Bajo la dirección de Ryan Fletcher, la División tiene la misión de rastrear a 30 ex agentes deshonestos. Uno de estos agentes es Martin, que al parecer está vendiendo secretos a la inteligencia China. Nikita y Michael se ocuparán del asunto.

Nikita y Michael persiguen al agente Wade que ha incumplido órdenes y ha entrenado a una niña soldado para cometer un asesinato. Deberán dar con ella antes de que ejecute su misión.

Mia, un agente encubierto de la división en un grupo terrorista llamado La Tercera Ola, ha sido arrestada durante una redada del FBI. Nikita y Alex la interrogan descubriendo que había perdido la fe en la División.

Amanda envía a una agente renegada de la División, Anne, para sacar a Owen de una prisión rusa, pero Owen consigue escapar de sus garras y envía un mensaje a Nikita diciéndole que es libre. Cuando Nikita lo localiza, Owen se sorprende al saber que Nikita está ahora con la División, pero regresa a la base con ella. Michael y Ryan no están seguros de poder confiar en Owen, pero Nikita apoya a su amigo.

Cuando un antiguo agente encubierto de la División, Markov, es elegido Presidente de Uzbekistán, Nikita y su equipo deciden capturarlo durante su visita a Estados Unidos.

Nikita y Michael capturan a Cyrus, un traficante de armas, que está comprando un dispositivo de interferencia de armas para Ari. Nikita convence a Ryan para que les deje utilizar a Cyrus como cebo para capturar a Amanda, pero Cyrus consigue escapar de la trampa. Sin embargo, cuando Amanda traiciona a Cyrus, su única esperanza de sobrevivir es Nikita. Mientras tanto, Birkhoff está tras la pista del topo de Amanda y Alex empieza a desenmarañarse.

Birkhoff le cuenta a Nikita que Sonya es el topo de Amanda y que ésta no sólo ha reactivado el chip asesino de Sonya, sino que también ha colocado un segundo topo en División para vigilarla. Nikita, Michael y Ryan idean un plan para utilizar a Sonya para descubrir el escondite de Amanda y Birkhoff tiende una trampa al segundo topo. Mientras tanto, Michael se enfrenta a Alex por su consumo de drogas y ella le ruega que no se lo cuente a Nikita.

Nikita y Owen se enfrentan a un "limpiador" renegado llamado Liam, mientras Michael acepta un nuevo puesto en la División. La relación entre Michael y Nikita se tensa cuando él la ve trabajar con Owen.

Ray (Matt Bushell), un agente deshonesto, secuestra a su novia Kate (Anna Hopkins), por lo que Ryan envía al equipo a rescatarla. Nikita se siente confusa cuando Michael envía a Owen al campo con ella en lugar de ir él mismo. Mientras tanto, Sean toma una decisión sobre Alex.

Michael abandona su papel de agente de campo y retoma su función dentro de la División que dirige Operaciones. Tras obtener información clave de Birkhoff, Nikita prepara una misión secreta que la lleva a territorio peligroso. Cuando Michael, Alex y Ryan se enteran, la siguen hasta Kosovo, pero el resultado tiene consecuencias de largo alcance para la División.

Una agente de la CIA llamada Naomi encuentra un archivo que detalla la implicación de Madeline Pierce con la División y se lo entrega al director de la CIA, Morgan Kendrick. Cuando Kendrick es asesinado poco después, Amanda inculpa a Sean del asesinato y la CIA lo pone bajo custodia. Nikita promete a Alex que liberarán a Sean e idea un plan que podría salvarle o costarle la vida.

Después de que Birkhoff reciba un chivatazo de Shadowbot de que Ari está en Nueva York, Nikita y Owen se lanzan a por él antes de que lo haga el FBI. Sin embargo, Ari revela que planeó todo para tener la oportunidad de hablar con Nikita. Le dice que Amanda ha ido demasiado lejos y está trabajando con un terrorista que planea un ataque en suelo americano. Ari quiere cincuenta millones de dólares por la información que pueda llevar a la captura del terrorista. Nikita y Michael se quedan atónitos cuando Ryan se plantea pagar el soborno. Mientras tanto, Sean está celoso de la relación entre Alex y Owen.

Para hacerse con el control de la caja negra, Amanda hace planes para secuestrar a Stefan (Dylan Minnette), el hijo de Ari, y utilizarlo como palanca. Aún bajo la custodia protectora de la División, Ari suplica ayuda a Nikita. Sin embargo, el guardaespaldas de Stefan, Krieg (Andrew Divoff), consigue capturar tanto a Nikita como a Amanda y las dos deben trabajar juntas para escapar. Owen se enfurece con Michael después de que éste asigna a Alex como apoyo de Nikita en lugar de a él.

Cuando Nikita decide que la División debe encargarse de una misión gubernamental para eliminar al presidente de Chad mientras éste se encuentra en París, Alex adopta una postura y se niega a participar. Molesta porque Nikita está ocultando secretos a todo el mundo, como hizo Percy, Alex recluta a Birkoff para que descubra secretos sobre Danforth y los utilice como palanca en caso de que las cosas se compliquen con el gobierno. Alex y Birkhoff se sorprenden cuando descubren un secreto tan grande que podría hacer estallar la División, literalmente.

Nikita y Michael se enteran de la existencia de una nueva prótesis de mano con la que Michael podría volver a ser el de antes, pero tiene un precio muy alto. Mientras tanto, Alex y Sean reciben el encargo de investigar quién, dentro de la División, está detrás de un motín que acaba en derramamiento de sangre.

Alex confiesa a Birkhoff su deseo de abandonar la División, mientras Amanda empieza a proporcionar a Owen algo que nunca pudo encontrar: recuerdos de su verdadero pasado. A pesar de los intentos de Nikita por ayudarle, Owen empieza a enfrentarse a los acontecimientos de su pasado.

Atada y drogada, Nikita es sometida al horrible proceso de condicionamiento mental de Amanda, que la envía a un terrible viaje por el sendero de los recuerdos. En el proceso, Nikita descubre el secreto más profundo y mejor guardado de Amanda. Revelada como líder del levantamiento, Alex lucha por salvar a todo el mundo mientras los acontecimientos se intensifican violentamente. Con Michael encerrado por los conspiradores de la División, Birkhoff y Sean deben dar un paso adelante para salvar a las mujeres que aman. Mientras tanto, los nuevos recuerdos de Owen le llevan a realizar acciones perturbadoras durante el encierro de la División.

Destrozada por la programación de Amanda, su incapacidad para salvar a todos y su responsabilidad última en los trágicos sucesos de la División, Alex vuelve a las andadas y ataca violentamente. Con la mayoría de sus compatriotas muertos, destrozados o dispersos, Nikita y Michael deben buscar entre las cenizas de la División para ver qué y a quién pueden salvar, y rápido, antes de que el Presidente se dé cuenta de la profundidad de los daños. Los recuerdos de los días de gloria de la División les persiguen. Birkhoff lucha contra sus propias pérdidas personales.

Incautada entre los restos de la División, la caja negra cae en manos de un agente amotinado guiado por Amanda. Unas filtraciones selectas para endulzar la venta de la caja ponen inmediatamente a lo que queda del equipo en peligro ante posibles compradores internacionales y el Presidente. Sin personal de apoyo, con pocas pistas y el tiempo corriendo, el traficante de armas y granuja reformado Cyrus regresa para hacer lo correcto. Con su ayuda, Nikita, Michael y Alex organizan una arriesgada operación en la cumbre económica del G-20 para recuperar el control de la caja y el futuro de todos.

Antes de comprometerse, Nikita dijo: "Siempre habrá otra misión". Ahora, después de sobrevivir a duras penas a los últimos acontecimientos, Michael cuestiona el compromiso de su prometida con una vida más allá de la red de engaños, traiciones y asesinatos de la División, y no es el único que tiene dudas. Sin embargo, la amenaza de Amanda se cierne sobre el equipo, sobre todo desde que se alió con nuevos y misteriosos socios que le proporcionaron una nueva arma aterradora. Mientras tanto, Alex considera una intrigante oferta del Premio Nobel al que defiende.

Amanda obliga a Nikita a enfrentarse a una situación que pone en peligro su vida y en la que tiene que elegir entre salvar a Michael o salvarse a sí misma. El equipo se apresura a encontrar una forma de detener a Amanda, pero con una División disminuida, puede que finalmente se vean superados.