Detective Jane Rizzoli and medical examiner Maura Isles investigate the grisly murder of a wealthy couple. The M.O. matches the work of a serial killer known as the Surgeon, who once nearly murdered Jane. Now that the Surgeon is behind bars, it seems one of his proteges is picking up where he left off.

Jane en Maura onderzoeken de mysterieuze dood van een jonge jongen wiens familie uit Kaapverdië komt. In eerste instantie lijkt het erop dat hij is overleden tijdens een poging tot uitdrijving, en het kan zijn dat Jane een bericht van buiten het graf nodig heeft om precies te lokaliseren wat er is gebeurd. Jane wordt afgeleid van de zaak wanneer haar moeder haar op een verrassingsdatum regelt.

Nadat een studente op klaarlichte dag is neergeschoten, blijkt uit het onderzoek dat ze meer dan een paar geheimen had. Ondertussen krijgt Jane's moeder Angela ruzie met haar vader over de auto.

De oudste broer in een Boston "Brahmin"-familie (directe afstammelingen van passagiers op de Mayflower) wordt dood aangetroffen in de haven na een schijnbaar zeilongeluk. Maar Maura's nauwe band met de familie en Jane's wrok over de rijkdom die ze tentoonspreiden, dreigen hun onderzoek te laten ontsporen. Angela probeert ondertussen een Polynesische gezondheidsdrank te verkopen.

Jane en Maura onderzoeken wat een haatmisdaad lijkt te zijn, de brute aanval en moord op een vrouw die een lesbische bar verlaat. Nu Jane undercover gaat, hopen ze de moordenaar naar buiten te lokken. Naast haar werk koppelt Maura Jane aan een knappe yoga-instructeur.

De Boston Marathon verandert in een plaats delict wanneer een schutter zich op lopers begint te schieten. Jane en Maura racen om de moordenaar te pakken te krijgen voordat andere worden neergeschoten. Jane en Maura moeten hun onderzoek in het geheim uitvoeren om geen massale paniek te veroorzaken.

Jane werd ooit ontvoerd en bijna vermoord door de gevangengenomen seriemoordenaar Charles Hoyt. Nu heeft een lichaam gevonden in een park alle aanwijzingen dat het zijn werk is. Jane moet haar best doen om haar angst voor deze man in bedwang te houden, terwijl Maura probeert in de geest van de moordenaar te kruipen.

Een onderzoek leidt Jane naar het bewogen verleden van Boston wanneer een identiteitsdief wordt vermoord. Maura gaat op een persoonlijke zoektocht.

Nadat een undercoveragent die werkt aan een drugssmokkel, is doodgeschoten, richten de moordenaars zich vervolgens op het hoofdbureau van moordzaken in Boston, waardoor Jane, Maura en Frankie Jr. vastzitten in een gevecht om te overleven op hun eigen terrein. Het is een situatie die Maura zal dwingen zichzelf uit te dagen als nooit tevoren. Aan het thuisfront zijn Jane's ouders verheugd dat hun oudste kind, Tommy, wordt vrijgelaten na een tijd in de gevangenis te hebben gezeten.