¡Es Nikita contra Alex! En la segunda temporada la protegida de Nikita, Alez, puede convertirse en su enemiga más letal. Junto a Michael y Birkhoff, Nikita sigue en las afueras, determinado si destruir las operaciones secretas de la División. Pero esta vez Alex está dentro, usando a la agencia para vengar la muerte de sus padres. Ahora Alex necesita y defiende a la División, y conoce todos los trucos de Niktia. Además de asombroso secretos del pasado del la familia de Michael que atraerá a todos a una red siniestra de traición y venganza.

Nikita waged a war against Division. In the process, her relationship with Alex, the girl she trained to infiltrate the secret agency was destroyed, and her relationship with Michael, the man who trained her, was restored. Now, Nikita and Michael are on the run with a hard drive containing the government's darkest secrets and conspiracies. Together, they are going to right the wrongs that Division has committed over the years, one mission at a time. But leading the hunt for them this time is Alex...and she knows all of Nikita's tricks.

Micheal e Nikita sono sempre più affiatati e li lega ancora di più la voglia di distruggere la Divisione, diretta ora da Amanda dopo aver rinchiuso Percy in una cella nei sotterranei dell'agenzia. Alex nel frattempo ritorna da Nikita tradendo dunque Amanda (la quale sembra molto affezionata alla giovane Udinov); si scopre inoltre che Amanda era da tempo alleata con Ari Tasarov e che tramasse contro Percy da molto tempo. Infine si scopre anche che la Divisione fu creata da Carla Bennet, la donna che ha disintossicato Nikita quando era giovane, e che a quel tempo fosse un'agenzia che aiutava i più bisognosi prima che Percy e poi Amanda la trasformassero in una macchina da guerra senza scrupoli. Il Nikita Team entra alla Divisione, uccidendo Percy e prendendone il controllo.

23 épisodes | Saison produite en 2011-2012 | 1ère diffusion : septembre 2011 sur CW (U.S.A.)