Nikita - vražedkyně, která dříve pracovala pro tajnou organizaci nesoucí název Divize, se nyní vrací, aby se pomstila za smrt blízkého člověka. Do Divize je jako další rekrut násilně vzata Alex, dívka s temnou minulostí, jejíž osud se má podobat osudu Nikity. Nikita je odhodlána překazit další z operací Divize, zvanou Černý šíp.

Percy a Michael vezmou svůj poslední úkol, slovanský vůdce chce pro válečné zločiny do ochranné vazby. Nikita se dozví o jejich úkrytu a pokouší se zmařit jejich plán, ale tajemná skupina žoldáků při hledání jaderného materiálu ji v jejím úkolu porazí. Alex je aktivována pro speciální úkol dříve, než se očekávalo ten ji zavede do křížové palby.

Nikita zachrání Jill, novinářku, která se pokouší odhalit spiknutí zahrnující divizi a velkou nehodu v letadle. Michael a Percy podezřívají Birkhoff, že je Nikitin špión a pošlou Amandu, aby ho vyslechla. Michael využívá pomoc rekrutů Alexe, Jadena a Thoma, aby mu pomohli najít jeho nejnovější cíl.

Nikita se ponoří do své minulosti, kdy vystupovala jako chůva pro vlivného vládního činitele a rozhodne se napravit chybu při jeho smrti. Během mise Michael přichází Nikitě na pomoc a začíná pochybovat o Percyho motivech... Po návratu do Divize, zatímco prochází základním výcvikem, trpí Alex záchvaty paniky a vyzývá Amandu aby ji zbavila klaustrofobie.

Hrozí, že tajemství Divize bude odhaleno světu, když Owen - operační Divize, unikne z bankovní loupeže a stane se psancem. Percy se rozhodne sám Owena hledat, což vede Michaela k podezření o jeho motivech. Nikita a Owen do toho jdou hlava nehlava. Percy je ovšem přivede do napjaté patové situace. Alex se vplíží do Percyho kanceláře, aby varovala Nikitu, ale je zatčena Thomem...

Autobus plný rekrutů Divize je napaden teroristy, kteří unesou Alex a Thoma. Ani jeden neví, že se jedná o test divize. Percy, Michael a Amanda sledují mučení Alex. Alex se zlomí a kontaktuje Nikitu s prosbou o pomoc. Nikita mezitím získala Owenovu důvěru a on odhalí Nikitě zničující zprávy o jejím snoubenci.

Alex informuje Nikitu, že jeden z rekrutů byl aktivován k provedení sebevražedné mise.

Divize pošle Thoma odstranit Annu, ženu, která měla tajný poměr s americkým senátorem. Divize souhlasí že zakryje veškeré stopy po této záležitosti, pokud senátor bude pomůže s přijetím zákona, podle kterého bude agentura nadále financována. Nikita se s Alexinou pomocí pokouší oslovit Anniny rodiče, ale konverzace nejde tak, jak očekávala.

Nikita a Michael přechodně spolupracují, aby zabili teroristu, který před mnoha lety zavraždil Michaelovu rodinu. Když se o tom dozví Percy, pošle agenty, aby Nikitu zabili. Ta ve výsledku misi ohrožuje a vede to k polapení Michaela teroristickou skupinou. Alex je přistižena, jak prochází zdravotnickými soubory uvnitř Divize, takže vymýšlí lež, která zahrnuje Jadena a téměř zničí její krytí.

Owenovy úniky tajných informací z černých skříněk Divize médiím a dokazují, že vláda USA byla zodpovědná za vraždění v Chile. Nikita a Owen odjíždějí do Chile, aby zachránili Ryana před žoldáky. Nikita odhaluje tajemství Divize Ryanovi ve snaze zachránit jim životy. Uvnitř Divize Alex špehuje Percyho a Birkhoffa a je svědkem Percyho stránky, kterou ještě nikdy neviděla.

Alex informuje Nikitu, že divize ji posílá na její první misi - zabít vůdce zločineckého syndikátu. Alex je rozrušena z toho, že vezme něčí život, ale je uklidněna Nikitou, která trvá na tom, že jí pomůže. Birkhoff informuje Percyho a Michaela o objevení shell programu, který divizní krtek používá ke spojení s Nikitou ve vnějším světě. Když mise nejde tak, jak bylo plánováno, Nikita učiní rychlé rozhodnutí ve snaze očistit Alexino jméno. Uvnitř Divize se Jayden pokouší odhalit Alexu jako krtka, ale Thom do toho vstoupí a šokující nehoda očistí její jméno.

Jako agentka dostává Alex nový byt a krycí zaměstnání. Setkává se se svým novým sousedem Nathanem, který ji zve na párty v jeho domě. Nikita varuje Alex, aby se příliš nezaplétala s lidmi, ale Alex bojuje se svými povinnostmi v Divizi a žije normálním životem. Nikita si uvědomuje, že Divize implantovala do Alexiiny hlavy vražedný čip a usiluje o získání kontroly nad čipem. Zatímco vyslýchá Birkhoffa, Nikita ohromí Ryana odhalením tajemství.

Ryan zachytí informace o nebezpečné nové zbrani přicházející do USA a požádá Nikitu, aby mu pomohla zabránit její dodávce. Nikita zjistí, že muž, který přivezl zbraň do země, je Voss. Neochotně obnoví své alter ego, aby zabránila doručení rakety. Mezitím se Michael střetává se vztahem Alex a Nathana.

Zatímco je na misi pro divizi, Alex narazí na Irinu, ženu ze své minulosti. Snaží se Irině pomoci vymanit se moci únosce, ale její stará přítelkyně ji podrazí a Alex se obrátí na Vlada, ruského gangstera, který má u ní nesplacený dluh. Nikita si uvědomí, že Alex má potíže a vydává se na její záchranu, ale běží do Michaela, který hledá svého chybějícího agenta. Nikita si uvědomuje, že nemůže kompromitovat Alexiino tajemství, a proto musí najít způsob, jak spolupracovat s Michaelem, aby zachránila Alex a aniž by ji zabil její přítel.

S cílem urychlit uzdravení, podá Amanda po poslední misi Alex sedativa a využije jejího omámení, aby se jí vyptávala na tajemství, která, jak se Amanda domnívá, Alex má. Nikita si uvědomí, že Alex je v nebezpečí a snaží se jí zajistit novou identitu, aby ji propašovala ze země. Nikitin kontakt ji však zradí a setká se tváří v tvář s překvapivým soupeřem. Mezitím Michael začne Alexem podezřívat a požádá Birkhoffa, aby ji prověřil.

Michael konfrontuje Nikitu v jejím doupěti a odhalí, že ví o tom, že Alex je krtek. Oznámí Nikitě, že má 24 hodin, aby našla Kasima, muže, který zabil Michaelovu rodinu, nebo řekne Percymu o Alex...

Owen se vrací s informacemi o jedné z Percyho černých skříněk. Nikita se s ním pro skříňku vrací do Londýna, ale všimne si, že se Owen chová zvláštně. Ten Nikitě oznámí, že chce obsah černé skříňky zveřejnit a když Nikita nesouhlasí, obrátí se proti ní. Mezitím Percy zjistí, že Nikita je v Londýně a posílá Michaela, aby ji zabil. Také Amanda zaslechne Jadena, jak se dohaduje s Alex o únikových tunelech a napojí Alex na detektor lži, aby z ní jednou provždy dostala pravdu.

Nikita je přesvědčena, že je pro Alex v Divizi příliš nebezpečno a rozhodne se nechat Alex zmizet. Alex souhlasí, ale než může být plán uveden do pohybu, jsou s Jadenem přiděleni do zámořské mise, ve které mají zabránit synovi cizího prezidenta v prodeji nově vyvinutého nervového toxinu. Vše jde špatně a Alex se musí rozhodnout mezi záchrannou misí nebo záchranou sebe samé.

Frustrovaný, že Nikita stále vlastní černé skříňky, posílá Percy Michaela, aby zkontroloval jednu ze skříněk a jejího strážce. Nikita se dostane do malého města v Pensylvánii první a je šokována, když zjistí, že opatrovníkem je obyčejná žena jménem Dana, která opustila své místo a snaží se žít normální život se svým manželem a dítětem. Napětí stoupne, když je Michael nucen ohlásit Daniny činy a Divize posílá komando, aby odstranilo důkazy o její existenci. Mezitím se Alex a Jaden dostanou do sporu a Nathan se ocitne v jeho středu.

Poté, co se Michael dozví, že Percy nařídil Divisonovi zabít každého, kdo by mohl dekódovat černé skříňky, pošle Nikitu, aby zachránila poslední osobu na seznamu, kryptografa CIA jménem Malcolm. Nikita unese Malcoma a vezme ho k Ryanovi do ochrany. Mezitím se Percy zaměří na Alex.

Percy podniká kroky k převzetí CIA. Michael je uvězněn uvnitř Divize, takže nedokáže pomoci Nikitě, která může za pomoc Alex zaplatit svým životem.