La detective Jane Rizzoli e la dottoressa Maura Isles lavorano insieme sul caso dell'omicidio di una coppia di benestanti le cui caratteristiche fanno pensare al serial killer chiamato 'il Chirurgo', che al momento però si trova in prigione.

Jane e Maura indagano sulla morte misteriosa di un ragazzo che potrebbe essere il risultato di un tentativo di esorcismo. Intanto la madre di Maura le combina un appuntamento a sorpresa.

Angela ha un litigio con suo marito per via dell'auto. Una studentessa viene uccisa in pieno giorno da colpi da arma da fuoco e durante le indagini vengono fuori i suoi segreti.

Un membro della famiglia Brahmin di Boston rimane vittima di quello che sembra un incidente di vela. Maura e Jane indagano, ma tra di loro si crea attrito per via della famiglia della vittima. Intanto Angela cerca di sponsorizzare una bevanda salutista.

Jane sta lavorando sotto copertura per risolvere il caso di una donna uccisa dopo aver lasciato un bar gay. Maura decide di fare da cupido e presenta a Jane un istruttore di Yoga.

Durante la Maratona di Boston i partecipanti vengono presi di mira da un cecchino. Jane e Maura devono condurre le indagini con la massima discrezione per evitare che si crei il panico in città.

Jane lavora su un caso che potrebbe avere a che fare con Charles Hoyt, un serial killer che all'epoca la rapì prima che fosse catturato e condannato. Jane cerca di non lasciarsi prendere dal panico mentre Maura cerca di entrare nella mente del killer.

Le indagini di Jane su un ladro di identità la portano a contatto con il passato malavitoso di Boston. Dopo aver scoperto delle informazioni sconvolgenti, Maura segue una pista per indagini personali.

L'assassino di un poliziotto sotto copertura prende di mira il distretto, mettendo a rischio le vite di Jane, Maura e Frankie Jr. Intanto Angela e Frank attendono con ansia il ritorno di Tommy che è stato appena rilasciato di prigione.