Le Hawaii 5-0 enquête sur le meurtre d'un écrivain faisant des recherches sur les derniers pirates sévissant dans le Pacifique en 1880. Le vol d'un tableau au même moment serait lié à la recherche de leur trésor. Les agents ignorent que, pendant ce temps, Kono et Adam ont été pris en otage pendant leur lune de miel par Gabriel pour récupérer l'argent des Yakusa…

Une équipe de déminage, dépêchée après un appel anonyme, s'avère la véritable cible d'une bombe. Alors qu'une nouvelle alerte est donnée, McGarrett et son équipe découvrent une vidéo menaçant d'autres explosions si l'incendiaire Jason Duclair, arrêté par le 5-0 quelques mois plus tôt, n'est pas libéré de prison. Par ailleurs, Adam commence sa convalescence à domicile, mais Kono s'aperçoit rapidement qu'ils sont surveillés…

La mort accidentelle d'un plongeur avec un pistolet trouvé au fond de l'Océan conduit le 5-0 à un autre corps, tué par la même arme. Deux Yakuzas sont retrouvés morts dans une voiture devant le domicile de Kono et Adam ; ces meurtres étant directement liés à Gabriel. Par ailleurs, McGarrett est prêt à demander Catherine en mariage, encore faut-il qu'elle reste à ses côtés…

Le corps d'un magnat de l'immobilier qui avait disparu de la circulation depuis plus de 20 ans est retrouvé en forêt. Reclus depuis les années 80, l'homme était sorti de sa cachette pour mener une transaction qui semble avoir tourné court à propos d'un tableau de maître… Le 5-0 fait appel à Gérard Hirsch, spécialisé dans le domaine.

Un chef d'entreprise est abattu devant sa femme et sa fille alors qu'il s'apprêtait à faire une déposition pour répondre de détournements de fonds. Le 5-0 remonte la piste du tueur à gage, membre d'un groupe de motards armés et petit ami de la fille de la victime…

Le 5-0 recherche un tueur en série après la découverte de plusieurs femmes à qui le meurtrier a prélevé des parties de leur corps. Par ailleurs, en pleine période d'Halloween, l'équipe est mobilisée sur le braquage d'un centre de don du sang…

Alors qu'il fait du camping sur une île déserte en compagnie de Lynn, une jeune femme récemment rencontrée, Steve se fait attaquer par un homme armé extrêmement dangereux. Il s'agit d'un parrain de la mafia qui veut garder son refuge secret. Parallèlement, le reste de l'équipe enquête sur l'enlèvement du père d'un joueur de football américain. Tout porte à croire qu'il s'agit d'une affaire de paris truqués.

Capturé par les yakuzas, Adam est emmené menotté dans la forêt et craint pour sa vie. Alors qu'il a réussi contre toute attente à leur échapper, il est à nouveau menacé par d'autres ennemis. Dans le même temps, l'équipe enquête sur un double meurtre commis dans la chambre d'un hôtel prestigieux. L'une des victimes est Katie Dawson, une célèbre arnaqueuse venue de Palm Springs avec son complice, Hank Weber.

Envoyés sous couverture à l'université pour résoudre le meurtre d'un professeur, Danny incarne un enseignant tandis que son neveu Éric joue l'étudiant. Par ailleurs, Steve apporte son aide à un jeune homme dont le père, tout juste sorti de prison, veut récupérer la garde…

Le 5-0 enquête sur le meurtre de Ben Nakano, le frère de Luke Nakano, un champion de boxe hawaïen. Luke va devoir affronter Devon Hayes, un champion de boxe invaincu. La veille du combat, Ben et Devon avaient eu des mots. La mort de Ben pourrait avoir un rapport avec ça. Pendant ce temps, Adam risque 18 mois de prison pour le meurtre des 2 yakuzas dans la forêt.

Steve et Danny partent pour un week-end thérapeutique destiné à renforcer leur relation professionnelle. Dans le même temps, l'équipe enquête sur la froide exécution de Remy, un ancien vendeur de drogue qui avait changé de vie depuis une dizaine d'années. Chin demande alors à Kamekona de travailler sous couverture pour coincer le tueur. De son côté, Kono rend visite à son mari en prison.

Lors d'une sortie dans la nature, un jeune garçon se faire tirer dessus, alors que son père se trouvait non loin de là. Les policiers remontent rapidement la piste d'un bunker japonais datant de la Seconde Guerre mondiale. Au cours de l'enquête, Lou et Kono remarquent que Chin et Abby Dunn se sont rapprochés l'un de l'autre. Parallèlement, Steve soutient sa tante Deb dans l'épreuve qu'elle traverse.

Lou fait cavalier seul à Chicago pour obtenir par la force les aveux de son ancien meilleur ami et équipier, Clay Maxwell, sur le meurtre de sa femme. Sur l'île, Danny et Steve font un pari avec Kono et Chin sur l'itinéraire le plus rapide pour gagner le 5-0 depuis la plage. Mais à l'arrivée, les deux cousins manquent à l'appel…

Alors que Danny passe du temps avec sa mère, tous deux sont interrogés par le FBI au sujet de son frère décédé Matthew, avec qui ils seraient entrés en contact alors qu'il était recherché par les autorités. Pendant ce temps, les agents du 5-0 enquêtent sur le meurtre d'un gardien de parking, qui les conduira jusqu'à leur ennemi juré, Gabriel Waincroft…

Sang Min est accusé d'un meurtre qu'il jure n'avoir pas commis. Steve demande à son coiffeur, ancien avocat, de le défendre. L'affaire semble compromise lorsqu'un second cadavre est retrouvé... Sang Min a-t-il été piégé, ou a-t-il assassiné ces deux hommes ?

Un homme, Tommy Luana se fait renverser par une voiture alors qu'il fuyait quelqu'un. Celui-ci est emmener à l'hôpital pour être opérer d'urgence. Mais il se fait tuer ainsi que le chirurgien et les infirmières du bloc opératoire dans la salle d'opération par une tueuse professionnelle déguisée en chirurgienne. Le 5-0 enquête.

Alors qu'un homme est retrouvé pour mort sur la côte d'Oahu, le Five-O découvre un marché d'esclave travaillant sur un bâteau de pêche illégal. Par ailleurs, alors que Danny est sorti avec les enfants, sa voiture est volée. Il ordonne au chauffeur de bus dans lequel ils sont, de suivre sa voiture lorsqu'il voit les deux voleurs au volant.

Alors qu'il vient de croiser un de ses anciens contacts, Lou disparaît avec sa famille et ne donne plus aucune nouvelle.

Un éléphant disparaît d'un cirque et se balade librement sur l'île. Lors de leur enquête sur un cambriolage suivi d'un meurtre, le 5-0 découvre qu'une combinaison d'Iron man à 80 millions de dollars a disparu.

Pendant ce temps, la petite sœur de Jerry lui rend visite, et Kono découvre que Gabriel est venu voir Adam en prison.

Un car de prisonnier est détourné et a un accident en plein milieu de la jungle hawaïenne. Alors qu'elle enquête pour découvrir qui est encore en vie, l'équipe découvre que certains détenus se sont évadés. Adam fait partie du lot.

Une baby-sitter est enlevée, et le bébé qu'elle surveillait est laissé sur place. L'équipe du 5-0 doit découvrir les motifs du kidnapping avant de pouvoir la retrouver. Kamekona s'est acheté un bateau pour lancer une nouvelle affaire.

Alors qu'il inspecte une scène de crime, Hirsch se retrouve nez-à-nez avec le présumé meurtrier d'une femme. Kono est alors désignée pour assurer sa protection à domicile, ce qui ne l'enchante guère. Les enquêteurs découvrent bientôt que l'activité professionnelle de la victime était une couverture. L'affaire se complique un peu plus lorsque la fille de la défunte affirme que son père est Gabriel Waincroft.

McGarrett et son équipe se rendent dans un squat où plusieurs victimes par overdose ont été trouvées. Sur place, ils ont la surprise de trouver Gabriel Waincroft, blessé par balle quelques heures auparavant par une jeune droguée. C'est alors qu'une bande de criminels à la solde de Shioma fait irruption dans le bâtiment où se trouve Steve et ses coéquipiers. Alerté, Grover intervient, épaulé par le Swat.

McGarrett s'inquiète de la multiplication des morts de jeunes gens par overdose à Hawaii où le trafic de drogue s'intensifie. Il décide alors de tout mettre en œuvre pour identifier les responsables de cette recrudescence. Avec Danny, il se fait passer pour un pilote et son mécanicien pour entrer en contact avec les trafiquants. Mais l'opération tourne mal et Steve est sérieusement blessé.