L'agent rebelle Nikita a réussi à convaincre Michael, son ancien supérieur, de la rejoindre dans la lutte contre la Division, l'agence dont elle s'est échappée. Tous deux sont à présent en possession d'une des boîtes noires de Percy, qui contient des informations sur d'anciennes missions de la Division. Amanda, qui est désormais à la tête de la Division, est prête à tout pour mettre la main sur la boîte noire. Pour y parvenir, elle fait appel à Alex et à Sean, un nouvel agent. Celui-ci est aussi chargé de garder un oeil sur Alex car, si la jeune fille ne travaille plus main dans la main avec Nikita, son seul but est de retrouver l'homme qui a fait assassiner sa famille...

Nikita et Michael entreprennent de nouvelles investigations au sujet de la Division. En effet, un ancien programme dénommé «P9» refait parler de lui. Durant leur enquête, ils découvrent qu'Owen s'intéresse quant à lui au docteur Joseph Mars. Or, il s'agit du scientifique qui a conçu le programme «P9». Michael ne cache pas qu'il a du mal à faire confiance à Owen, qui ne s'est pas toujours montré sincère par le passé. Nikita décide que tous trois doivent unir leurs forces...

Nikita ne contient que très difficilement sa colère lorsque Seymour Birkhoff lui annonce que la boîte noire a livré de nombreuses informations menant directement à un certain Ramon. Or, elle pensait avoir mis ce sinistre individu hors d'état de nuire, il y a quelques années déjà. Il s'avère qu'il travaille désormais comme assassin pour le compte de la Division. Parallèlement, Amanda convainc Alex de tuer Anton Kochenko, un homme qui fut proche de son défunt père. Apprenant cette nouvelle manoeuvre d'Amanda, Nikita intervient...

Michael décide de venir en aide à une jeune femme dont il a été jadis follement amoureux, la belle Cassandra. Sans le savoir, elle court un grave péril. Nikita se demande quelles sont les intentions de Michael. Parallèlement, Amanda continue de manipuler Alex. Observateur, Sean commence à deviner ce qui motive secrètement la responsable de la Division...

Seymour Birkhoff continue de s'intéresser au contenu de la boîte noire. Il parvient à en extraire le certificat de naissance de Nikita. Avec l'aide de Michael, le père de la jeune femme est rapidement identifié, puis localisé. Une rencontre est organisée mais rien ne se passe comme Nikita l'avait souhaité. Pendant ce temps, Alex comprend - grâce à Percy - que la consultation de la boîte noire détenue par Nikita pourrait lui en apprendre davantage sur le décès de son père et lui fournir des informations qui l'aideraient à élaborer un plan de vengeance...

Sous les verrous, Ryan essaie de conserver sa capacité d'action. Il parvient à envoyer un message codé à Nikita ; il propose de lui livrer de nombreuses informations sur les méthodes de financement d'Oversight. Nikita se montre intéressée mais Amanda intercepte leurs échanges. Il se passe peu de temps avant qu'Oversight envoie un de ses agents pour questionner Ryan. Pendant ce temps, Alex est confrontée aux heures les plus sombres de son passé...

Michael apprend que Cassandra est en difficulté et se précipite pour l'aider. Il découvre que le général Tupelov l'accuse d'avoir volé deux millions de dollars, et menace de la tuer si elle ne rend pas cet argent. Mais pour Nikita, l'histoire de Cassandra n'est pas plausible et elle cherche à savoir ce que celle-ci lui cache. Pendant ce temps, Alex reçoit une offre très tentante de Percy, qui pourrait lui donner les ressources nécessaires à l'élimination de Semak. Elle finit par accepter cette proposition. Sean la repère, mais la laisse faire, dans l'espoir de la séduire pour pouvoir s'approcher de Nikita...

Peu de temps s'est écoulé depuis que Nikita a commencé à dérober les fonds accumulés par les dirigeants d'Oversight. Pourtant, l'organisation secrète a rapidement compris qui se cachait derrière ce vol. Une réunion est prévue dans le plus grand secret pour organiser la riposte. Birkhoff aide Nikita à espionner la rencontre. Implacable, Amanda exige qu'il lui révèle où se cache la jeune femme. De son côté, Alex veut à tout prix récupérer les biens de son père. Elle tente alors de pénétrer clandestinement en Russie...

Déterminée à rassembler un maximum d'information, contre Oversight et la Division, Nikita échafaude un nouveau plan afin de faire main basse sur une autre boîte noire. Mais il lui faut impérativement l'aide d'Owen. Or, elle découvre qu'il mène un double jeu. De son côté, Alex parvient à entrer sur le territoire russe. Mais comment Semak va-t-il réagir à sa venue ? C'est alors qu'Amanda apprend l'identité de celui qui lui a donné les informations nécessaires à sa quête de vérité....

La vengeance d'Alex pour détruire Semak arrive à son terme lorsqu'elle s'infiltre dans sa maison d'enfance et se retrouve face aux fantômes de son passé.

De son côté, Nikita se retrouve elle aussi dans cette demeure mais pour voler la Boîte Noire qui est entre les mains de Gogol. Nikita et Alex se rencontrent et décident de s'rentraider, mais se retrouvent prises au piège devant un problème imprévu.

Pendant ce temps, Michael et Owen unissent leurs forces pour découvrir le plan secret de Percy impliquant les Gardiens...

Sean ne pense qu'à une chose : assurer la protection de sa mère. Avec l'énergie du désespoir, il attaque frontalement Michael et Nikita. Pendant ce temps, Percy parvient à prouver à Amanda qu'elle n'est pas la seule à pouvoir jouer d'un certain pouvoir, au sein de la division. Inflexible, il n'hésite pas à la menacer. Alex a élu domicile dans la planque de Nikita, Birkhoff et Michael, après l'échec de sa mission en Russie. Son moral est au plus bas, elle ne sait plus où elle en est. Birkhoff recouvre doucement la santé après avoir été torturé par Amanda...

Sean est catastrophé : sa mère est l'une des otages retenus par Percy. Celui-ci menace de les tuer tous à l'aide d'un gaz toxique si Amanda ne donne pas satisfaction à ses exigences. Sean se tourne alors vers Nikita afin qu'elle stoppe le projet dément de Percy...

Percy ne renonce pas à ses sinistres projets de vengeance. Il veut reprendre le contrôle de la Division et n'hésite pas maintenant à menacer Carla, qui a repéré Nikita quand elle vivait encore dans la rue et se droguait. Nikita intervient immédiatement, refusant de laisser son ex-mentor à la merci de Percy. Grâce à Madeline Pierce, elle tente de prévenir Carla. Malheureusement, Percy intercepte le message qu'elle lui adresse. Une course contre la montre s'engage pour Nikita, qui doit absolument trouver Carla avant son ennemi. Pendant ce temps, Amanda explique à Alex pourquoi il est désormais possible de révéler sa véritable identité...

Carla apprend à Michael, Birkhoff et Nikita comment la Division est née. L'organisation fut créée, à son origine, pour offrir une seconde chance à des personnes condamnées par la justice. L'objectif était de les sauver et de les entraîner pour qu'ils deviennent des soldats au service de leur pays : des héros. En somme, leur offrir une nouvelle vie. Quant à Alex, elle fait son grand retour, ce qui va d'ailleurs lui attirer des ennuis puisque Semak la veut morte et demande à Ari de s'en charger...

Une fois encore, plusieurs agents sont assassinés, l'un après l'autre. La Division tente d'identifier les auteurs de ces meurtres. Amanda découvre que Percy est impliqué. Elle constate aussi qu'il a sapé son autorité auprès de son équipe et comprend qu'il est prêt à tout pour empêcher l'alliance qui se trame entre Gorgol et la division. Acculée, elle fait une offre à Nikita : si celle-ci réussit à neutraliser Percy, la patronne de la Division se dit prête à lui livrer Ryan Fletcher. Pour Nikita, c'est une offre difficile à refuser. Par ailleurs, Sean devient le garde du corps d'Alex pendant son séjour en Russie...

Les révélations concernant le double jeu de Cassandra rendent Michael furieux. Avec Nikita, il part à sa poursuite, pour connaître les détails de l'affaire. Il s'avère que Cassandra a été approchée par Gogol bien des années auparavant dans le but d'infiltrer les services secrets britanniques, le MI-6. Ari la recontacte pour une dernière mission que celle-ci accepte. Une mission simple de surveillance qui aurait très vite tourné au massacre sans l'aide de Michael et Nikita...

Malgré leur bonne volonté, une nouvelle confrontation oppose Nikita et Amanda. Les deux jeunes femmes n'ont guère envie de voir leur dialogue tourner court. C'est alors que Nikita tente de rappeler à Amanda dans quel piteux état elle était lorsqu'elle a été conduite au sein de la Division. Ces souvenirs plein d'émotion suffiront-ils à ramener Amanda à la raison ? Avec l'aide d'Ari, elle tente d'approcher Zetrov. Par ailleurs, grâce à la Division, elle s'empare d'une nouvelle technologie qui pourrait révolutionner l'énergie verte. Parallèlement, Alex observe de près les agissements d'Ari Tasarov...

Nikita a effectué des missions extrêmement dangereuses à ses débuts au sein de la division. Malgré elle, elle est amenée à se souvenir d'une infiltration à haut risque qu'elle avait menée. Il s'agissait d'approcher un dénommé Nicholas Brandt et de le capturer afin de mettre fin à ses activités criminelles. A la suite de cette mission, Brandt a effectivement été condamné à croupir derrière les barreaux. Or, il s'est récemment évadé de prison et il n'a qu'une chose en tête : se venger de Nikita. Il parvient à la capturer et s'adonne à maints supplices sadiques à son encontre...

Nikita et Birkhoff essaient de conduire la Division mais Percy parvient à s'emparer de sommes importantes avant qu'ils n'aient eu le temps d'agir. Birkhoff est arrêté alors qu'il essaie de recouvrer l'argent. Nikita entreprend alors de le faire évader. De leur côté, Alex et Michael tentent de récupérer l'argent dont Percy s'est emparé....

L'équipe de la division One est dans l'impasse. Après les récents revers, Percy voit son plan concernant les armes nucléaires échapper à tout contrôle. Ryan propose alors de faire appel à Morgan Kendrick, le directeur de la CIA. Homme de confiance, il pourra agir en gardant le secret de ses sources. Michael se montre séduit par cette idée, souhaitant que l'enquête puisse se poursuivre efficacement. Nikita, quant à elle, refuse catégoriquement de confier cette affaire à la CIA. Elle est persuadée qu'il ne faut faire confiance à personne. La tension monte d'un cran lorsqu'il est établi que Kendrick a un lien avec Percy...

Dans un nouvel accès de folie, Percy parvient à contacter le président des Etats-Unis. Au téléphone, il le menace de faire parler le feu des ogives nucléaires en sa possession. Nikita et son équipe parviennent à déterminer quel système de déclenchement par satellite Percy utilise. Seuls deux scientifiques au monde peuvent neutraliser ce détonateur de haute technologie. Alex et Sean partent à la recherche de l'un d'eux. Sans le savoir, ils se trouvent à l'endroit exact de l'explosion...

Nikita et Michael ont réussi à infiltrer la Division. Retranché et lourdement armé, Percy n'est plus qu'à quelques mètres... Mais le Président aura-t-il la patience d'attendre ? Ryan Fletcher tente tout pour le dissuader de lancer une attaque de grande ampleur qui assurerait la mort de Percy mais sans doute aussi celle de Nikita !