il mistero dell'ossessione di quest'uomo nei confronti di Jane per riuscire a fermarlo una volta per tutte.