Jane è incinta di Casey. Mentre affronta l'imprevista gravidanza le capita un caso che coinvolge il suo istinto materno. Una donna, Susan Murphy, viene uccisa in un parco, dove faceva jogging con suo figlio Brian. Il bambino è scomparso, rapito dall'omicida. La donna è divorziata da Raymond, padre del bambino, il quale oggi ha una nuova compagna, Caitlin. I sospetti si appuntano su quest'ultima, quando Maura determina che l'assassino è sicuramente una donna. Quindi non solo si devono trovare prove per incastrare Caitlin, ma bisogna scoprire dove ha abbandonato il bambino. Risolto il caso, l'episodio presenta l'uscita di scena del detective Frost.

Jane, Maura, Frankie, Korsak sono tristi e sconcertati per l'improvvisa morte del compagno di squadra Barry Frost. Arriva sua madre ,stordita dal dolore. Jane si offre di organizzare le esequie. Condividerà i preparativi con gli altri. Ma la squadra deve occuparsi di un caso improvviso. Una giovane donna, ricoperta di sangue, entra alla stazione di polizia con una pistola in mano. Dice di aver sparato a qualcuno, ma non ricorda chi, né dove, né quando. Non ricorda nemmeno il suo nome. Sulle prime, Jane e Korsak sono propensi a credere che finga, per invocare l'infermità mentale. Maura offre un'altra spiegazione. Le indagini, pian piano, conducono a scoprire la verità.

Un uomo viene trovato morto in un parco della città. Sul luogo del crimine viene rinvenuto anche un fucile. Risalendo al proprietario dell'arma si scoprirà che questo è scomparso. Un dettaglio lo unisce alla vittima: tutti e due hanno risposto a un annuncio di lavoro che offre un posto di guardiano in una fattoria. É un espediente per attirare ignari disoccupati a finire nella trappola di uno psicopatico che li uccide facendone sparire ogni traccia. Nel corso delle indagini, Jane cercherà invano di non far trapelare la notizia della sua gravidanza, e soprattutto si arrenderà all'evidenza di non riuscire ad affrontare questa nuova situazione da sola.

La squadra si confronta col mondo dei survivalisti, persone che si organizzano in vista di un'eventuale fine del mondo, costruendo bunker attrezzati di tutto. É proprio in uno di questi rifugi che viene rinvenuta una vittima. L'uomo aveva investito i suoi risparmi in lingotti d'oro, che però sono scomparsi. Si scopre che anche altri survivalisti sono stati vittime di furti all'interno dei loro bunker. Ma come è possibile, visto che questi hanno solo un accesso ben controllato? Si sospetta quindi il costruttore, che viene però trovato morto in seguito a un esplosione avvenuta in un tunnel, scavato all'insaputa dei proprietari dei rifugi. Ma non è stata la deflagrazione a uccidere il costruttore, è stato assassinato. C'è quindi una terza persona responsabile dei delitti. Il colpevole non può che essere uno della cerchia dei survivalisti.

Judith Barnett, una donna molto bella ed affascinante, viene pugnalata a morte nel suo appartamento. Al momento dell'omicidio il marito Alan, un noto dentista della città, stava operando una paziente. Perciò, viene subito escluso dalla lista dei sospettati, anche perché tutti gli indizi sembrano portare ad un unico possibile colpevole: Luis, il tuttofare di casa Barnett, un uomo dal passato violento e con gravi precedenti penali. Ma qualcosa non convince Jane che, per verificare i suoi dubbi, si avvale dell'aiuto di Susie, la sostituta di Maura che, nel frattempo, è andata fuori città per un convegno. Approfondendo le indagini, infatti, Jane scopre che Judith aveva subito un radicale cambiamento durante l'ultimo anno: aveva perso più di 40 chili frequentando un corso intensivo in palestra, conquistando così, oltre al peso forma, anche tutte quelle attenzioni maschili che in precedenza non aveva mai avuto.

Un mercante di libri rari, Brendan McHale, viene ucciso nel suo negozio. Si scopre che l'assassino torturatore ha cercato invano un libro. Jane scopre il nascondiglio. Ma il libro non è antico, anzi è un falso senza alcun valore. Deve celare un altro tipo di segreto.

Una giovane donna di nome Sidney viene uccisa con un colpo di pistola mentre sta trascorrendo una serata in discoteca con un'amica. L'unica testimone del delitto è una ragazzina di quattordici anni di nome Tasha, i cui genitori sono morti e che vive per strada. I sospetti si indirizzano subito sul marito della donna, Judson Allen, un facoltoso imprenditore con cui, da tempo, i rapporti erano estremamente tesi. In effetti, si scopre che Allen aveva pagato un sicario per far uccidere la moglie.

Jane è ancora ricoverata in ospedale a causa dei traumi riportati durante la precedente missione. Al suo risveglio scopre di aver perso il bambino e tutto il mondo le crolla addosso. Intanto, Korsak, Maura e Frankie sono alle prese con un caso molto difficile: una giovane donna, Fran, viene trovata morta in casa sua e le condizioni del corpo rivelano che la data del decesso risale a diversi anni addietro e che la causa è avvelenamento da cicuta.

Jane è al termine della sua convalescenza mentre Korsak è stato contattato da una vecchia conoscenza di gioventù, Rick Sullivan, in carcere da quindici anni, condannato per aver dato fuoco alla sua casa. Nell'incendio morirono la moglie e la figlia, ma si salvò il figlio maggiore, Jason. Rick è malato e desidera che l'amico riesamini il suo caso per dimostrare la sua innocenza e poter rivedere il figlio, che dal giorno dell'incendio non ha più voluto sapere niente del padre.

Mentre Boston è sotto l'assedio di una fortissima ondata di caldo, un uomo di nome Richard Nelson viene ritrovato morto nella vasca da bagno di casa sua. Dopo l'autopsia, Maura stabilisce che la vittima è morta per strangolamento e, subito dopo, spostata nella vasca da bagno riempita di ghiaccio per nascondere l'effettiva ora del decesso. Dalle ricerche effettuate si scopre che l'uomo possedeva una vera fortuna in titoli e che l'erede di tutto è la fidanzata, Alex Ruebens.

Danielle Mitchell, una giovane cameriera, viene ritrovata morta nel suo appartamento. E' stata strangolata, ma la scena del crimine è ordinata, il cadavere è sdraiato composto sul letto. Durante l'autopsia, Maura trova nella gola della vittima un turacciolo di sughero. Questo fa pensare a un omicidio avvenuto sei mesi prima, sempre di una ragazza, con le stesse precise modalità. Ma l'assassino era stato arrestato.

La Guardia Costiera sta cercando Jane, sparita col procuratore Paul Westcourt nelle acque gelide del fiume. Le indagini riprendono: chi ha ucciso l'amante del procuratore, chi voleva incastrarlo? Angela è determinata a trovare lavoro. Con l'aiuto di Frankie si prepara per un colloquio.

Su una spiaggia di Boston compare il piede di un cadavere, ancora dentro la sua scarpa da corsa. Poco più tardi il mare restituisce il tronco di un uomo, senza testa né braccia. Le analisi stabiliscono che i due pezzi umani appartengono a persone diverse, le vittime sono due. Nella colonna vertebrale del tronco viene rinvenuto un impianto in titanio. Grazie al numero di serie si stabilisce l'identità di una delle due vittime.

Dylan Blyer, e la moglie Zoe, sono i fondatori della Mamaki Abbigliamento. Una sera, rientrando in uno dei suoi negozi, trova un intruso che fruga tra i documenti. Nasce una colluttazione, Dylan cade da un soppalco e muore.

Todd Reynolds, onesto padre di famiglia, mentre rientra a casa dal suo lavoro notturno ha un guasto alla macchina. Si ferma un automobilista, non per aiutarlo, ma per ucciderlo a sprangate.

Ned Drake sta litigando con un automobilista per un parcheggio quando viene raggiunto da un proiettile. Analizzando l'area, Jane e Korsak capiscono che lo sparo doveva provenire dal Franklin Park, adiacente alla strada. Cercando nel parco, scoprono la postazione di un cecchino su un albero.

In questo finale della quinta stagione: Linda Wallace sta facendo un gioco erotico col marito Ronald, un imprenditore edile. Lei è bendata e ammanettata al letto, lui, travestito da Batman, deve salvarla. Ma Linda, all'improvviso, sente un tonfo: Ronald è crollato al suolo con il cranio squarciato da un colpo violentissimo.