L'amicizia tra Jane e Maura subisce un'incrinatura dopo che Jane spara al padre biologico di Maura, il gangster Paddy Doyle. Nel frattempo Jane si ritrova coinvolta in un'indagine degli Affari Interni e cosi' la sua relazione con l'agente Dean viene a galla.

La tensione tra Jane e Maura continua a crescere causando disagi anche a chi sta loro vicino. Le due devono pero' mettere da parte i loro problemi personali per indagare sul caso di una studentessa di geologia, ritrovata morta nei sotterranei dell'università.

Il veterano Bernard Avery, soldato con disturbi da stress post-traumatico, viene trovato morto. Sara' il primo di una serie di omicidi. Durante il caso Maura fa la conoscenza di un nuovo ragazzo, Dennis, mentre Jane si ritrova ad affrontare emozioni contrastanti quando una persona legata al suo passato si rifa' viva all'improvviso.

>Sulla panchina di una fermata d'autobus viene ritrovato il cadavere di una donna. Se non fosse per lo squarcio che ha sulla testa, sembrerebbe una grossa bambola. Il giorno successivo compare una seconda vittima, anche questa vestita come una bambola. Una scheggia di frassino bianco trovata sulla scena del crimine fa indirizzare i sospetti verso qualcuno legato alla polizia.

Una giovane donna viene trovata morta in un cassonetto. Il cadavere e' difficile da identificare poiché presenta molte bruciature alle mani. Per risalire alle impronte digitali si deve ricorrere ad una tecnica usata dalla dottoressa Hope Martin, la vera madre di Maura. Jane insiste per incontrare la donna, Maura non approva, ma per risolvere il caso e' costretta ad interpellarla.

Un brandello di orecchio umano viene trovato nella serratura del portone di una lussuosa villa. Dopo alcune ricerche Jane trova il cadavere dell'uomo a cui appartiene l'orecchio all'interno di un bidone della spazzatura. L'uomo, al momento della morte, indossava un mantello e una maschera veneziana. Le indagini portano alla scoperta di un sexy-club frequentato da ricchi investitori. Nel frattempo Maura conosce la figlia di Hope ovvero sua sorella. La ragazza e' in attesa di un trapianto di rene.

Lo psichiatra Rod Parker e sua moglie Eve vengono uccisi. La polizia indaga tra i pazienti del Dottor Rod. Nel frattempo Frankie scopre che Lydia, l'amante di suo padre, e' incinta mentre Jane riceve strani messaggi sul suo telefono.

Una sposa serba viene uccisa sull'altare. La sorella, unica parente, sparisce nel nulla. Unico indizio un marchio a fuoco sul collo della vittima. Nel frattempo Frankie e Frost si contendono la nuova vicina di casa di Jane, la bella Riley, che pero' sembra nascondere qualcosa.

Jane scopre che Lydia, la ragazza che aspetta un figlio da Frank Rizzoli, suo padre, o da Tommy Rizzoli, suo fratello, è ospite a casa di Maura. Jane è terrorizzata all'idea che Angela possa scoprire la verità. Nel frattempo Shane, il cantante di una boy band composta da tre fratelli, viene assassinato brutalmente. Il giovane era un vecchio amico del fratello di Jane.

Jane e il team stanno lavorando a un caso di avvelenamento che ha colpito il Caffè della Divisione uno. uccidendo un uomo. Angela e Stanley si ritrovano sotto un intenso scrutinio, Tommy vuole la prova biologica per la paternità del bimbo di Lydia, il detective Korsak riprende i contatti con una delle sue ex mogli.

Un giovane e famoso scrittore viene trovato morto; apparentemente sembrerebbe un suicidio, ma Jane e Maura sono sospettose al riguardo. Nel frattempo, Frost si fa coinvolgere in modo ossessivo da un vecchio caso riguardante un giovane studente afro-americando a cui è stato negato l'appello finale.

Greg Jensen, un piccolo produttore di birra, viene assassinato. Durante le indagini si scopre che Greg conduceva un'insolita doppia vita, nascondendo alla moglie una travolgente passione per un gioco di ruolo online. Rondo porta in centrale Dawg, Dania e Reuben, tre adolescenti della casa di accoglienza dove presta servizio volontario.

La squadra indaga sulla morte di un ex giocatore di football. Nel frattempo Frost riceve la visita della madre che ha sorprendenti novita' da comunicare. Anche Casey Jones ha delle rivelazioni da fare a Jane.

Durante le prove di una rappresentazione teatrale amatoriale, una pistola di scena manomessa spara davvero, uccidendo il protagonista. La vittima, Ryan Granger, si occupava della manutenzione del centro in cui avrebbe dovuto aver luogo la rappresentazione. Il dottor Hoper Martin si presenta inaspettatamente da Maura per chiederle un favore particolare mentre Jane è preoccupata per l'imminente operazione di Casey.