דיוויז'ן, סוכנות אמריקנית סודית, חילצה את ניקיטה מעונש מוות על פשע שלא ביצעה והכשירה אותה כמתנקשת ומרגלת. לאחר שהסוכנות בגדה בה, ניקיטה הסתתרה במשך שלוש שנים. כעת היא מחפשת נקמה.

דיוויז'ן מגנה על מנהיג סרבי שגורש מארצו עקב פשעי מלחמה, בתמורה לאורניום שהוא מחזיק. בעוד ניקיטה מנסה לחסלו, הוא נחטף ע"י שכירי חרב שבראשם עומדת בתו של המדען שניהל את תכנית הגרעין שלו.

סוכני דיוויז'ן מפלילים עיתונאית ברצח הבוס שלה במסגרת ניסיון לחשוף התרסקות מטוס מסתורית. ניקיטה משתפת פעולה עם העיתונאית והן יוצרות קשר עם המקור שלה שצילם את ההתרסקות.

ניקיטה חוזרת לאנשים שמאחורי המשימה הראשונה שלה בדיוויז'ן - התנקשות באיש הסוכנות לביטחון לאומי. היא חושפת חנות אופנה שמעסיקה שלישיית פושעים המנהלים מפעל עבדים.

אואן, סוכן של דיוויז'ן, נקלע לשוד בנק, מה שמסכן את הקופסה השחורה שדיוויז'ן הפקידו בידיו. פרסי מחליט לחסל אותו ולאסוף את הקופסה בעצמו. ניקיטה יוצרת קשר עם החברה של אואן במטרה להגיע אליו.

דיוויז'ן בוחנים את תפקודה של אלכס בחקירת טרוריסט. אלכס לא מודעת לכך, ובשלבי המבחן הבאים, העניינים יוצאים משליטה ניקיטה מתחילה לרכוש את אמונו של אואן ששוהה אתה במקום המסתור שלה.

אלכס מתריעה בפני ניקיטה שדיוויז'ן הפעילו מגויסת שתישלח לשטח כדי לעצור ארגון טרור הפועל למען איכות הסביבה. ניקיטה מבינה שדיוויז'ן משתמשים במגויסת למשימת התאבדות, ושהם שתלו עליה פצצה.

ניקיטה לא מצליחה למנוע מטום להתנקש באנה הרקורט, מתמחה במשרד המשפטים ופילגש של סנטור. בהמשך היא מגלה שהרקורט עבדה בארגון מסוכן יותר מדיוויז'ן.

מייקל נשלח למשימה לא רשמית באוזבקיסטן כדי לחסל את הטרוריסט האחראי לרצח משפחתו. ניקיטה מגיעה לשם כדי לעזור לו. פרסי מגלה זאת ומחליט לפעול.

אואן מבקש מניקיטה עזרה לאחר שהדליף לעיתונות שדיוויז'ן ביצעו התנקשות במועמד לנשיאות צ'ילה. במקביל, עליהם להציל את האנליסט ריאן פלטשר שהופלל ונשבה בידי שכירי חרב זועמים.

אלכס מודיעה לניקיטה על משימת החיסול הראשונה שלה. אלכס אינה חשה בנוח עם הריגה, אך ניקיטה מרגיעה אותה ומציעה לעזור לה. בירקוף מעדכן את פרסי ומייקל שהוא גילה את התוכנה ששימשה את החפרפרת.

אלכס מקבלת דירה ופוגשת את שכנה החדש, שמזמין אותה לביתו. ניקיטה מזהירה אותה מקשרים, אך אלכס נאבקת בין תפקידה באגף לבין חיים נורמליים. ניקיטה מבינה שדיוויז'ן השתילו שבב הרג בראשה של אלכס.

אלכס נשלחת להרוג את נסיך גיאורגיה בגאלה. לאחר שהיא מספרת לניקיטה על החיסול, השתיים מתכננות לסכל את ההתנקשות. עם זאת, ניקיטה סומכת על האדם הלא נכון ופרסי שולח את מייקל בעקבותיה.

על בסיס מידע שהיא מקבלת מריאן, ניקיטה נוסעת לקוויבק לפגוש אדם שעומד למכור פצצה מלוכלכת למחבלים. שם מתברר לה שהארגון הרוסי החשאי 'גוגול' מעורב בעניין, והיא מנסה לחטוף ממנו את הפצצה.

אלכס מנסה לעזור לידידה שלה מהעבר. כשהיא נחטפת ע"י הסרסור שלה שכבר חטף אותה בעבר לאחר מות אביה, אלכס נאלצת להתמודד עם הפיתוי הנורא מכול בשבילה, מבלי לחשוף את סודה הגדול.

אמנדה מכניסה את אלכס למצב של הזיה כדי ללמוד מידע נוסף על העבר שלה. בהזיה שלה, אלכס מנסה לפרוץ החוצה מדיוויז'ן עם בת דמותה מהילדות ובתוך כך בורחת מאויבת מסתורית.

מייקל מאיים לחשוף את אלכס בפני פרסי אם ניקיטה לא תעזור לו למצוא את קאסים בתוך 24 שעות ניקיטה נאלצת לעבוד עם "גוגול" כדי לחשוף את מקום הימצאו של קאסים.

ניקיטה ואואן טסים ללונדון כדי להשיג את אחת הקופסאות השחורות של דיוויז'ן. ניקיטה מגלה שאואן מכור לתרופות מיוחדות שדיוויז'ן סיפקו לו וכעת סובל מתסמיני גמילה שגורמים לו לאיבוד שליטה.

אלכס וג'יידן נבחרות לצאת לז'נבה כדי לסכל מזימה למכור גז עצבים חדשני לארגון טרור. אלכס, מייקל וניקיטה מסכימים לביים את מותה של אלכס במהלך המשימה כדי להבטיח את בריחתה.

פרסי שולח את מייקל לעיירה קטנה כדי לבדוק מה קורה עם אחת הקופסאות השחורות שלו שעליה מופקדת סוכנת של דיוויז'ן אלכס מגלה לנתן מי היא באמת כדי שיוכלו לברוח יחד.

בגידות לאחר שנודע למייקל שפרסי פקד לחסל כל מי שיכול לפצח את צופן הקופסאות השחורות, הוא שולח את ניקיטה להציל את האדם האחרון ברשימה אמנדה מודיעה לפרסי שאלכס היא החפרפרת של ניקיטה.

בפרק החותם את העונה, אלכס מצליחה לביים את מותה של ניקיטה פרסי חושף בפני הארגון המפקח עליו את תכניתו להשתלט על הסי-איי-איי מייקל זוכה לסיוע מכיוון בלתי צפוי.

Nikita and Michael plot to take down Division and Oversight and are prepared to use the contents of the black box to do so. Amanda is now running Division but Oversight has assigned one of their own, a new agent named Sean, to keep an eye on her. Amanda's first mission is to get back the black box from Nikita, and she enlists Alex's help to do so. Alex refuses until Amanda tells her she will help her find the man who killed Alex's father. Meanwhile, Nikita and Michael find help from an unlikely ally.

While investigating an old corrupt Division program, P9, that seems to have resurfaced, Nikita and Michael run into Owen. He tells them he is searching for Dr. Joseph Mars, who is not only the mastermind behind P9, but also invented the Regimen and could help Owen wean himself off the dangerous drug. Michael is hesitant to trust Owen again but Nikita decides the three should join forces. Percy demands to see Alex.

Birkoff tells Nikita and Michael that a black box file reveals that an international terrorist named Ramon, who has been taking credit for some serious political assassinations, now works for Division. This news upsets Nikita since she was the agent that captured Ramon years ago and turned him over to Percy. Amanda convinces Alex to kill Anton Kochenko, a man who used to work for Alex's father, and plans to let Ramon take the credit for the murder. However, when Nikita disrupts Amanda's plan, Amanda fights back by taking what Nikita loves most.

Nikita is stunned when she hears that her old Division partner Kelly escaped from a Turkish prison. Nikita thought Kelly died years ago and always felt responsible because it happened on the mission where Nikita escaped from Division. Knowing Amanda will go after Kelly, Nikita tells Michael they have to go to Turkey to help her. Amanda sends Alex and Roan to Europe to stop the former partners from reuniting.

Michael discovers Cassandra, a woman he once romanced under Division orders, is in danger. Feeling guilty for how things ended, he wants to help her but Nikita suspects there is more to it than easing his conscience. Amanda manipulates Alex into helping her on a mission but Sean gets caught in Amanda's web of lies and begins to doubt Division's true motives.

While searching for information on the black box, Birkoff stumbles upon Nikita’s birth certificate. Nikita and Michael track down Nikita’s father Richard, but the reunion is not quite what Nikita expected. Percy tells Alex that the black box that Nikita has contains information that could help her avenge her father’s death.

While in prison, Ryan discovers patterns that reveal how Oversight gets its funding. Ryan arranges a meeting with Nikita to fill her in, but Amanda intercepts their coded messages to each other and alerts Oversight, who sends in one of their own to interrogate Ryan. Nikita and Michael scramble to break Noah out of prison before Oversight gets to him. Meanwhile, Alex is being tailed by Gogol, and comes face to face with someone from her past.

Michael becomes alarmed when he hears Cassandra is in trouble and rushes off to help her. He discovers General Tupelov has accused her of stealing two million dollars and has threatened to kill her unless she returns it. However, when Cassandra's story doesn't add up, Nikita becomes suspicious of what she might be hiding. Meanwhile, Alex receives a very tempting offer from Percy that could give her the resources to eliminate Semak.

Nikita steals funds from Oversight, forcing them to host an emergency meeting. Nikita and Birkoff figure out how to spy on the meeting so Nikita can identify the other members of Oversight, but things go awry and Sean captures Birkoff. Amanda demands to know where Nikita is hiding but Birkoff refuses to give up his friend so she tortures him. Meanwhile, Alex sets her plan in motion to reclaim her father’s empire. With a price on her head, Alex realizes the easiest way to get into Russia undetected is the same way she was smuggled out – through the illegal sex ring.

With Michael out of town, Nikita turns to Owen to help her track down and steal another black box from a Guardian. Unfortunately, she discovers that Owen is working for an unlikely employer that could jeopardize Nikita's whole operation. Amanda realizes Alex received privileged information about Semak and that information could only have come from Percy. Furious that Percy undermined her, Amanda strips him of all his amenities. Back home in Russia, Alex finally makes her move on Semak.

Alex’s mission to take down Gogol comes to a head as she infiltrates her childhood home and faces ghosts from her past. On a completely separate mission, Nikita also ends up at the mansion to steal Semak’s black box. Nikita and Alex run into each other and decide to join forces, but they run into a major roadblock. Meanwhile, Michael and Owen work together to figure out Percy’s secret plan with the Guardians.

Sean attacks Nikita and Michael in an effort to protect his mother. Meanwhile, Percy gets the upper hand on Amanda and threatens to level Division unless she releases him.

Percy has his Guardians hold the members of Oversight hostage until Amanda agrees to his demands. If she doesn't, the Guardians will shoot all the members of Oversight and release a deadly gas inside Division that will instantly kill everyone, including Amanda. Nikita is torn between letting the enemy fall and saving the innocent lives inside Division. Meanwhile, Sean is frantic to save his mother from Percy's clutches and turns to Nikita, Michael and Alex for help.

Percy continues his plan to take back Division by threatening to kill Nikita’s mentor Carla, the woman who took Nikita off the streets when she was a junkie. Determined to get to Carla before Percy, Nikita uses Madeline to send her a message. Percy intercepts the message and it’s a race to see who can get to Carla first. Meanwhile, Amanda tells Alex it’s time for her to take back Zetrov and reveal to the world that Alexandra Udinov is alive.

Nikita and Michael try to help Carla remember her past, which holds the key to taking down Division. Carla recounts the night Nikita was arrested and Nikita is stunned at what she learns. Meanwhile, Alex shows up at a Zetrov press conference where Semak is speaking and announces that she’s Alexandra Udinov.. Alex demands a trade – her mother for the empire.

Division is in an uproar when their agents are being assassinated one by one. Amanda realizes Percy is behind the murders and is trying to undermine her authority with the other Division agents. She reluctantly calls Nikita with an offer that is hard to resist – stop Percy and she’ll give Nikita Ryan.

Michael is furious when he discovers a secret that Cassandra kept from him, so he and Nikita fly to Moscow to confront her. Meanwhile, Alex makes a last ditch effort to find her mother by sending out a coded message through a televised interview.

Amanda and Ari set up a board meeting with Zetrov and prepare to take over the company. After a heated face-to-face confrontation between Nikita and Amanda, Nikita recalls what Amanda was like when she was first brought to Division. Meanwhile, Alex surprises Ari by showing up at the board meeting with an old and powerful friend.

When Nikita worked for Division, she targeted a man named Nicholas Brandt and infiltrated his inner circle. She captured him and he’s been behind bars ever since. However, Percy springs Brant, and his first mission is to capture Nikita for payback. After he has her in his clutches, he tortures her, forcing Nikita to face a side of herself she thought she had long buried. Meanwhile, Percy continues to play mind games with Michael, Alex and Sean, pushing one of them to the brink of death.

Nikita convinces a reluctant Birkhoff to use 20 million dollars of his own money in a plan to bankrupt Percy and Division, but when Percy ends up stealing Birkhoff’s entire life savings, Birkhoff and Nikita clash. Team Nikita has one last chance to hit Percy again, but Birkhoff is arrested trying to regain his millions and Nikita realizes she must break him out of jail before Division gets to him. Michael and Alex go after Birkhoff’s stolen money while Nikita goes to save Birkhoff.

When it looks like Percy’s nuclear weapons plan is getting out of control, Ryan suggests they go to the Director of the CIA, Morgan Kendrick, for help. Nikita is vehemently opposed to the plan and is surprised when Michael takes Ryan’s side. Tensions escalate when Nikita is proven right after they discover Kendrick has a link to Percy. Meanwhile, Sean is shot by Percy’s men, shaking Alex to the core.

Percy calls the President the United States and threatens to set off a nuclear explosion unless his demands are met. Birkhoff finds two scientists who could help stop Percy’s new nuclear satellite, so Nikita and Michael head after one and Sean and Alex look for the other. Unfortunately, Alex and Sean get caught at the very location that Percy blows up as an example of his power. Meanwhile, Nikita realizes the best way to stop Percy is to go into the belly of the beast – Division itself.

Nikita and Michael invade Division in an attempt to capture Percy. Alex and Sean get caught in a deadly gunfire battle with the U.S. Marines and Ryan must convince the President of the United States not to destroy Division until he is sure Nikita and Michael are safely out of the building, but the President is eager to end Percy’s reign. Meanwhile, Birkhoff asks Sonya for help, and Nikita corners Percy in his office, but he pulls out one final trick that may cost her the battle.

ארגון הביון הסודי דוויז'ן עובר לפיקודו של ריאן. ניקיטה ומייקל נעזרים בחבריהם הוותיקים כדי לעצור ולחסל את כל סוכני הארגון לשעבר שלא נענו לקריאה לשוב לבסיס כדי להתארגן מחדש.

ניקיטה, מייקל וריאן ממשיכים לרדוף אחר סוכנים לשעבר שמסרבים ליישר קו עם המדיניות החדשה של דוויז'ן. הפעם הם ניצבים בפני וייד, מאמן מגויסים לשעבר שמתכנן חיסול באמצעות מגויסת צעירה וחדשה.

ניקיטה, מייקל וריאן יוצאים לחלץ סוכנת שנותרה במבצע סמוי עוד מימיו של פרסי. ניקיטה מתקשה לעכל את העובדה שריין ממשיך לקיים פעילות של דוויז'ן שאינה קשורה בפירוק הארגון.

אוון מחולץ מהכלא בידי שליחה של אמנדה, אבל מצליח להימלט מידיה וליצור קשר עם ניקיטה. הוא מנחה את דוויז'ן למציאת מכשיר הקריפטוגרף שמאשפר גישה לכל מערכת מחשבים קיימת, אבל אמנדה מכה שוב.

ניקיטה, מייקל ושאר סוכני יחידת דוויז'ן מנסים לתפוס את הסוכן הסורר שנשלח על ידי פרסי למשימה חשאית באוזבקיסטן, והצליח להתברג במנגנון המקומי עד לבחירתו לנשיא.

ניקיטה, מייקל ושאר סוכני יחידת דוויז'ן לוכדים את סיירוס, סוחר הנשק שעבד בעבר בשביל פרסי וכעת מסייע לאמנדה ולארי לצבור אמצעי לחימה. ניקיטה מחליטה לנסות לנצל אותו כדי להגיע אל ארי.

ניקיטה, מייקל ושאר סוכני יחידת דוויז'ן מבינים שהם נתונים למעקב, אך מחליטים לנצל את העוקב המיוחד כדי למצוא את מקום המסתור של אמנדה. ברקהוף נחוש לנטרל את שבב ההרג שמושתל בראשה של סוניה.

ניקיטה, מייקל, אוון ושאר סוכני הארגון דוויז'ן יוצאים ללכוד מנקה לשעבר של פרסי שהחליט להשכיר את שירותיו למרבה במחיר ומעורב בקרטל סמים מקסיקני. מייקל מתקשה להתמודד עם הפגיעה בתפקודו.

ניקיטה, מייקל, אוון ושאר סוכני ארגון דוויז'ן יוצאים ללכוד סוכן סורר שחזר לחייו הישנים וחטף את גרושתו בהתקף קנאה. המצוד מוביל את החבורה ליער ולהתמודדות עם המשטרה המקומית.

ניקיטה מגלה בזכות ברקהוף שמדען ששיתף פעולה בעבר עם דוויז'ן מפתח שיטה לגידול איברי גוף שנכרתו. היא מחליטה לצאת לבד לפעולה שמובילה לתקרית בינלאומית.

אמנדה מסתייעת באנליסטית צעירה מהסי-איי-איי כדי לטמון פח לשון פירס ולהפליל אותו בפשע חמור. היא מקווה לחשוף בכך את דוויז'ן ולהביא לסופו. ניקיטה ושאר חברי הצוות מנסים לטהר את שמו של שון.

ארי טזרוב מוצא את עצמו נמלט מפני אמנדה. הוא פונה לניקיטה ולשאר חבריה בדוויז'ן. אמנדה מחליטה לסייע לקבוצת טרור אסלאמי בהמשך לניסיונותיה לנקום בניקיטה ולהפיל את ארגון דוויז'ן.

ארי טזרוב מבקש מניקיטה ומארגון דוויז'ן לסייע בהצלת בנו, מאחר שהוא משוכנע שאמנדה תנסה לאתר אותו ולהשתמש בו כקלף מיקוח נגדו. ניקיטה ואלכס נוסעות לשווייץ כדי לאתר אותו.

אמנדה מציעה לדוויז'ן עסקת חילופי שבויים במטרה להוציא מארי את הסיסמה לקופסה השחורה. ניקיטה נשבעת לארי שתחזור לחלץ אותו, אבל חילוקי דעות עם אלכס משבשים את התכניות.

רודן אפריקאי מצליח להשיג רשימה של סוכני סי-איי-איי שעוסקים בתחום הנפט. בכוונתו למכור את הרשימה לרוסים, אבל דנפורת שולח את דוויז'ן למשימה מטעם הממשל. אלכס וברקהוף מסרבים לצאת למשימה.

מייקל וניקיטה מוצאים את עצמם בפני דילמה. הארגון שבו פעל היידקר מציע למייקל ניתוח מורכב להצלת ידו בתמורה לסיוע לארגון המפוקפק.

ניקיטה ואוון יוצאים לטשטש את העקבות של דוויז'ן אחרי שאמנדה מתנקשת בחייו של דנפורת, אבל אמנדה מחזירה לאוון את הזיכרון שלו, מה שגורם לטלטלה גדולה ביחסיו עם ניקיטה.

אמנדה מנסה להתמודד עם ההשלכות של המרד שעוררה בדוויז'ן, אבל נקרעת בין שון לבין מצבה הנפשי הקשה. אמנדה מחליטה ללמד את ניקיטה את הלקח האחרון ומשתמשת לשם כך במושב המיוחד שלה.

ריאן מתעורר מהתרדמת שבה היה שרוי ומיד מתחיל לשקול עם חבריו את הצעדים שבהם כדאי לנקוט כדי להצליח לחמוק מהממשל ולהציל את כל עובדי דוויז'ן שערקו יחד. אלכס מחליטה לצאת למשימה נואשת.

ניקיטה, מייקל ואלכס מתחקים אחר סאם ואמנדה מתוך כוונה למנוע את מכירת הקופסה השחורה לכל המרבה במחיר והצוות שנותר מאחור בחדר המבצעים נתקל בבעיה לא צפויה.

ניקיטה וקומץ חברי דוויז'ן שנותרו נאלצים להתמודד עם הצטרפותה של אמנדה לאנשי הסדנה. ניקיטה יוצאת להציל פעילת זכויות אדם, זוכת פרס נובל, שנמצאת תחת איום מצד הארגון החשאי.

ניקיטה נאלצת לצאת למשימה שהכתיבה לה אמנדה, אך למרות כל נסיונותיה למשוך זמן ואף שחבריה מדוויז'ן מנסים לעזור, היא מוצאת את עצמה ניצבת בפני הפתעות נוספות של אמנדה.

אחרי שהופללה ברצח הנשיאה, ניקיטה מחליטה לצאת מהמסתור. היא חוברת לשדרן חדשות שמנסה להבין מה קרה בערב ההתנקשות וניקיטה רואה בהזדמנות זאת אפשרות לנקות את עצמה.

ניקיטה הפצועה מחולצת ע"י מייקל שמביא אותה למטוס של הצוות. מייקל לא רוצה לדבר על היחסים שלו עם ניקיטה אבל מציע לה להישאר עם הצוות על מנת לסייע לה לנקות את שמה.

המתח מתגבר בין ארה"ב לפקיסטן לאחר שאמנדה שותלת ראיות שפקיסטן שכרה את ניקיטה להתנקש בנשיאה. ראיין מתחיל לחשוד בבירקוף בשל התנהגותו המוזרה.

ג'ונס לוקח את המושכות לידיו מאמנדה. הוא מתקשר לניקיטה ומציע לה ולכל הצוות עסקה. הצוות נוחת בשדה תעופה נידח בפקיסטן ופוגש בלדר סמים המבקש 10 מיליון דולרים עבור הנחיתה.

כל הצוות מגיע לבסיס צבאי בידיעה שאמנדה נהרגה ואם-די-קיי נהרסה. אמנדה מתכננת את חזרתה לחיים נורמליים עם קבלה של מדלית החירות הנשיאותית וחנינה. היא והצוות מחליטים לספר את האמת.

בפרק האחרון, אמנדה מחליטה לצאת לנקום בקבוצה. היא משאירה את הצוות בבסיס צבאי. מייקל מודיע לסנטור שרק הצוות יכול לעצור אותה והם יוצאים לפעולה. לבסוף הצבא משתלט על אמנדה - לכאורה.