Quand le 5-0 revient après être allé chercher Steve et Danny à l'hôpital, ils découvrent le corps d'un homme dans leurs bureaux. La victime qui a été étouffée avec un sac en plastique, avait une ancienne pièce d'échec dans la bouche et avait un message écrit sa chemise qui disait qu'il a été méchant. La victime est Anthony Lee Hein, un ancien pyromane. Le 5-0 retrouve dans l'appartement d'Anthony 2 clés de chambres du même hôtel. Quand ils partent les inspecter, ils découvrent les couples, qui occupaient les chambres, morts, les yeux crevés. Parallèlement, les services sociaux annoncent à Chin qu'ils ont trouvé de la famille à Sara, sa nièce qui vit avec lui depuis la mort de sa mère, à Mexico.

Le 5-0 enquête sur le meurtre de Casta Mitchell, retrouvée morte dans son appartement. Les soupçons se portent sur Harry Langford, un ancien agent britannique. Par la suite, ils se portent sur Lucky Morah, un homme d'affaires égyptien.

Alors que Alicia Brown, une ancienne psychologue du FBI à qui Steve a demandé de l'aide pour traquer le tueur en série qui a tué les couples dans les hôtels, se réveille, elle découvre un homme mort la gorge tranché dans son lit à côté d'elle. L'homme avait une autre pièce d'échec dans la bouche. La victime est Ben Rhodes, inculpé pour des délits mineurs. En même temps, le 5-0 enquête sur la mort de deux hommes dans une maison. Le propriétaire Akamu s'est fait tuer par balle et l'autre Hank Evers, un agent de la DEA, s'est écrasé sur le toit de la maison. Cela pourrait être lié à un crash d'avion de plus que le pilote a été tué par balle.

Alicia Brown a contacté Steve pour dire qu'elle pense avoir découvert qui est le tueur en série. Selon elle, il s'agit du docteur Madison Grey, la psychiatre de Philip Lau, le policier chargé d'enquêtes similaires dont le meurtre a été maquillé en suicide. Madison était aussi la psy d'Anthony Lee Hein, Ben Rhodes, Pierre Shaw et Larsen qu'elle a manipulé pour tuer. Alicia et Steve vont chez elle pour le prouver mais sont tombé dans un piège de sa part.

Quand une cache d'armes à feu est volée sur un champ de tir, le 5-0 découvre que le coupable a l'intention de faire une déclaration dramatique et potentiellement mortelle sur la violence armée. De leur côté, Kono et Adam sont enfin réunis quand ce dernier est libéré de prison.

Le 5-0 enquête sur la mort d'une vieille dame dénommée Marjorie Webb qui a appelé la police avant de mourir. D'après certaines rumeurs, la maison de Madame Webb serait hantée. De plus, avant de prendre sa retraite la victime était une célèbre médium. Parallèlement, Adam et Kono se font enlever par une bande de psychopathes qui veulent tourner leur propre film d'horreur de soir d'Halloween.

Le 5-0 doit libérer la mère de McGarrett, Doris, quand Catherine les informe qu'elle a été capturée et est sur le point d'être exécutée après avoir essayé de libérer le père emprisonné de Wo Fat. De son côté, Chin perd son appel pour différer l'adoption de Sara, et elle doit partir au Mexique.

Alors que Grace et Will sont au bal de promo de leurs lycée. Celui-ci se fait attaquer par un groupe de terroristes philippins. Il veulent mettre pression sur le consul général des Philippines dont le fils de celui-ci, Jeremy Ramos, étudie dans ce lycée. Forte heureusement, Danny se trouvait dans l'école au moment des faits.

Alors que Jerry se promène dans la rue avec Susie Freeling, une amie de Baltimore qui venait d'arriver à Hawaii, celle-ci se fait abattre par un sniper. La victime était comme Jerry une théoricienne du complot. Elle pensait avoir découvert une théorie qui a eu lieu à Hawaii dans les années 1960.

Reese Holland, un adolescent va chez une psychologue a cause de cauchemars fréquents. Celui-ci se trouve dans les bois et voit quelqu'un enterrer un corps. La psychologue conclue que ce sont pas des cauchemars mais des souvenirs. La police va dans les bois, au lieu exact où Reese voit le crime dans ses cauchemars. Sur les lieux, la police déterre un squelette. Le 5-0 enquête.

Alors que Chin fête son anniversaire, il reçoit un appel de Jorge et Maria Morales, l'oncle et la tante de Sara, qui s'occupent d'elle au Mexique. Ceux-ci l'informent que Sara s'est faite enlevée en rentrent de l'école. Le 5-0 part pour le Mexique.

Le 5-0 a découvert qui a enlevé Sara. C'est Carlos Diego, un chef de cartel mexicain. Il veut se venger du 5-0 qui a tué son frère Victor lors d'une descente de police à Honolulu. Chin s'est proposé de se faire capturer en échange de la liberté de Sara. Carlos a accepté. Le 5-0 doit tout faire pour sauver Chin.

Alors que Max se prépare à dire au revoir à son ohana (famille) du 5-0, ils doivent enquêter sur un meurtre lors d'une convention policière sur l'île.

Le 5-0 doit s'élever contre un agressif Marshall des États-Unis, Lincoln, lorsqu'un homme recherché pour meurtre échappe à sa capture et demande l'asile dans les terres souveraines appartenant à la Nation d'Hawaï.

Alors que Will et Grace sont sur leurs téléphones, ils découvrent la photo d'un homme mort suspendu par les pieds sur les réseaux sociaux. L'homme est pendu à la marina. La victime est Sam Harrison, un riche touriste de Pennsylvanie. Lou et Kono enquêtent. Parallèlement, le corps d'une femme a été rejeter par la marée. La victime est une parfaite inconnue mais elle a un tatouage. Celui-ci ressemble a ceux de la Shoah utiliser sur les juifs par les nazis dans les camps durant la seconde guerre mondiale. La problème c'est que cette femme a seulement la trentaine. Steve et Chin sont sur cette affaire.

Alors que Kono, Chin et Lou enquête sur le meurtre d'un jeune homme à l'issue d'une soirée arrosée en discothèque, Danny et McGarrett prennent séparément une journée de congés avec leur petite amie pour la Saint-Valentin mais se retrouvent à la fêter à quatre, ensemble.

McGarrett et le 5-0 se retrouvent une nouvelle fois empêtrés dans les jeux de l'esprit tordu de la tueuse en série, le Dr. Madison Grey quand celle-ci débarque en titubant au HPD couverte de sang correspondant à celui d'Alicia Brown, et prétend être amnésique tout en disent être Lauren Parker, une touriste du Wisconsin.

McGarrett et Danny ont finalement retrouvé l'uranium manquant, qui a servi à construire une bombe située au milieu de la jungle. Maintenant, ils doivent soigneusement extraire l'explosif instable à travers un terrain traître avant qu'il n'explose.

McGarrett et Kono soupçonnent qu'une jeune fille sexuellement abusée ne soit la victime d'une bande de trafic sexuel sur l'île.

A côté, Chin et Grover enquêtent sur un meurtre dans un sombre établissement.

Five-0 helps PI Harry Brown work the case of a kidnapped wealthy woman whose husband may have something to hide. Also, Rachel tells Danny that she is getting a divorce from Stan.

McGarrett and Five-0 are captured and face certain death after tracking a dangerous nemesis to the Island of Lanai. Also, Grover takes his son to Chicago where he testifies against a dirty cop from his past.

While working the murder case of one of the last survivors of the USS Arizona, McGarrett learns about his grandfather's important role at Pearl Harbor. Also, Adam uncovers bone fragments at his new construction job and asks Jerry to help him discreetly investigate.

Danny protects a coma patient showing signs of waking who was the key witness from his last HPD case before he met Steve and joined Five-0.

When McGarrett gets a tip that someone is plotting a terrorist attack on Oahu, Five-0 searches for those behind it before it’s too late. Also, Chin and Abby have a very difficult decision to make.

McGarrett risks his life when Five-0 attempts their most dangerous rescue yet of young girls trapped in the sex trafficking ring they have been tracking this year. Also, Kono, deeply affected by the case, makes a life-changing decision.