Une jeune fille est retrouvée morte sur une plage. Maura doit gérer des problèmes avec ses parents et sa demi-sœur, et Jane avec un ancien co-équipier qui arrive au poste.

Le baptême de TJ ne se passe pas vraiment comme prévu. D'abord Lydia débarque avec l’idée d'emmener sa nouvelle famille loin de Boston et Maura remarque la présence d'un cadavre dans l'église.

Un homme est retrouvé mort dans sa voiture. Dedans, il y a le badge de Maura qu'il a rencontrée la veille lors d'un gala. Toutes les preuves sont contre Maura qui ne se souvient de rien.

C’est le premier jour du procès de Paddy, pour meurtre. Hope en apprend plus à Maura sur son père. Maura doit décider de quel côté elle se trouve, lorsqu'avec sa collège policière, elles lèvent le voile à propos d'un lourd secret concernant en premier lieu, Paddy et Hope.

Alors qu'elle achète son café, Jane le renverse sur une inconnue. La scène est filmée et va faire le tour du net, le suspect est persuadé de faire l'objet d'un complot.

Un professeur est tué lors d'une tentative de fuite. Ce n'est sans doute pas un simple accident. Jane est préoccupée par le favoritisme apparent du lieutenant Martinez envers la brigade anti-drogue.

Un crime est commis lors d'un match de hockey entre adolescents. Jane est obligée de faire arrêter le match et faire face à des parents pas très coopératifs.

Deux policiers ont été tués et le mode d'opération paraît être le même que celui de Charles Hoyt. Le meurtre est découvert sur le lieu d'un symposium sur Hoyt, où Jane faisait un discours.

L'équipe enquête sur une affaire particulièrement dangereuse, un homme a été tué lors d'un concours de dragsters. Jane est persuadée que l'affaire a également un rapport avec la drogue.

Dans une salle d'audience, lors d'un procès auquel participait sa fille, le juge Harper s'effondre brusquement et est prise de convulsions puis meurt.

Une femme est retrouvée morte, électrocutée par une radio dans son jacuzzi. L’équipe enquête également sur un autre meurtre, un homme qui a été abattu dans le parking du bâtiment d'une salle de gymnastique.

Abraham Reynolds, qui a voulu empêcher un homme déguisé en clown d'enlever un enfant, est retrouvé mort devant sa maison. Ce drame rappelle à Cavanaugh, le chef de l'équipe d'enquêteurs, une affaire similaire : le kidnapping par un clown du petit Nick Hamilton, à la sortie d'une école, quelques années plus tôt. Pendant ce temps, Jane et Casey doivent décider s'ils veulent vraiment se marier.

Le corps sans vie de Natasha Osmanski, une étudiante du Conservatoire de musique du Massachusetts, est retrouvé dans les toilettes d’un bar où a lieu un concert. Elle a été poignardée. Les enquêteurs découvrent bientôt que la victime est la fille d’un célèbre compositeur et chef d’orchestre. En parallèle, le père de Rizzoli, qui n'avait pas donné signe de vie depuis plus d'un an, réapparaît...

Le cuisinier Holden, gagnant de la dernière saison du jeu télévisé America’s Best Chef, a été assassiné juste devant son restaurant, à Copley Plaza. L'enquête est confiée à Rizzoli et Isles. Maura retrouve une substance toxique inconnue sur le cadavre. Elle interroge les autres candidats de l'émission. Quelque temps plus tard, un colis piégé destiné à Maura est découvert au poste de police. L'ordre d'évacuer est donné.

Natalie, la fille du sénateur Valérie Bloomfield, est exécutée par son chauffeur sur une route déserte, près de Boston. Rizzoli et Isles coopèrent avec les services secrets. Elles découvrent que la victime, ingénieure en informatique, collectait des renseignements pour la National Security Agency (NSA). En fouillant ses affaires, Korsak comprend que la jeune femme voulait quitter le pays. En parallèle, Jane apprend à Maura qu’elle va épouser Casey.