דיוויז'ן מגנה על מנהיג סרבי שגורש מארצו עקב פשעי מלחמה, בתמורה לאורניום שהוא מחזיק. בעוד ניקיטה מנסה לחסלו, הוא נחטף ע"י שכירי חרב שבראשם עומדת בתו של המדען שניהל את תכנית הגרעין שלו.

סוכני דיוויז'ן מפלילים עיתונאית ברצח הבוס שלה במסגרת ניסיון לחשוף התרסקות מטוס מסתורית. ניקיטה משתפת פעולה עם העיתונאית והן יוצרות קשר עם המקור שלה שצילם את ההתרסקות.

ניקיטה חוזרת לאנשים שמאחורי המשימה הראשונה שלה בדיוויז'ן - התנקשות באיש הסוכנות לביטחון לאומי. היא חושפת חנות אופנה שמעסיקה שלישיית פושעים המנהלים מפעל עבדים.

אואן, סוכן של דיוויז'ן, נקלע לשוד בנק, מה שמסכן את הקופסה השחורה שדיוויז'ן הפקידו בידיו. פרסי מחליט לחסל אותו ולאסוף את הקופסה בעצמו. ניקיטה יוצרת קשר עם החברה של אואן במטרה להגיע אליו.

דיוויז'ן בוחנים את תפקודה של אלכס בחקירת טרוריסט. אלכס לא מודעת לכך, ובשלבי המבחן הבאים, העניינים יוצאים משליטה ניקיטה מתחילה לרכוש את אמונו של אואן ששוהה אתה במקום המסתור שלה.

אלכס מתריעה בפני ניקיטה שדיוויז'ן הפעילו מגויסת שתישלח לשטח כדי לעצור ארגון טרור הפועל למען איכות הסביבה. ניקיטה מבינה שדיוויז'ן משתמשים במגויסת למשימת התאבדות, ושהם שתלו עליה פצצה.

ניקיטה לא מצליחה למנוע מטום להתנקש באנה הרקורט, מתמחה במשרד המשפטים ופילגש של סנטור. בהמשך היא מגלה שהרקורט עבדה בארגון מסוכן יותר מדיוויז'ן.

מייקל נשלח למשימה לא רשמית באוזבקיסטן כדי לחסל את הטרוריסט האחראי לרצח משפחתו. ניקיטה מגיעה לשם כדי לעזור לו. פרסי מגלה זאת ומחליט לפעול.

אואן מבקש מניקיטה עזרה לאחר שהדליף לעיתונות שדיוויז'ן ביצעו התנקשות במועמד לנשיאות צ'ילה. במקביל, עליהם להציל את האנליסט ריאן פלטשר שהופלל ונשבה בידי שכירי חרב זועמים.

אלכס מודיעה לניקיטה על משימת החיסול הראשונה שלה. אלכס אינה חשה בנוח עם הריגה, אך ניקיטה מרגיעה אותה ומציעה לעזור לה. בירקוף מעדכן את פרסי ומייקל שהוא גילה את התוכנה ששימשה את החפרפרת.

אלכס מקבלת דירה ופוגשת את שכנה החדש, שמזמין אותה לביתו. ניקיטה מזהירה אותה מקשרים, אך אלכס נאבקת בין תפקידה באגף לבין חיים נורמליים. ניקיטה מבינה שדיוויז'ן השתילו שבב הרג בראשה של אלכס.

אלכס נשלחת להרוג את נסיך גיאורגיה בגאלה. לאחר שהיא מספרת לניקיטה על החיסול, השתיים מתכננות לסכל את ההתנקשות. עם זאת, ניקיטה סומכת על האדם הלא נכון ופרסי שולח את מייקל בעקבותיה.

על בסיס מידע שהיא מקבלת מריאן, ניקיטה נוסעת לקוויבק לפגוש אדם שעומד למכור פצצה מלוכלכת למחבלים. שם מתברר לה שהארגון הרוסי החשאי 'גוגול' מעורב בעניין, והיא מנסה לחטוף ממנו את הפצצה.

אלכס מנסה לעזור לידידה שלה מהעבר. כשהיא נחטפת ע"י הסרסור שלה שכבר חטף אותה בעבר לאחר מות אביה, אלכס נאלצת להתמודד עם הפיתוי הנורא מכול בשבילה, מבלי לחשוף את סודה הגדול.

אמנדה מכניסה את אלכס למצב של הזיה כדי ללמוד מידע נוסף על העבר שלה. בהזיה שלה, אלכס מנסה לפרוץ החוצה מדיוויז'ן עם בת דמותה מהילדות ובתוך כך בורחת מאויבת מסתורית.

מייקל מאיים לחשוף את אלכס בפני פרסי אם ניקיטה לא תעזור לו למצוא את קאסים בתוך 24 שעות ניקיטה נאלצת לעבוד עם "גוגול" כדי לחשוף את מקום הימצאו של קאסים.

ניקיטה ואואן טסים ללונדון כדי להשיג את אחת הקופסאות השחורות של דיוויז'ן. ניקיטה מגלה שאואן מכור לתרופות מיוחדות שדיוויז'ן סיפקו לו וכעת סובל מתסמיני גמילה שגורמים לו לאיבוד שליטה.

אלכס וג'יידן נבחרות לצאת לז'נבה כדי לסכל מזימה למכור גז עצבים חדשני לארגון טרור. אלכס, מייקל וניקיטה מסכימים לביים את מותה של אלכס במהלך המשימה כדי להבטיח את בריחתה.

פרסי שולח את מייקל לעיירה קטנה כדי לבדוק מה קורה עם אחת הקופסאות השחורות שלו שעליה מופקדת סוכנת של דיוויז'ן אלכס מגלה לנתן מי היא באמת כדי שיוכלו לברוח יחד.

בגידות לאחר שנודע למייקל שפרסי פקד לחסל כל מי שיכול לפצח את צופן הקופסאות השחורות, הוא שולח את ניקיטה להציל את האדם האחרון ברשימה אמנדה מודיעה לפרסי שאלכס היא החפרפרת של ניקיטה.

בפרק החותם את העונה, אלכס מצליחה לביים את מותה של ניקיטה פרסי חושף בפני הארגון המפקח עליו את תכניתו להשתלט על הסי-איי-איי מייקל זוכה לסיוע מכיוון בלתי צפוי.