Deux femmes que tout oppose, Jane Rizzoli, détective à poigne à la brigade criminelle de Boston, et Maura Isles, médecin légiste introvertie, s'unissent pour résoudre des meurtres. Le duo de choc enquête en ce moment sur le meurtre d'un homme marié, dont la gorge a été tranchée. Sa femme, qui a disparu, semble avoir été violée sous ses yeux. Pour retrouver le meurtrier, Rizzoli fait appel à un autre assassin, emprisonné, qui avait failli la tuer lors d'une précédente affaire. Elle pense qu'un tueur en série pourrait être à l'origine du crime. Elle cherche à percer sa psychologie pour définir son profil psychotique et parvenir à l'arrêter...

Jane Rizzoli, qui a décidément bien du mal à travailler avec son nouveau supérieur, enquête sur la mort d'un jeune skateur cap-verdien. Maura Isles n'arrive pas à en déterminer la cause, mais des traces d'exorcisme sont décelées sur le corps de l'adolescent. Bientôt, les soupçons se portent alors sur le prêtre de l'église que fréquente la mère de la victime...

Alors que Maura fait visiter le commissariat à des collégiennes, le centre de surveillance enregistre des coups de feu à l'université de Boston. Maura abandonne alors les jeunes filles et accompagne Jane sur place, où elles découvrent qu'une étudiante a été tuée par balle en pleine poitrine. Rizzoli apprend que celle-ci avait perdu sa bourse d'études suite à une blessure l'empêchant de continuer à jouer au football. Mais étonnamment, la jeune femme avait quand même réussi à payer ses frais de scolarité s'élevant à 57 000 dollars...

Le marathon de Boston se transforme en scène de crime quand plusieurs participants sont retrouvés étendus sur le sol, une balle dans le corps. Jane et Maura, qui participent à la course, doivent mener l'enquête le plus discrètement possible afin d'éviter tout mouvement de panique. Il faut à tout prix éviter que le tueur sévisse à nouveau et fasse d'autres victimes parmi les athlètes ou dans le public. Les milliers de personnes qui se pressent sur les routes ne facilitent pas la tâche des deux agents. Chacun constitue un suspect potentiel. Pour identifier l'assassin, les collègues des deux femmes les aident depuis leur bureau comme sur le terrain...

Une jeune femme est retrouvée morte à la sortie d'un bar gay. Elle aurait été violée et frappée après avoir été tuée, et ce par une femme. L'équipe décide d'envoyer Rizzoli sous couverture dans le milieu lesbien pour remonter jusqu'à la meurtrière...

Le corps d'Adam Fairfield, un homme d'affaires issu d'une famille fortunée de Boston, est retrouvé dans le port. Il aurait eu un accident de voilier. La police criminelle mène l'enquête. Mais les liens qu'entretient Maura avec les membres de la famille du défunt et l'aversion de Jane pour les richesses qu'ils affichent créent vite des tensions susceptibles de rendre l'enquête plus difficile qu'elle ne l'est déjà....

Un homme est retrouvé égorgé, assis sur un banc. La victime avait disparu avec sa femme deux ans auparavant. L'autopsie révèle que son corps a été congelé, et le mode opératoire semble être celui du Chirurgien, qui est pourtant derrière les barreaux...

Un pirate informatique est retrouvé mort dans sa voiture, un pic à glace planté dans la tête. L'enquête mène Rizzoli et son équipe sur les traces d'un parrain de la pègre irlandaise de Boston, qui s'avère avoir des liens étroits avec Maura...

Un agent de la brigade des Stups est retrouvé mort d'une balle dans la tête. Rizzoli et ses collègues apprennent qu'il travaillait sous couverture pour le compte de la brigade criminelle. Le commandant Cavanaugh décide de mettre tout ses hommes sur l'enquête, tandis que Rizzoli, Frankie Jr et Maura retournent au poste pour interroger Bobby, le coéquipier de l'agent abattu...