Nikita e Michael stanno organizzando di distruggere la Divisione usando il contenuto della scatole nera, Amanda è attualmente a capo della Divisione, ma c'è un nuovo agente a tenerla d'occhio per conto dei capi. La prima missione di Amanda è ordinare ad Alex di recuperare la scatole nera ma lei rifiuta.

Nikita e Michael indagano su un vecchio programma della Divisione, il P9 che è ricomparso alla superficie. S'imbattono in Owen che li informa che sta cercando il Dottor Joseph, colui che ha inventato il programma. Michael è riluttante a fidarsi nuovamente di Owen, ma Nikita è convinta che debbano unire le proprie forze.

Birkoff dice a Nikita che, dalla informazioni ricavate dalla scatole nera, un uomo di nome Ramon da lei ha catturato anni fa, adesso è diventato un assassino per la Divisione. Amanda convince Alex ad uccidere Anton Kochenko, un uomo che tempo fa lavorava per il padre di Amanda e fa in modo che la colpa ricada su Ramon.

Nikita scopre che una sua vecchia conoscenza, Kelly, è riuscita a scappare da una prigione turca. Nikita era convinta che Kelly fosse morta e si è sempre sentita responsabile per la sua fine perché accadde durante la sua fuga dalla Divisione.

Michael scopre che una donna da lui frequentata sotto ordine diretto della Divisione è in pericolo. Sentendosi in colpa per come sono finite le cose tra di loro, Michael vuole aiutare Cassandra, tuttavia Nikita sospetta che ci sia sotto qualcosa di più di semplici sensi di colpa.

Mentre sta cercando all'interno della black box per informazioni sulla Divisione, Birkoff scopre una copia del certificato di nascita di Nikita. Quest'ultima riesce a localizzare suo padre grazie all'aiuto di Michael. Ma la riunione tra Richard e Nikita non va come sperato.

Michael è preoccupato quando scopre che Cassandra è in pericolo e accorre ad aiutarla. Michael scopre che il Generale Tupolev l'ha accusata di aver rubato due milioni di dollari e minaccia di ucciderla se non gli vengono restituiti.

La Divisione organizza una riunione di emergenza quando si rende conto che Nikita sta rubando i loro fondi. Birkoff aiuta Nikita a spiare l'incontro, permettendole di identificare i membri che sono a capo di tutto, ma le cose vanno male e Sean cattura Birkoff che viene torturato da Amanda per scoprire dove si trova Nikita. Alex comincia a mettere in atto il suo piano per rivendicare l'impero del padre.

Michael è fuori città e Nikita chiede aiuto a Owen per rubare un'altra Scatola Nera dai Guardiani. Tuttavia scopre che Owen sta lavorando per una persona che potrebbe compromettere l'intera operazione. Amanda scopre che Alex ha ricevuto delle informazioni confidenziali su Semak e sospetta che sia stato Percy a fornirgliele. In Russia intanto Alex fa la sua mossa contro Semak.

Alex fa partire la sua missione per togliere di mezzo Gogol e uccidere Semak, ma si ritrova ad affrontare persone dal suo passato. Nikita si reca nella villa di Semak per rubare la scatola nera. Nikita e Alex s'incontrano e decidono di fare gioco di squadra ma incontrano un ostacolo imprevisto. Nel frattempo Michael e Owen stanno lavorando insieme per scoprire il piano di Percy.

Sean attacca Nikita e Michael per tenere sua madre al sicuro, Percy è in vantaggio con Amanda e minaccia di distruggere la Divisione se non viene rilasciato.

Percy tiene in ostaggio quattro membri della Direzione della Divisione fino a che Amanda non accetterà le sue richieste. Se Amanda rifiuterà di collaborare allora Percy darà il via all'operazione Clean Sweep, uccidendo tutti, compreso Amanda. Nikita nel frattempo è combattuta tra lasciare che le cose vadano per il loro corso, sconfiggendo una volta per tutte la Divisione, o se intervenire per salvare le vite degli innocenti che lavorano al suo interno. Sean è disperato e cerca di salvare sua madre da Percy e chiede aiuto a Nikita, Micheal, Alex e Birkhoff.

Percy, ormai libero dalla sua prigione, sta continuando il suo piano di vendetta minacciando di uccidere il mentore di Nikita, Carla, la donna che salvò Nikita dalle strade quando era una tossicodipendente. Determinata ad arrivare a Clara prima di Percy, Nikita usa la Senatrice Madeline Pierce per mandarle un messaggio, ma Percy lo intercetta e si getta in una corsa contro il tempo per vedere chi riuscirà a raggiungere Clara per primo. Nel frattempo Amanda dice ad Alex che è arrivato il momento di svelare al mondo che Alexandra Udinov è ancora viva.

Nikita e Michael cercano di aiutare Carla a ricordare il suo passato, cosa che potrebbe aiutarli a sconfiggere la Divisione una volta per tutte. Carla racconta della notte in cui Nikita fu arrestata e quest'ultima rimane sconvolta da quello che scopre.

La Divisione è in subbuglio quando qualcuno comincia ad assassinare i suoi operativi uno dopo l'altro. Amanda scopre che Percy si nasconde dietro gli omicidi, intento a diminuire la sua autorità con gli altri agenti. Amand è costretta a rivolgersi all'ultima persona che vorrebbe: Nikita.

Michael è furioso quando scopre il segreto che Cassandra gli stava nascondendo e lui e Nikita si recano a Mosca per un confronto. Alex fa un tentativo, piuttosto formale, di ritrovare sua madre inviandole un messaggio in codice attraverso un'intervista televisiva.

Amanda e Ari organizzano un incontro con Zetrov per prepararsi a conquistare la Compagnia. Dopo un incontro faccia a faccia tra Nikita e Amanda, Nikita ricorda com'era quest'ultima quando arrivò alla Divisione. Nel frattempo Alex sorprende Ari presentandosi al meeting con un vecchio e potente alleato.

Quando Nikita lavorava ancora per la Divisione, lavorò sul caso di un uomo chiamato Nicholas Brandt infiltrandosi nella cerchia dei suoi intimi. Dopo averlo catturato è rimasto in prigione ma Percy decide di liberarlo e Brandt decide immediatamente di vendicarsi di Nikita. Dopo averla catturata la tortura costringendola ad affrontare un lato di se' che pensava fosse ormai sepolto. Intanto Percy continua a provocare Micheal, Alex e Sean.

Nikita convince Birkhoff a usare 20 milioni di dollari dei suoi risparmi per mettere in bancarotta Percy e la Divisione, ma quest'ultimo riesce a rubare tutto il capitale di Birkhoff e tra lui e Nikita si crea dell'attrito. Mentre cerca di recuperare i suoi risparmi Birkhoff viene arrestato e Nikita deve liberarlo prima che arrivi la Divisione.

Percy sembra perdere il controllo del suo piano, Ryan suggerisce di rivolgersi a Morgan Kendrick, il direttore della CIA, per avere aiuto. Nikita non è d'accordo e si meraviglia del fatto che invece Michael lo sia. La tensione aumenta quando si scopre che Nikita aveva ragione e che Kendrick è collegato a Percy.

Percy chiama il Presidente degli Stati e minaccia di scatenare un'esplosione nucleare se le sue richieste non verranno accettate. Birkhoff trova due scienziati che potrebbero aiutare a fermare il nuovo satellite nucleare di Percy così Nikita e Michael si recano alla ricerca di uno e Sean e Alex tentano di trovare l'altro. Nikita però si rende conto che per fermare Percy c'è un unico modo, recarsi di persona nella tana del drago.

Nikita e Michael prendono d'assalto la Divisione nel tentativo di catturare Percy. Alex e Sean rimangono coinvolti in una sparatoria con i marines mentre Ray deve convincere il Presidente a non distruggere la Divisione fino a quando Michael e Nikita non sono al sicuro.