En el comienzo de temporada, MacGarret y Danny reclutan a Tani Rey para el equipo de acción cuando un diabólico Hacker libera de prisión a un pirómano.

McGarrett y el equipo trabajan con un perro policía herido que es el único testigo de una redada de droga fallida. Además, McGarrett recibe la visita Junior Reigns, un ex SEAL, que está interesado en unirse al equipo.

El equipo pide ayuda a un viejo amigo cuando el jefe de una importante familia de delincuentes es asesinado, desencadenando asesinatos por venganza en toda la isla. Además, MacGarrett y Danny comienzan ultimar detalles para su nuevo proyecto de restauración.

Las vidas de los informantes del equipo están en peligro cuando el sistema HPD es pirateado y uno termina muerto, obligando a McGarrett a pedir ayuda al hacker Aaron Wright, a quien acaba de encarcelar.

En Halloween, el equipo debe investigar una serie de asesinatos que reflejan historias del conocido folclore hawaiano. Además, Grover visita a un hombre a escasas horas de su ejecución que puede tener la llave de un caso que ha atormentado a Grover durante años.

El asesinato de dos turistas lleva al equipo hasta un hombre que sufre de trastorno de personalidad múltiple, con una faceta violenta y otra infantil. McGarrett es acompañado en el caso por un experto en el manejo del estrés, a quien Danny y los otros han contratado para ayudarle a manejar su salud.

Junior y Adam respaldan a McGarrett cuando esta teniendo lugar el atraco a un banco y Steve comete un error fatal. Además, Adam se ve obligado a enfrentar un hogar vacío sin Kono.

McGarrett se hace pasar por un piloto para investigar la causa de un choque de un avión que derivó en una muerte durante una carrera en el aire.

Mientras investigan un yate abandonado a la deriva, McGarrett, Danny, Tani y Junior están expuestos a un arma biológica mortal y el resto del equipo dispone de ocho horas para encontrar un antídoto.

Cuando Danny recibe un disparo mientras está en cuarentena en el hospital con McGarrett, Tani y Junior, queda inconsciente y se aferra a la vida, imaginando un futuro para todos en dentro del equipo.

Es Nochebuena y Danny le cuenta a Charlie una historia antes de irse a dormir sobre un caso reciente con criminales disfrazados de Santa y un milagro navideño.

Cuando un agente del FBI implicado en la investigación del crimen organizado es asesinado, McGarrett reúne a todos los criminales relacionados con pandillas en la isla para encontrar al culpable. Además, McGarrett le asigna a Adam la tarea de formar una nueva división dentro del equipo para enfrentarse al crimen organizado.

Cuando un hombre acusado de matar a su mujer amenaza con suicidarse, Grover revela cómo él también estuvo a punto de quitarse la vida.

Cuando el cadáver de un contrabandista de diamantes desaparece de su tumba, el equipo rastrea a su compañero, Voss, que no se detendrá ante nada para recuperar su último lote de contrabando. Además, Adam recluta a un nuevo informante confidencial, Jessie Nomura; Tani recibe una llamada devastadora; y McGarrett le encarga a Pua que encuentre las herramientas robadas.

McGarrett y Danny investigan el asesinato de un detective privado cuyo cliente fue asesinado de la misma manera, y Adam envía a Jessie a una situación peligrosa con consecuencias desastrosas. Además, el tío de Danny, Vito, llega a la ciudad para ayudar a Danny y McGarrett a poner en marcha su restaurante.

Tani y Junior van de incógnito como futuros padres para infiltrarse en una escuela privada cuyo director ha sido asesinado. Además, la vida de Adam está en peligro cuando es secuestrado y obligado a producir una gran cantidad de dinero.

La misión de Adam de acabar con el crimen organizado en la Isla se desvía cuando el gas de cloro mortal que estaba usando para atrapar a un pez grande cae en las manos equivocadas. Además, Adam comienza a dudar de la lealtad de Jessie.

La ex mujer del hombre que disparó a Danny llega a Oahu y revela cómo la protección de Danny durante una peligrosa disputa doméstica cuando estaba en Nueva Jersey ayudó a salvarle la vida. Además, Tani y Junior deben vestirse de policías durante el día, y Adam es acusado del asesinato del jefe criminal al que ha estado rastreando.

Un sicario, Leroy Davis, al que el padre de McGarrett no logró arrestar, se presenta ante McGarrett y finalmente confiesa sus crímenes y descubre dónde enterró a sus víctimas. Además, Jessie toma una decisión peligrosa que podría arruinar la vida de Adam.

Catherine Rollins recluta a McGarrett y Jerry para ayudarla a rastrear un depósito de uranio que se cree está escondido en una isla hawaiana abandonada antes de que un presunto terrorista pueda fabricar bombas con él. Además, cuando Junior cae y queda atrapado en un barranco, reflexiona sobre su relación con su padre.

Harry Langford recluta a McGarrett y Danny para localizar a Lady Sophie, una adolescente de la familia real británica que huyó bajo su protección. Además, Grover, Tani y Junior trabajan en un caso de asesinato de hace 25 años después de que una misteriosa cinta Betamax llega a la sede de 5-0.

El equipo debe ayudar a Duke después de verse obligado a robar una prueba crucial del archivo de la policía a cambio de su nieta secuestrada. Además, Jerry se infiltra en un centro de salud mental para resolver un asesinato.

McGarrett y el equipo se enfrentan a la mafia cuando un ex jefe es asesinado y la amiga de Junior, Cammy Lin, huye después de presenciarlo todo.

McGarrett se une a Junior y su equipo SEAL en una misión encubierta de alto riesgo para capturar a un objetivo difícil de alcanzar que tiene a su mentor, Joe White, como rehén. Además, Gerard Hirsch y Kamekona ayudan a Grover y Tani en un caso de asesinato que involucra obras maestras robadas por los nazis durante la Segunda Guerra Mundial y Tani hace un descubrimiento sorprendente.