我的名字叫尼基塔。标题人物在开场白中对观众说，六年前，我被政府的一个秘密机构带出监狱，他们将我训练成刺客。三年前，我逃走了。从那以后，他们一直在追杀我。我是第一个逃出来的人，但我敢保证，我绝不会是最后一个。Alex，一个来自底特律的年轻姑娘，将面临与尼基塔相同的命运。Alex参与了一起抢劫，但是行动出现了意外当Alex醒来时，发现身边站着一个头发乱蓬蓬但是穿着一身西装的年轻男人。他自称Michael，是联邦政府的秘密雇员。Michael告诉Alex他们伪造了死亡，以前的生活已经结束了。

Percy和Michael接受了他们最新的任务——对一位因为战争犯罪而被通缉的斯拉夫领导人进行保护。Nikita从他们的机密中心 得知这一消息，试图要破坏他们的计划。但是一个唯利是图的神秘组织为了寻求核原料，比她捷足先登了。Alex比预期的成长更快，她接受了一个特殊的任务，这使她要经历一场枪林弹雨。

自由记者Jill Morelli从一名大学生那里得到情报，称一家排名世界五百强的航空公司利用民航客机从哥伦比亚偷运毒品到美国。飞机不幸坠毁，他们派人迅速将毒品转移，然而这一切让一个躲在暗处的大学生摄录了下来。这名大学生愿意将手里的录像交给Jill，但Jill必须为此支付5万美元。航空公司得知此事后，立刻请求组织出面封口。组织派人暗杀了与Jill接头的杂志社总编，诬陷Jill为杀人凶手，并将其绑架。Alex发现这一情况后及时通报Nikita，Nikita出手解救了Jill。为了揭发这一阴谋，Nikita鼓励Jill继续与那名大学生接头，并将她得到的录像上传到互联网上。然而组织也找到了那名大学生的住处，派人上门暗杀。Jill主动向闻讯赶来的警察投降，组织的人眼睁睁看着Jill被警察带走却又无可奈何。另一方面，Michael与Nikita再次交手，但他们都不想置对方于死地。与此同时，Percy和Amanda发现了Nikita藏在Birkhoff牙齿内的微型窃听器。少了这道屏障，Alex今后向外发送情报更加困难了。但Alex也逐渐赢得了Michael的信任--她假意帮助Michael追查到了Jill和Nikita的下落。Jill向警方揭发了航空公司的秘密，警方逮捕了这家公司的CEO。组织见无力继续控制局势，只有承认任务失败。Nikita再次找到Jill，称今后如有需要可能会找她帮忙。

尼基塔开始深入调查过去某次她假扮为一个颇有影响力的政府官员的保姆事件，准备为他的死亡伸张正义。在这期间，迈克尔参与了尼基塔的救援行动，并开始怀疑珀西的的动机。而在基地里，基本训练期间亚历克斯的惊恐症发作，这提示了阿曼达使其帮助她战胜了幽闭恐惧症。

组织特工Owen在一起银行劫案中逃脱并成为通缉犯，组织的秘密面临全面曝光的危险。Percy决定亲自搜寻Owen的下落，但Michael怀疑他另有企图。Nikita和Owen发生激战，后来Percy亦加入战团。Alex偷偷溜进Percy的办公室给Nikita发警告信息，却被Thom逮了个正着。Thom并没有告发Alex，而是对她表达了爱意。

Nikita发现是谁杀了她的未婚夫， Division的新人们坐一辆巴士的时候被袭击，Alex和Thom被绑架，可是他们不知道这是Division给他们的测验。Percy，Michael、和Amanda看著Alex被虐待。Alex逃了出去然后联系Nikita。在这期间，Nikita赢得了Owen的信任，然后他告诉Nikita关於她的未婚夫的惊人消息。

Alex的战友sara平时表现垫底，却接受一项重要任务，即将执行，Nikita告诉Alex组织很有可能是让sara执行自杀的任务。可是，Alex试图帮助sara，但是她不听，sara穿着布满炸药的衣服开始执行任务，Nikita及时赶到，并成功救出来sara，但是sara突然逃走。

Thom完成了训练的最后任务，杀死Anna Harcount，并将现场伪装成入室抢劫。尼基塔在深入调查下，发现了组织的另一个阴谋……尼基塔希望利用Anna的父母对组织的这次行动造成影响，没想到Anna的背景远比她所想象的复杂。同时一个叫Gogol的俄国佣兵公司介入了这一事件，对尼基塔下了药，威逼她帮助Gogol除掉某参议员，尼基塔既要破坏组织的任务又要摆脱Gogol对她的控制，联系Alex帮她找解药，Alex在训练中假装被扭断手腕，进入医务室，拿到解药后在Kiss Thom的时候将解药装进Thom的口袋，尼基塔在宴会上开始了行动。

　迈克尔在柏西的默许下，解决自己私人的事情，尼基塔突然出现并表示要帮助迈克尔。剧中插入了许多迈克尔进入组织之前的回忆，他为什么加入组织，他经历了什么等等。Alex为了得到迈克尔的情况侵入医务室的电脑被发现，Alex略施小计度过难关。最后，尼基塔为了救迈克尔的性命阻止了他刺杀Kasim的行动，但迈克尔并不理解，他们好不容易建立起来的感情毁于一旦。

　　Owen用U盘上传了刺杀智利前总统候选人的消息， 因此引发了智利的政治动乱。Nikita决定帮助Owen前往智利但两人就是否为合作伙伴的问题产生了争执。一名CPI工程师因发现DIVISION的线索并前往智利调查，但CPI把他当作替罪羊。因为owen用U盘泄漏的信息，柏西决定更新系统。古怪工程师与birkhoff在更新系统以后被柏西杀害。Alex躲在暗处看到了一切。但jordan堵住了她的出口，并在她房内翻出了指纹。Owen即将前往伦敦寻找另一个黑盒。

Percy命Alex外出作一次任务，作为她的毕业测试。令她去刺杀卡迪尔佐曼，Nikita想要帮助她完成这项任务。但是Birkhoff发现了组织系统漏洞--可以与外界聊天的工具，知道Nikita有内部人员做内应，于是Percy决定在执行这次任务时一石二鸟将Nikita也抓住。由于Alex不敢开枪杀人，Nikita前去营救她。两人一起逃到一个屋里，Nikita让Alex将自己抓起来，以便完成这次任务。Nikita被抓，Alex在准备救她布置炸弹时被Thom发现，两人扭打起来。

Alex毕业后被植入新追踪器，Nikita发现新追踪器是装在大脑皮层之下并可以随时引爆。为解除追踪器，Nikita设计抓捕了Birkhoff，并逼他说出笔记本电脑密码，以便改变追踪器信号显示。柏西带走了Birkhoff，帮助Nikita的CPI工程师因此而被降职。

埃及王妃雇佣组织刺杀埃及王子，Nikita前往解救。期间Alex与Nikita联系的录像被迈克尔看到，他对Alex产生了怀疑。

Ryan将会招募尼基塔来完成一项的任务。尼基塔将会有机会与曾经在组织里就已熟知的人打交道。而Alex与Nathan的关系将会更进一步。

Alex外出执行任务时遇到以前认识的女人Irina。Alex试图帮助Irina摆脱控制她的人，但她的老朋友为了还债出卖了她，将她交给俄罗斯黑帮头目Vlad。Nikita联络不到Alex，知道她遇到了麻烦。在寻找Alex的过程中，Nikita与同样在寻找Alex的Michael不期而遇。Nikita不能把Alex的真实身份暴露给Michael，但是又想利用Michael救出Alex，这给她出了一道难题。

Amanda以加速Alex康复为由给她注射大量药剂，并乘她意识模糊之机审问她--Amanda坚信Alex隐瞒了许多秘密。Nikita意识到Alex有危险，想用特殊的方式来帮助她。但Nikita的联络人出卖了她，令她不得不面对一个她不想见的敌人。与此同时，Michael对Alex的疑心越来越重，密令Birkhoff暗中调查她。

　Michael终于发现了Alex是潜入组织的卧底这个真相。并且以此要挟Nikita帮他找到杀害自己家人的凶手。对家人的责任感和爱，这也算是Michael的魅力所在了。之前和Alex死掐的Jardon也顺利毕业，看来Alex以后的路真的不好走。

Owen再次找到Nikita，称他已经掌握了其中一个黑盒子的下落。Nikita决定和Owen一起前往伦敦，但却发现Owen的行为有些异常。Owen称他要将黑盒子里的内容公诸于众，但Nikita坚决反对，矛盾随即爆发。与此同时，Percy发现了Nikita的行踪，命令Michael赶到伦敦杀掉Nikita。Amanda偷听到Jaden和Alex的争吵，得知Alex隐藏了一条秘密的逃跑通道。Amanda再次将Alex抓到审讯室，试图用测谎仪探测Alex隐藏的所有秘密。

Nikita认为Alex继续待在组织里会有危险，决定安排她离开。还未等两人将计划付诸实施，Alex接到命令与Jaden去海外执行一项任务，阻止某国总统的儿子贩卖新研发的神经毒气。和以往一样，Alex再次陷入生死危机，她必须做出一个重要决定--挽救任务还是挽救她自己，最终她放弃了逃离计划，救出了jaden。

　Nikita继续拦截存有组织机密信息的黑盒子，令Percy又恼又气。Percy命令Michael去宾夕法尼亚州某小镇核查其中一个黑盒子的安全性及负责保护黑盒子的守护者是否对组织忠诚。Nikita抢先来到该小镇，却惊讶地发现守护者只是一个叫Dana的普通女人--她放弃了自己的职责，只想和丈夫孩子在一起过普通的生活。Michael受形势所迫不得不将Dana的情况汇报给Percy，Percy立刻调派大批杀手赶来清理Dana留下的一切痕迹。

Michael在得知Percy决定命令组织去杀死任何能破解黑盒的人之后，他派出Nikita去拯救名单上的最后一个人，一个来自CIA的分析师Malcolm.Nikita绑架了分析师，并把他带到了Ryan那里，而与此同时，Percy突然对Alex发动攻击。

　一场针对美国的袭击即将来临，Ryan不得不以失去在CIA工作的风险，把Nikita从CIA的监禁中拯救出来，与此同时，Birkhoff同学打算弃暗投明离开组织，但是却在离开前指出Micheal是Nikita那一伙的，而Micheal则会在大结局中，被困在组织，这个无比危险的地方。