Se produce la reincorporación de Rizzoli a su puesto de trabajo. Poco a poco, las cosas se irán complicando de nuevo para las protagonistas, puesto que ahora los casos no sólo implican a terceras personas, sino también a sus familias y allegados.

Rizzoli y Maura se relajan en un spa al aire libre, su descanso se interrumpe cuando deben encontrar a los padres de un bebé de una madre de alquiler.

La hija de un policía, es secuestrada y el departamento de Rizzoli trabaja para encontrar a la chica antes de que sea demasiado tarde.

Jane y Maura investigan el asesinato del entrenador del equipo de béisbol ¿Boston Pilgrims¿. Lo que parece un accidente, resulta ser algo más.

Maura investiga un asesinato en una representación de la Guerra de Independencia. El conocimiento de Maura sobre historia ayudará a resolver el caso.

Jane y el equipo de investigación profundizan en el mundo moderno de las brujas. Frankie recibe una visita sorpresa de su ex-novia.

Sin pistas obvias de por qué un hombre fue asesinado, Jane y Maura debe profundizar en sus conocimientos para obtener respuestas.

El equipo investiga la muerte de un trabajador portuario y encuentran conexiones con la mafia.Maura y Tommy comienzan a pasar tiempo juntos.

Tras el asesinato de un preso, un asesino en serie afirma tener información útil para resolver el caso.

Elmore Gregory, un hombre dedicado a los jóvenes de la comunidad, que es asesinado por un mafioso local llamado Terrance "Pequeño T" Jones que le había disparado desde su coche ante la mirada de terror de uno de los jóvenes al que Gregory apoyaba. Dante Moore, el joven, se ha ofrecido como testigo para encerrar a Pequeño T por asesinato. Valerie Delgado es la fiscal del caso y ella y la policía tratan de que Dante siga con vida para el juicio ya que podría correr peligro ya que ningún testigo ha conseguido llegar a declarar contra él en anteriores ocasiones. La madre de Jane es fan de Bill O'Reilly y él estará en la ciudad cubriendo el juicio.

Tommy, que ya tiene 32 años, se muda y aunque todos le ofrecen su ayuda, su hermana no está dispuesta a que nadie le pague sus gatos al emanciparse, sobre todo Maura. Tommy le entrega como regalo de despedida a la doctora un vino de 1994 muy especial y antes de despedirse casi acaban besándose. El FBI se une al equipo para investigar un robo en un banco que causó la muerte de un agente.

Un antiguo compañero de Jane aparece muerto en el campo de fútbol. Con la vuelta al pasado, todos los de su clase son sospechosos potenciales.

La madre de una estrella del baile profesional es asesinada en una competición. Jane y su equipo pronto descubrirán la historia oculta de la mujer.

Un bombero muere en un fuego que estaba intentando apagar. Pero Jane y Maura sospechan de que no se trata de un hecho accidental, sino que alguien tiene intereses ocultos. La investigación acabará con alguien siendo ingresado en el hospital. Por otro lado, el agente del FBI Gabriel Dean trata de recuperar su buena relación con Jane.