After taking a bullet in the Season Finale during a siege of the precinct, Jane Rizzoli is honored as a hero at a public event. The celebration is short-lived, however, when disaster strikes. The ensuing case reunites Jane with an old high-school flame, Sgt. Major Casey Jones, who may be just the person she needs to heal her emotional scars.

Jane and Maura's relaxing day at an outdoor spa is anything but when they discover the murder of a pregnant woman serving as a surrogate mother. Soon the hunt is on to find the baby's biological parents.

When the daughter of a police officer is kidnapped in front of her younger brother, Jane and the team race to find the girl, fearing her abduction is connected to another case in which a young girl turned up dead only hours earlier.

Jane and Maura investigate after the coach of the Boston Pilgrims baseball team is found dead in the locker room. The death comes as a star player and the team owners battle for control of the team. Meanwhile, Jane's brother Tommy returns home after being released from jail.

A Revolutionary War re-enactment becomes the scene of a real killing when a soldier turns up dead. Maura's extensive knowledge of American history becomes important as she and Jane try to solve the case. And Maura's brilliant mother, Constance Isles, comes to Boston for an art exhibit.

Jane and the team investigate what appears to be a modern-day witch hunt in Salem. Meanwhile, Frankie's old girlfriend returns to town with a surprise, and Jane has no problem speaking her mind about the situation.

Jane and Maura investigate a family's background when a man is killed; Jane suspects that Maura is hiding something.

When a young dockworker is found dead, the team discovers that there are mob connections; Jane tries to avoid sensitivity training; Maura starts spending time with Jane's brother.

A serial killer claims to have clues about the murder of another prisoner; Frankie Jr. prepares to take the detectives exam.

The shooting of a community activist brings out a witness who's willing to testify. TV host Bill O'Reilly airs his disapproval of the police department.

Boston Homicide teams up with the FBI after a bank manager is shot during a robbery. Jane’s brother Tommy may be facing more trouble just as his relationship with Maura begins to grow. Tessa Thompson guest-stars as by-the-book FBI Agent Anna Farrell, who has a complicated history with Detective Frost.

Jane hermoilee tulevaa luokkakokoustaan, johon osallistuu tyttökoulua käyneen Mauran kanssa lukioaikaisen poikaystävänsä Caseyn jouduttua perumaan treffit. Kokous saa kuitenkin täyskäännöksen, kun yksi Janen vanhoista koulututtavista ammutaan urheilukentällä. Murhatutkimus paisuu ja sotkeutuu, kun entisiä lukiotovereita kuolee useampikin ja kiemuraiset suhteet paljastuvat. Korsakin ex-vaimo tupsahtaa vierailulle. Amerikkalainen rikossarja, jossa kaksi vahvaa uranaista panee Bostonin kuriin ja järjestykseen.

Tunnelma kiristyy tyttöjen tanssiryhmässä, kun tanssijan äiti murhataan kesken esityksen. Uhrin henkilötiedot ovat kuitenkin olemattomat ja monet kauneuskirurgiset leikkaukset ovat muokanneet hänen ulkonäköään, joten Janen ja Frostin on kohdattava hyytävä kysymys siitä, mitä identiteettiä vaihtanut nainen perheineen oikein pakeni. Korsakin poikaa Joshia syytetään poliisin ampumisesta, ja isän ja pojan kärjistynyt suhde nousee tapetille. Amerikkalainen rikossarja, jossa kaksi vahvaa uranaista panee Bostonin kuriin ja järjestykseen.

Toisen tuotantokauden päätösjaksossa Jane kollegoineen tutkii palomiehen kuolemaa tuhoisassa tulipalossa, jonka tuhopolttoon viittaviin jälkiin Maura pureutuu. Kun Maura päätyy äitinsä kanssa keskelle tahallista yliajoa, kääntyy naisen huomio kuitenkin toisaalle. Onko tapauksella tekemistä tuhopolton kanssa vai onko kyseessä Mauralle kaunainen rikollinen. Entä miten käy, kun Jane kertoo tapailemalleen agentti Deanille Mauran rikollispomona tunnetun isän saapuneen tyttärensä rinnalle? Amerikkalainen rikossarja, jossa kaksi vahvaa uranaista panee Bostonin kuriin ja järjestykseen.