Na een kogel te hebben opgevangen in de seizoensfinale tijdens een belegering van het district, wordt Jane Rizzoli geëerd als held tijdens een openbaar evenement. Het feest is echter van korte duur wanneer het noodlot toeslaat. De daaropvolgende zaak herenigt Jane met een oude middelbare schoolvlam, Sgt. Majoor Casey Jones, misschien wel de persoon die ze nodig heeft om haar emotionele littekens te helen.

Jane en Maura's ontspannende dag in een buitenspa is allesbehalve wanneer ze de moord ontdekken op een zwangere vrouw die dienst doet als draagmoeder. Al snel wordt er gezocht naar de biologische ouders van de baby.

Kort nadat matrozen de straten van Boston binnenvallen voor Vloot Week, wordt een jong meisje dood aangetroffen. Frosts vader, een admiraal van de marine, komt naar de stad en veroorzaakt spanningen met zijn zoon. En Maura heeft een date met Angela's monteur.

Wanneer de dochter van een politieagent wordt ontvoerd in het bijzijn van haar jongere broer, haasten Jane en het team zich om het meisje te vinden, uit angst dat haar ontvoering verband houdt met een andere zaak waarin een jong meisje slechts enkele uren eerder dood werd aangetroffen.

Jane en Maura onderzoeken nadat de coach van het honkbalteam Boston Pilgrims dood in de kleedkamer wordt gevonden. De dood komt als een sterspeler en de teameigenaren strijden om de controle over het team. Ondertussen keert Jane's broer Tommy terug naar huis nadat hij uit de gevangenis is vrijgelaten.

A Revolutionary War re-enactment becomes the scene of a real killing when a soldier turns up dead. Maura's extensive knowledge of American history becomes important as she and Jane try to solve the case. And Maura's brilliant mother, Constance Isles, comes to Boston for an art exhibit.

Jane and the team investigate what appears to be a modern-day witch hunt in Salem. Meanwhile, Frankie's old girlfriend returns to town with a surprise, and Jane has no problem speaking her mind about the situation.

Jane and Maura investigate a family's background when a man is killed; Jane suspects that Maura is hiding something.

When a young dockworker is found dead, the team discovers that there are mob connections; Jane tries to avoid sensitivity training; Maura starts spending time with Jane's brother.

The shooting of a community activist brings out a witness who's willing to testify. TV host Bill O'Reilly airs his disapproval of the police department.

Boston Homicide teams up with the FBI after a bank manager is shot during a robbery. Jane’s brother Tommy may be facing more trouble just as his relationship with Maura begins to grow. Tessa Thompson guest-stars as by-the-book FBI Agent Anna Farrell, who has a complicated history with Detective Frost.

Jane attends her high school reunion and brings Maura along for the ride, but the fun is cut short when one of her old classmates turns up dead on the football field. Jane must focus on the past when she realizes everyone in her class is a potential suspect. Meanwhile, Korsak gets a visit from ex-wife Melody Patterson (guest star Lolita Davidovich), who hopes he’ll invest in her new business. Chris Vance returns as Sgt. Major Charles “Casey” Jones, an old flame of Jane’s, and Matthew Del Negro guest-stars as Angela’s car mechanic, Giovanni, who once had eyes for Maura.

The world of competitive dance turns deadly when the mother of a star performer is stabbed to death at a competition. Jane and the team search for clues, but they soon realize something is off about the woman’s history. Korsak has his hands full when his stepson is accused of shooting a cop. Guest star Lolita Davidovich returns as Korsak’s ex-wife Melody.

When a warehouse fire kills a firefighter, Jane and Maura must investigate whether it was arson or an accident. But the investigation hits a snag when a hit-and-run leaves someone in the hospital. Guest star Billy Burke returns as FBI Agent Gabriel Dean, who hopes to rekindle his relationship with Jane. And guest star Jacqueline Bissett reprises her role as Maura’s mother, Constance Isles.