Percy und Michael sollen einen Diktator und Kriegsverbrecher in Schutzhaft nehmen, aber Nikita spürt sie auf und versucht ihren Plan zu durchkreuzen. Alex erhält ihren ersten Auftrag.

Nikita rettet die Journalistin Jill, die versucht eine Verschwörung um einen Flugzeugabsturz aufzudecken, an dem auch die Division beteiligt ist. Amanda verhört Birkhoff.

Nikita fühlt sich in die Vergangenheit zurückversetzt, als sie für einen Regierungsbeamten die Nanny spielen muss - aber jetzt will sie ihren tödlichen Fehler von damals wieder gut machen.

Owen, ein Mitarbeiter der Division, wird in einen Banküberfall verwickelt und kann fliehen. Alex will Nikita helfen, wird aber von Thom erwischt, dabei kommen sie sich näher.

Ein Terrorist attackiert die Rekruten der Division und kidnappt Alex und Thom. Beide wissen nicht, dass es nur ein Test ist. Nikita erfährt, wer ihren Verlobten umgebracht hat.

Alex informiert Nikita, dass eine Rekrutin unwissentlich ein Selbstmordattentat ausführen soll. Nikita kann die Rekrutin retten bevor Michael dazu kommt - es gibt eine Schießerei.

Die Division verspricht einem Senator, alle Spuren seiner Affäre zu beseitigen, wenn er dem Finanzierungsgesetz zustimmt. Nikita hingegen will den Sex Skandal aufdecken.

Nikita und Michael wollen gemeinsam einen Terroristen eliminieren. Als Alex beim Durchstöbern von Akten der Division erwischt wird, droht ihre Tarnung aufzufliegen.

Percy schiebt dem CIA Agent Ryan eine Tat in die Schuhe. Nikita und Owen reisen nach Chile, um Ryan vor den Söldnern zu retten. Danach werden sie selbst von der CIA verhaftet.

Alex wird auf ihre erste tödliche Mission geschickt. Birkhoff entdeckt das Programm, mit dem zu Nikita Kontakt aufgenommen wurde. Nikita wird von der Division gefangen genommen.

Nikita realisiert, dass die Division Alex einen Killer-Chip implantiert hat. Die ist jetzt Agentin, hat einen Job als Tarnung und erhält eine Einladung von ihrem neuen Nachbarn.

Ein Plan soll Alex ersten Mord verhindern. Aber Nikita vertraut den falschen Leuten. Jetzt weiß die Division, dass sie in der Nähe ist. Percy beauftragt Michael sie zu eliminieren.

Um Ryan bei seiner Mission zu helfen, nimmt Nikita ihre alte Undercover Identität aus der Division wieder an.

Während einer Mission trifft Alex auf Irina, eine alte Freundin, und versucht ihr zu helfen. Doch Irina verrät Alex. Jetzt braucht sie selbst Hilfe.

Alex wird von Amanda unter Drogen gesetzt. Das soll die Heilung beschleunigen. Aber Amanda nutzt die Situation aus, um Alex zu verhören. Nikita wird von ihrem Kontaktmann betrogen.

Michael sagt Nikita, dass er weiß, dass Alex ihre Informantin ist. Jetzt gibt er ihr 24 Stunden, um den Mann zu finden, der seine Familie getötet hat. Oder er verrät Alex an Percy.

Nikita reist mit Owen nach London. Dort bergen sie eine von Percys Black Boxen, doch sie streiten sich über das weitere Vorgehen. Amanda schließt Alex an einen Lügendetektor an.

Alex und Jaden werden auf eine Mission nach Übersee geschickt. Als die Situation brenzlig wird muss Alex entscheiden, ob sie die Mission retten will ... oder sich selbst.

Als Nikita einer Kleinstadt ankommt, um die Black Box von Percy zu suchen, stellt sie fest, dass die Hüterin der Box ihren Posten verlassen hat, um ein normales Leben zu führen.

After Michael learns that Percy has ordered Divison to kill anyone who could decrypt the black boxes, he sends Nikita in to save the last person on the list, a CIA cryptographer named Malcolm. Nikita kidnaps Malcom and takes him to Ryan for protection. Meanwhile, Percy turns on Alex.

Percy makes a move to take over the CIA, Alex goes rogue, and Michael gets trapped inside Division making him unable to help Nikita, who may have to pay with her life for helping Alex.