Madeline评估任务后告诉头，Birkoff能生存下来的机会几乎为零。Birkoff叫Nikita看着他因为他怀疑头打算处理了他，然后他顺利地在网上留下了踪迹，引起了Crusoe的注意，很快就被绑架到了Crusoe这里。原来，Crusoe的网络有问题，急需这方面的专家，Birkoff很快下载了所需的资料并回传处里，告知处里Crusoe和红桥组织有联系并询问头他何时可以回去，头命令他原地待命。Nikita通过各种手段知道Birkoff处境危险，她告诉Michael头打算把Birkoff留在那个组织N年。Birkoff在组织中逐渐得到信任，并且获得了单独的房间。Crusoe询问Birkoff，他在处里干了几年，Birkoff撒谎说是4年，又问他为什么要跳槽，又为什么要跳到他这里，Birkoff让Crusoe相信是为了私人原因。Birkoff和Nikita在一栋废弃的地点见面，告诉了她自己和Crusoe的会谈，Nikita差点赶不上处里的会议。头让Michael保护Birkoff的安全，Nikita指责头假惺惺，认为他要置Birkoff于死地。Birkoff知道Nikita有后路，因此他侵入一处的系统，获得了头和Madeline约会的证据，顺利地返回一处。Birkoff和Hilling仍旧关系紧张。

Nikita、Michael和他们的团队从叛逃组织特工Wade手中解救出少女Liza，但Liza已经被Wade洗脑，并被他训练成可怕的杀手，随时为满足他的个人目的而卖命。Nikita竭尽全力让Liza摆脱Wade的控制，但在一场混乱之中，Liza从组织总部逃走了。Wade已经指示Liza前往联合国大楼，在一个特别活动上释放致命的化学武器。现在Nikita和她的团队必须尽快找到她，否则一切就完了。与此同时，Liza遭绑架的事实触动了Alex的痛苦回忆。

　Ryan告诉Nikita一名卧底特工被逮捕了，他们必须救他出狱。Nikita对此提出质疑：为什么现在的组织还要去执行Percy时代的任务？与此同时，Nikita、Michael和Sean试图阻止一起恐怖袭击，但是Alex在行动中中弹负伤。Birkhoff和Sonia持续发生争吵。

　　Amanda派遣前组织特工Anne前往一家俄罗斯监狱解救被囚禁的Owen，但Owen设法逃离了Amanda的魔掌，并将自己已获自由的消息传递给Nikita。Nikita迅速找到Owen，Owen怎么也不敢相信Nikita已经重回组织。无论如何，他还是跟随Nikita返回了组织总部。Michael和Ryan都不信任Owen，但Nikita坚决维护Owen的立场。另一方面，Alex与Owen重逢后，两人的心情都很复杂。

　　组织发现潜伏了六年的叛逃特工Markov竟然被选为乌兹别克斯坦总统，而且正计划杀害美国总统。众人要求Ryan立刻通知总统加强安全保卫，Ryan这才说出实情：这位女总统对组织早已深恶痛绝，要不是Ryan竭力阻止，只怕她早就下令铲除组织了。Nikita和Michael对Ryan长期隐瞒这个重要秘密颇为愤怒，现在他们只能想办法暗中保护总统的安全，同时又不惊动她。另一方面，Alex和Owen遭遇一次爆炸事故但侥幸逃生。他们怀疑这是组织的内鬼所为，决定联手展开调查。

　　Nikita和Michael抓住了一个名叫Cyrus的军火贩子，发现他正为Ari购买一种能够干扰武器信号的装置。Nikita劝说Ryan同意他们拿Cyrus做诱饵，将Amanda及其党羽一网打尽。Cyrus设法摆脱了Nikita等人的控制，溜回Amanda身边。Amanda出卖了Cyrus，他唯有倚仗Nikita才能活下去。与此同时，Birkhoff积极寻找Amanda安插的间谍。

　　Birkhoff告诉Nikita，Sonya就是Amanda安插在组织内部的间谍。Amanda不仅激活了Sonya的自毁芯片，还在组织内部安插了另一名间谍，随时监视Sonya的一举一动。Nikita、Michael和Ryan决定将计就计，利用Sonya来引诱Amanda现身。与此同时，Birkhoff设下一个陷阱，希望第二个间谍自投罗网。另一方面，Michael质问Alex为什么又开始嗑药，Alex恳求Michael不要把真相告诉Nikita。第三季后半段要比前半段更黑暗，其中最重要的一条就是：Michael会遭遇可怕的情形。

　　Nikita和Owen与叛逃的Cleaner Liam展开对攻；Michael接受了组织里的新职位；Michael看到Nikita和Owen在一起亲密工作的样子，不禁心生醋意，他和Nikita的关系变得非常紧张。

　　叛逃特工Ray绑架了自己的女友Kate，于是Ryan派遣Nikita带领一支行动组前去施救。Michael自己没有来，而是把Owen派来了，这让Nikita颇为疑惑。与此同时，Sean做出一个与Alex有关的决定。

　　Michael开始经历角色转变：他停止执行外勤任务，回归以前的任务管理员身份，坐在组织总部里发号施令。根据Birkhoff提供的关键信息，Nikita准备实施一项秘密任务并因此进入危险的领域。当Michael、Alex和Ryan发现真相后，立刻跟随她来到科索沃。他们谁也没有料到，这件事将给组织带来影响深远的后果。

　　中情局特工Naomi偶然发现了一份记录Madeline Pierce与组织的关系的绝密文件，立即将它呈交给中情局局长Morgan Kendrick。Kendrick不久后遭到暗杀，Amanda陷害Sean是杀人凶手，中情局立刻派人将他羁押。Nikita向心急如焚的Alex保证，他们一定能把Sean就出来。但是Nikita的计划风险极大——Sean要么获救，要么命丧当场。

　　Birkhoff得到Shadowbot提供的情报，称Ari出现在纽约城。Nikita和Owen立刻赶往纽约，试图在FBI带走Ari之前将他接回组织总部。然而Ari告诉Nikita，他精心策划了这一切就是为了与Nikita见一面。Ari称Amanda已经彻底失控——她正与一个恐怖分子合作，准备对美国本土发动袭击。Ari愿意提供情报帮助Nikita抓住这个恐怖分子，但是索要5000万美元的情报费。Ryan竟然考虑支付这笔钱，Nikita和Michael都很震惊。与此同时，Alex和Owen变得很亲密，Sean不禁醋意大发。

　　Nikita和Michael得知一种新型假手可以帮助Michael摆脱残疾的尴尬，恢复往日的活力——但他们必须付出高昂的代价。Nikita一开始以为这只是一次卧底任务，但她的身份很快曝光了……偷变成了抢！与此同时，组织内部有人组织哗变，结果造成一起流血事件，Alex和Sean奉命调查事件的真相并抓住这个叛徒。

　　Amanda将Alex当作人质，迫使Nikita答应她的条件：用Ari来交换Alex。Michael指派Nikita和Sean执行人质交换任务，但Ryan在最后一刻将Owen也派来了，引发了Michael的不满和怀疑。被俘期间，Alex向另一名囚犯Larissa表示了友好，发誓要带她一起逃出去。Alex的决定最终影响到Nikita的营救计划，她不得不再做一个选择：顺从Nikita的安排，还是遵守自己对Larissa的承诺。

　　Nikita和Michael得知一种新型假手可以帮助Michael摆脱残疾的尴尬，恢复往日的活力——但他们必须付出高昂的代价。Nikita一开始以为这只是一次卧底任务，但她的身份很快曝光了……偷变成了抢！与此同时，组织内部有人组织哗变，结果造成一起流血事件，Alex和Sean奉命调查事件的真相并抓住这个叛徒。

　　Alex将自己渴望离开组织的想法偷偷告诉了Birkhoff。Amanda向Owen提供他自己永远找不到的东西——他过去的真实记忆。尽管Nikita尝试帮助Owen，但Owen还是被迫面对自己过去发生过的事情并做出令人意想不到的事情。

　　Nikita被Amanda抓住并注射了致幻药物，Amanda将她最可怕的精神刺激法用在Nikita身上，Nikita在恍惚间回忆起自己过去的经历。在这个过程中，Nikita发现了Amanda隐藏最深、最不愿意让人知道秘密。Alex带头发动叛乱的事情已经曝光，但是被接下来的暴力事件超出了Alex的控制范围，迫使她竭尽全力拯救每个人的性命。Michael被组织内的阴谋者关了起来，Birkhoff和Sean必须依靠自己的力量来营救他们心爱的女人。与此同时，Owen接受了自己的新记忆，在组织全面封锁的过程中做出可怕的行为。

　　对Amanda洗脑的惧怕、对无力拯救每一个人的负罪感和对上集发生的悲剧事件的责任感让Alex彻底崩溃，她又走上了老路，并且以极其暴力的方式来发泄。组织里许多人要么死了，要么受伤了，要么失散了，要么心灵遭受了严重创伤，Nikita和Michael必须评估损失并竭尽全力从废墟上重建家园。但是他们的行动必须迅速——如果总统知道了这里发生的事情，或许组织就彻底完了。当Nikita和Michael坐下来唏嘘往事，回忆组织最辉煌的过去时，Birkhoff也在为自己的损失而伤感。

　　听命于Amanda的一个叛变特工从组织的废墟中找到了黑盒子，将其交给了主人。不久之后，黑盒子里的部分信息遭到泄露，显然Amanda在向潜在的国际买家投石问路，希望能借此提高黑盒子的卖价。在没有支援团队，没有任何线索，时间又非常紧迫的情况下，剩余的组织成员必须拼尽全力来阻止Amanda的邪恶计划。幸运的是，改过自新的叛徒、军火贩子Cyrus在关键时刻出现，承诺给予他们一切帮助。有了Cyrus的帮助，Nikita、Michael和Alex策划了一个大胆的行动——他们要利用戒备森严的二十国集团竞技峰会夺回黑盒子，同时修正已经被Amanda改写的人生命运。

　　终于……在订婚之前，Nikita曾说总是会有另一项任务。从最近的一系列事件中侥幸逃生后，Michael不禁开始怀疑Nikita对婚姻的忠诚——脱离了组织，脱离了无休无止的欺骗、背叛和谋杀，他们会有美好的未来吗？Nikita愿意和他一起过平静的生活吗？显然Michael不是唯一持怀疑态度的人。不过来自Amanda的威胁仍然没有解除——尤其是她现在有了神秘的新盟友，他们向她提供了一件可怕的新武器。与此同时，Alex奉命保护一名诺贝尔奖获得者，他提出一个让Alex心动的提议。

　　在季终集里，Amanda将Nikita逼入绝境，迫使她在救Michael和救自己之间做出选择。众人争分夺秒阻止Amanda的邪恶计划，但在缺少组织资源的情况下，他们无论人手、装备还是技术都占下风。