Un agente della C.I.A., amico di McGarrett, viene trovato morto sulla spiaggia. La squadra inizia ad indagare e ritrova alcuni frammenti di suoi appunti.

La Five-0 si trova a indagare sul caso di un uomo che viene rapito e paracadutato da un aereo in volo.

L'ondata di calore sulle Hawaii sembra portare un aumento della criminalità. Steve e Danny, impegnati al ristorante a evitare che il cibo vada a male, vengono chiamati a indagare sulla morte di due poliziotti uccisi da Tracy Benson, una criminale che avevano arrestato per l'aggressione perpetrata nei confronti del suo amministatore di condominio.

La Five-0 indaga su un omicidio emerso per caso. Inseguendo un camion pieno di sabbia delle Hawaii rubata, un’attività multimiliardaria visto che la vendita al mercato nero frutta molti soldi oltre a ridurre il costo del cemento, il carico si rovescia in strada scoprendo il cadavere dello sconosciuto.

Jerry assieme ad alcuni amici, durante la vigilia di Halloween, torna nel campeggio che frequentava da ragazzino. Nel 1982, il piccolo Jerry aveva assistito a un omicidio mentre si trovava in questo campeggio. Ossessionato da quello che ha visto, ogni anno continua le ricerche per trovare il corpo.

McGarrett indaga sulla morte del suo ex collega nei Navy SEAL, oltrepassa il limite e quindi viene arrestato. Il collega è morto a causa di un atterraggio d’emergenza, ma la notizia positiva e che l’unico sopravvissuto è un bambino. Adam intanto è tornato a Oahu con delle notizie scioccanti sul suo matrimonio.

Nell’episodio numero 200 della serie, McGarrett indaga su un cold case degli anni 40, a cui avevano lavorato suo nonno e il famoso detective di Honolulu Chang Apana, e cerca di risolverlo. Inoltre, McGarrett e Danny si prepararono a inaugurare il loro ristorante.

Un giustiziere locale viene ucciso mentre effettua un arresto da cittadino e la Five-0 si ritrova a indagare nel mondo dei fumetti e dei supereroi per trovare l’assassino. Intanto, Adam sta per scoprire il responsabile della morte di sua sorella.

Dopo un faccia a faccia con un assassino nella propria casa, McGarrett va insieme a Joe White (la guest star Terry O’Quinn) in Montana per prepararsi a combattere contro un gruppo intenzionato a vendicarsi di una vecchia missione dei SEAL.

Ancora scossi per la morte del loro amico, Steve e Catherine (Michelle Borth), insieme a Danny, Junior, alcuni vecchi colleghi, Harry Langford (Chris Vance) e Wade Gutches (David Keith) danno la caccia all’assassino. Intanto, Tani e Grover indagano sulla scomparsa di una borsa contenente ossa umane custodita in un box abbandonato all’interno di un deposito.

McGarrett e la Five-0 aiutano Danny e Rachel (Claire van der Boom) indagando sulle dinamiche del grave incidente d’auto in cui è rimasta coinvolta Grace (Teilor Grubbs), ricoverata in condizioni critiche. Intanto, Tani assiste Koa (Kunal Sharma) nelle ricerche di una paziente della clinica di riabilitazione.

Adam, Junior e Tani si spingono sul fondo dell’Oceano Pacifico per indagare su un omicidio avvenuto in un laboratorio sottomarino. L’assassino potrebbe ancora essere al suo interno.

Mentre indagano sull'omicidio di un amico di Flippa, McGarrett e Grover scoprono che sull'isola sta per verificarsi un attentato da parte di un gruppo di estremisti. Inoltre, Grover mostra un interesse personale per il caso.

Un pericoloso uragano si abbatte su Oahu e la Five-0 ha il compito di proteggere El Diablo (Raoul Trujillo), un serial killer nelle mani della giustizia finito nel mirino di un assassino. Intanto, Tani corre un grosso rischio mentre esegue i controlli di sicurezza in balia della tempesta, e Rachel e Charlie si rifugiano a casa di Danny, dove gli ex coniugi ricordano il passato.

Quando la miglior venditrice di un’azienda di prodotti di bellezza basata su un sistema piramidale viene uccisa, la Five-0 indaga sulla lunga lista di persone che potrebbero averla voluta morta. Intanto, Adam diventa amico di un senzatetto che non vede la famiglia da tempo.

Junior deve decidere fra i suoi doveri di agente della Five-0 e i sentimenti che nutre per la sua ex, quando scopre che il suo nuovo compagno, da cui la donna ha un figlio, è uno dei responsabili di una rapina in banca sfociata in un omicidio.

Tani e Junior vanno sotto copertura in una palestra per rintracciare una partita mortale di steroidi, prima che mieta altre vittime. Intanto, Danny e McGarrett fanno da guardie del corpo all'ex suocera sofisticata di Danny, Amanda Savage (Joan Collins), famosa scrittrice di romanzi rosa con cui non è mai andato d'accordo.

La Five-0 indaga sull’omicidio di un lavavetri e scopre che la vittima in realtà è un famoso artista di strada che potrebbe essere stato ucciso per ragioni politiche. Intanto, Grover e Adam indagano sull’uccisione di un giocatore d’azzardo e Junior dà sostegno a suo padre mentre affrontano il ricordo della morte di sua sorella.

La Five-0 deve trovare una ragazzina che ha acquistato una pistola da un tossicodipendente e scopre che l’arma, nel corso di diversi decenni, ha segnato anche le loro vite.

La Five-0 indaga sull’omicidio di un uomo. Il suo cadavere potrebbe contenere la soluzione di un caso di 20 anni prima che coinvolge una ragazza rapita il cui padre non ha mai smesso di cercarla.

Mentre Adam indaga sull'omicidio di un agente dell'FBI sotto copertura che sta per sposare la figlia di un leader della Yakuza, Noelani viene tenuta in ostaggio e costretta, insieme al suo mentore, la dottoressa Chu (Page Leong), ad operare un criminale sotto la minaccia di una pistola.

McGarrett aiuta la sorella Mary (Taryn Manning) a spiare i suoi loschi vicini. Nel frattempo, la Five-0 indaga sull’omicidio di un conducente e del suo passeggero. Inoltre, la squadra prende in giro i suoi membri più giovani quando Junior accompagna Tani a un matrimonio.

L’hacker in fuga Aaron Wright (Joey Lawrence) si rifà vivo per chiedere aiuto alla Five-0 quando i suoi colleghi della NSA, per cui ha lavorato, vengono assassinati. Inoltre, Junior parla durante l’udienza per la libertà vigilata del conducente ubriaco che ha ucciso sua sorella.

Nell’ultimo episodio della nona stagione, la Five-0 continua a dare la caccia al criminale in fuga Aaron Wright (Joey Lawrence), prima che possa vendere armi informatiche al miglior offerente. Inoltre, le vite di McGarrett e dei membri del team sono in pericolo quando un visitatore si presenta al quartier generale per fare ammenda.