在一个极其神秘的反恐怖组织的严格训练下，尼基塔在两年后已是一个身手不凡的特工人员。组织派她去暗杀一名恐怖分子，尼基塔却因没杀过人而下不了手。后来在又一次执行任务中，尼基塔为了救她的教官麦克尔打死了一名在暗处偷袭的恐怖分子，从而揭开了她一次次执行危险任务的序幕。她和麦克尔这一对师徒常常一道出生入死，默契配合，战胜一个又一个困难，从而完成了一次又一次的艰巨任务。

　在一个极其神秘的反恐怖组织的严格训练下，尼基塔在两年后已是一个身手不凡的特工人员。组织派她去暗杀一名恐怖分子，尼基塔却因没杀过人而下不了手。后来在又一次执行任务中，尼基塔为了救她的教官麦克尔打死了一名在暗处偷袭的恐怖分子，从而揭开了她一次次执行危险任务的序幕。她和麦克尔这一对师徒常常一道出生入死，默契配合，战胜一个又一个困难，从而完成了一次又一次的艰巨任务。

在一个极其神秘的反恐怖组织的严格训练下，尼基塔在两年后已是一个身手不凡的特工人员。组织派她去暗杀一名恐怖分子，尼基塔却因没杀过人而下不了手。后来在又一次执行任务中，尼基塔为了救她的教官麦克尔打死了一名在暗处偷袭的恐怖分子，从而揭开了她一次次执行危险任务的序幕。她和麦克尔这一对师徒常常一道出生入死，默契配合，战胜一个又一个困难，从而完成了一次又一次的艰巨任务。

在一个极其神秘的反恐怖组织的严格训练下，尼基塔在两年后已是一个身手不凡的特工人员。组织派她去暗杀一名恐怖分子，尼基塔却因没杀过人而下不了手。后来在又一次执行任务中，尼基塔为了救她的教官麦克尔打死了一名在暗处偷袭的恐怖分子，从而揭开了她一次次执行危险任务的序幕。她和麦克尔这一对师徒常常一道出生入死，默契配合，战胜一个又一个困难，从而完成了一次又一次的艰巨任务。

在一个极其神秘的反恐怖组织的严格训练下，尼基塔在两年后已是一个身手不凡的特工人员。组织派她去暗杀一名恐怖分子，尼基塔却因没杀过人而下不了手。后来在又一次执行任务中，尼基塔为了救她的教官麦克尔打死了一名在暗处偷袭的恐怖分子，从而揭开了她一次次执行危险任务的序幕。她和麦克尔这一对师徒常常一道出生入死，默契配合，战胜一个又一个困难，从而完成了一次又一次的艰巨任务。

在查阅黑盒子里的信息时，Birkhoff偶然发现了Nikita的出生证明。Nikita决定和Michael一起寻找自己的生父Richard，但父女团聚时的情形却和Nikita预想的不一样。与此同时，Percy告诉Alex--Nikita手中的黑盒子里储存着能够帮助Alex报杀父之仇的重要信息。

监狱中的Ryan偶然发现了监督部的资金来源方式。Ryan偷偷找来Nikita，将这一重要线索提供给她。Amanda截获了两人的加密信息，及时通知监督部做好防范。监督部派专人前来审讯Ryan，Nikita和Michael决定在监督部对Ryan动手之前将他从监狱里劫走。与此同时，Alex遭到Gogol特工的追踪，被迫面对过去的某个人。

Michael听说Cassandra有难，立刻赶过去帮助她。他发现Tupelov将军指控Cassandra偷了两百万美元，并威胁要杀死Cassandra。Nikita发现Cassandra的话漏洞百出，怀疑她可能隐藏了一些事情。与此同时，Percy向Alex提出一个诱人的条件：他可以帮她永远铲除Semak。

Nikita偷窃了监督部的资金，迫使监督部召开紧急会议。Nikita和Birkhoff决心用一切手段来监视此次会议，以便查清监督部其他高级成员的真实身份。但事情的进展并不顺利，Birkhoff落入Sean手中。Amanda要求Birkhoff说出Nikita的下落，但Birkhoff不肯开口，于是Amanda开始用酷刑折磨Birkhoff。与此同时，Alex继续推进重建父亲的帝国的计划。Alex明白Gogol在悬赏捉拿她，但她也明白了另一件事：要想神不知鬼不觉地返回俄罗斯，就必须采用她离开时所用过的方法--非法性奴偷运。

Michael不在身边，Nikita只好求助于Owen来帮她追踪另一名守护者并盗取其手中的黑盒子。她很快发现Owen在为危险的Gogol组织卖命，很有可能破坏她的行动计划。与此同时，Amanda意识到Alex已经掌握了Semak的秘密情报，而那些情报只可能来源于Percy。怒火中烧的Amanda决定给Percy一个教训--剥夺他所有的特权和娱乐设施。逗留在俄罗斯的Alex终于开始对Semak采取行动。

Alex想要彻底终结Gogol组织，但当她潜回儿时的家并见到来自她过去的鬼魂时，她的任务到了危急关头。Nikita为了盗取Semak手中的黑盒子也来到这栋公寓楼，与Alex不期而遇。两人商量后决定共同行动，但一个巨大的障碍阻住了她们的去路。与此同时，Michael和Owen正在调查Percy与守护者的秘密计划。

Sean对Nikita发动攻击，而Michael竭力保护自己的母亲。与此同时，Percy掐住Amanda的要害，威胁要毁掉组织--除非她放了他。

　Percy继续实施夺回组织的计划，并威胁称要杀死Nikita的导师Carla。当年Nikita还是个颓废的瘾君子时，正是这个女人从街上救下Nikita并把她带入组织。Nikita决心抢在Percy之前找到Carla，于是派Madeline给她送去消息。Percy截获了Nikita的消息，与Nikita展开一场你死我活的竞争。与此同时，Amanda告诉Alex--亮明Alexandra Udinov身份并夺回Zetrov工业集团的时机已经到来。

Nikita和Michael试图唤醒Carla的记忆--那些记忆中隐藏着铲除组织的关键信息。Carla想起了Nikita遭逮捕的那个晚上，而Nikita对于她所说的情况颇感惊讶。与此同时，Semak正在一场Zetrov新闻发布会上发表演说，Alex突然出现并宣布她就是Alexandra Udinov。Alex提出用母亲来交换Zetrov帝国。

组织特工一个接一个地被暗杀，令组织上下人心惶惶。Amanda意识到Percy在背后策划了一切，目的是为了破坏Amanda在组织中的威信，从而令Amanda彻底失去人心。Amanda无计可施，只好很不情愿地求助于Nikita。Amanda提出了一个Nikita无法拒绝的条件：只要Nikita能够阻止Percy继续大开杀戒，她就将Ryan交还给Nikita。

Michael终于发现了前女友Cassandra向他隐瞒多年的秘密，立刻和Nikita千里迢迢跑到莫斯科去质问她。与此同时，Alex为寻找母亲而采取怪异的方法：通过电视访谈节目传递密码信息。

Amanda和Ari准备召开Zetrov公司的董事会议，正式接管这家公司。Nikita再次与Amanda激烈对峙，并回忆起自己第一次来到组织时Amanda的言行举止。与此同时，Alex在董事会议上突然出现，还带来一个非常强势的老朋友，令Ari猝不及防。

Nikita过去为组织卖命时曾奉命接近一个叫Nicholas Brant的男人并渗透进他的核心圈子。她最终抓住了他，将他送进大牢。Percy设法释放了Brant，Brant出狱后的第一件事就是找Nikita报仇。Nikita很快落入他的魔掌并受到他的残酷折磨，Nikita自认为早已掩埋的个性的另一面逐渐显现出来。与此同时，Percy继续与Michael、Alex和Sean玩心理游戏，将他们当中的一个推到死亡的边缘。

Nikita劝说Birkhoff动用他自己账户上的2000万美元设下圈套，引诱Percy上钩--让Percy和组织都破产。Birkhoff很不情愿地照做了，他毕生的积蓄被Percy轻而易举地偷走。Birkhoff迁怒于Nikita，要求她尽快弥补自己的损失。Nikita意识到他们只有一个机会来挫败Percy的阴谋，但就在这个时候，急于捞回损失的Birkhoff侵入一个旧网络，被守候多时的联邦调查局探员一举擒获。组织很快发现了这件事，Percy派出一支战术小队来劫持Birkhoff。Nikita决定抓住机会实施自己的另一个计划并抢在组织到来之前救出Birkhoff。与此同时，Michael、Alex和Sean开始调查Birkhoff那笔钱的去向，Alex在Birkhoff不在的时候临时客串他的技术专家角色。

Percy的核武器计划可能已经失控，Ryan提议他们直接去找中情局局长Morgan Kendrick求助。Nikita坚决反对Ryan的计划，令她吃惊的是，这一次Michael竟然站在Ryan那一边。事实证明Nikita的怀疑是正确的--Kendrick的确和Percy有联系。情况越来越紧张，他们现在要怎么办？与此同时，Sean被Percy的手下人击中，令Alex又惊又怕又担心。

Percy直接威胁美国总统--如果不满足他的要求，他就会在美国的国土上引爆核弹。Birkhoff找到两名科学家，希望他们有办法破坏Percy用来控制核弹的两颗卫星。Nikita、Michael、Sean和Alex兵分两路，各自寻找一个卫星控制站。糟糕的是，Alex和Sean在行动中失手被擒，Percy炸掉了他们被俘虏的地点，以显示他的力量。与此同时，Nikita意识到要想阻止Percy就只能直捣黄龙--重回组织的总部。

　Nikita和Michael潜入组织总部，希望能抓住Percy并彻底解决他制造的麻烦。Alex和Sean与美国海军陆战队爆发激烈枪战，最终因寡不敌众而被俘。Ryan劝说美国总统暂缓毁灭组织总部--直到Nikita和Michael安全撤离大楼。但美国总统希望尽早铲除Percy，而不是考虑Nikita和Michael的生死。与此同时，Birkhoff要求Sonya提供帮助，Nikita把Percy堵在办公室里，但Percy却亮出了自己的最后一张王牌。或许最后的输家不是Percy，而是Nikita。