Après avoir été grièvement blessée par balle, Jane est récompensée lors d'une cérémonie publique. Mais la fête est écourtée lorsqu'une voiture piégée explose devant le bâtiment. L'enquête qui est aussitôt ouverte réunit Jane et le sergent-major Casey Jones, son amour de lycée, qui l'aidera peut-être à guérir de ses traumatismes. Pour l'heure, il s'agit d'identifier au plus vite le terroriste, qui pourrait commettre un nouvel attentat n'importe où en ville. Sa première attaque a déjà fait un mort : un soldat décoré. La hiérarchie demande des résultats rapides. Jane recueille les premiers indices sur la scène de crime. Une piste semble prometteuse...

Jane et Maura profitent de leur journée dans un spa lorsqu'elles découvrent le cadavre d'une femme enceinte. Par la suite, Jane apprend que la victime était en réalité une mère porteuse, et se met à la recherche des parents biologiques du bébé...

Peu de temps après le traditionnel défilé des militaires de la Marine dans les rues de Boston, une jeune femme est retrouvée assassinée. Alors que le père de Frost revient en ville, provoquant des tensions avec son fils, Maura a un rendez-vous galant avec le mécanicien d'Angela...

Lorsque la fille de son ancien coéquipier est kidnappée, Jane se lance immédiatement à sa recherche, craignant que son enlèvement soit lié à une autre affaire, dans laquelle une jeune fille a été retrouvée morte quelques heures auparavant. Le corps a été retrouvé dans les bois environnants. La jeune victime portait un vêtement à capuche et ne semble pas avoir été frappée. Jane se lance dans une course poursuite pour tenter de retrouver l'enfant enlevée avant qu'il ne soit trop tard. La police scientifique recueille les indices sur la scène de crime pendant que les agents se lancent sur différentes pistes...

Jane et Maura enquêtent après la découverte du corps sans vie du coach de l'équipe de baseball de Boston dans le vestiaire. Pendant ce temps, Tommy, le frère de Jane, rentre à la maison après un séjour en prison...

La reconstitution d'une bataille qui remonte à la guerre de l'Indépendance se transforme en scène de crime lorsqu'un des participants est retrouvé mort. Les connaissances étendues de Maura en matière d'histoire américaine se révèlent essentielles pour résoudre l'affaire. Pour l'heure, la parole est plutôt à la police scientifique, qui recueille les premiers indices sur le lieu du drame. Maura apporte tout son flair dans ce dossier délicat. Dans le même temps, Constance, la mère de Maura, débarque à Boston afin de présenter sa nouvelle exposition. Son arrivée provoque quelques situations inattendues. L'enquête s'en trouve perturbée...

Jane et son équipe enquêtent sur ce qui semble être une chasse aux sorcières des temps modernes. Pendant ce temps, l'ex-petite amie de Frankie revient avec une surprise de taille, mais Jane ne semble pas prête à faire table rase du passé et n'hésite pas à dire ce qu'elle pense vraiment...

Après la découverte du cadavre d'un homme, tué au cours de ce qui semble être une agression qui aurait mal tourné, Jane et Maura décident de fouiller son passé familial. De manière tout a fait dramatique, le fils de la victime a assisté à l'attaque. Les agents suivent une piste qui les conduit sur une affaire d'enlèvement et de drogue. Pendant ce temps, une ancienne relation de Maura, Ian, dont Jane n'a jamais entendu parler, refait mystérieusement surface. Angela Rizzoli ne tarde pas à comprendre qu'il se passe quelque chose de suspect entre Maura et Ian. Elle est également persuadée que Ian cache certains éléments de son histoire à Maura...

Un jeune homme est assassiné dans les toilettes d'une prison, quelques minutes avant sa sortie officielle de l'établissement. Lorsque Jane et Maura arrivent sur les lieux, elles découvrent avec stupeur que le tueur en série Charles Hoyt n'est pas étranger à ce meurtre. Elles commencent à repérer les indices qui pourraient leur permettre de comprendre quel était le mobile du criminel. Pendant ce temps, Frankie se prépare à passer un examen pour devenir détective. Même s'il possède toutes les qualités pour être reçu brillamment, il ne peut s'empêcher de stresser sur l'issue des épreuves.

Lorsqu'un jeune militant est abattu en pleine rue, un adolescent décide de témoigner contre le chef d'un gang reconnu, à qui l'on attribue une quinzaine d'autres meurtres dans la ville. Alors que les détectives tentent de ne pas impliquer la presse dans cette affaire, le présentateur Bill O'Reilly débarque en ville pour dédicacer son livre et critique délibérément la police...

L'équipe de police de Boston s'associe avec le FBI pour enquêter sur le meurtre d'un directeur de banque durant un vol à main armée. Rizzoli et Isles collaborent comme à l'accoutumée pour tenter d'identifier le meurtrier. Elles recueillent les principaux indices et interrogent les témoins du drame, ainsi que les collaborateurs de la victime. Le frère de Jane, Tommy, dont les sentiments pour Maura s'amplifient, se retrouve peu à peu mêlé à l'enquête, ce qui ne va pas faciliter la poursuite des investigations dans une ambiance sereine et dépassionnée...

Jane se rend à une réunion des anciens de son lycée en compagnie de Maura. Alors que la fête bat son plein, un de ses anciens camarades est assassiné sur le terrain de football. Jane s'intéresse alors au passé de ses camarades, tous considérés comme de potentiels suspects. De son côté, Korsak reçoit la visite de son ex-femme Melody, qui souhaite le convaincre d'investir dans son nouveau business...

Lorsque la mère d'une danseuse est poignardée durant une compétition mondiale, Jane et son équipe se mettent en quête du tueur. Les enquêteurs pensent tout d'abord qu'il s'agit d'une histoire de vengeance, voire du crime d'un déséquilibré. Ils réalisent toutefois que les déclarations de la victime ne sont pas cohérentes. Certains aspects de son passé semblent, par ailleurs, suspects. Et si elle avait menti aux agents ? Dans le même temps, le beau-fils de Korsac est accusé d'avoir tiré sur un policier. Vince, persuadé qu'il est innocent des faits qui lui sont reprochés, fait tout pour découvrir le véritable auteur de l'agression...

La police enquête sur la mort d'un pompier, décédé alors qu'il intervenait sur un sinistre : le feu a très bien pu être allumé intentionnellement par un criminel...