Five-0’nun yakalamaya çalıştığı bir terörist, silah haline getirilmiş uçakları sivillere karşı kullanmaya başlayınca Oahu adası karantinaya alınır. Bu sırada, McGarrett ve Danno beşinci sezonun ilk bölümünde zorunlu bir psikiyatrist görüşmesine gitmek zorunda kalır. Görüşme daha çok çift terapisine benzemektedir.

Üç kadın hırsızın bir gezi otobüsü soygunu sırasında bilmeden çaldıkları bir şey, onları önemli bir hedef haline getirir. Olayı Five-0 soruşturmaktadır. Bu sırada Danny, kardeşinin hayatını kurtarabilmek için, kaçırılmadan önce sakladığı milyonları aramaktadır.

Detroitli bir keskin nişancı, meslektaşlarından biri tarafından Oahu sokaklarında öldürülmüştür. Katilin beklenmedik cinayet sebebi Five-0’yu şaşırtacaktır. Bu sırada Chin, Danny'nin kardeşinin hayatını kurtaracak parayı bulabilmek için kariyerini riske atar.

Babasının ölümünün dördüncü yıl dönümünde McGarrett bir kadınla tanışır ve kadın, babasının ölmeden önce üzerinde çalıştığı çözülmemiş son davayı tekrar açmasına yardımcı olur.

Cadılar Bayramı zamanıdır ve Five-0, bir klasik bir korku filminde işlenen cinayetleri kopyalayan bir seri katilin izini sürmektedir. Bu arada, McGarrett, takip ettiği kalpazanlar tarafından kaçırılan Jerry'ye yardım etmelidir.

McGarrett, Wo Fat tarafından kaçırılır ve 100. bölümde, farklı yollar izlemiş olsalardı ekibin başına neler gelebileceğini görür.

Ekip bir çiftin cinayetini araştırmaktadır ve aslî şüpheliler çiftin oğullarıdır. McGarrett, Deb Teyze’nin yeni nişanlısı ile adaya geri dönmesine çok şaşırır.

Hawaii'de Noel gelmiştir ve Max, bir kovboyun zehirlenmesi davasında Big-Island'daki rakip bir adli tabiple çalışmak zorundadır. Five-0 bu nedenle oraya gider. Bu arada, McGarrett, Danny'ye bir Noel ağacını çalması için baskı yapar.

Five-0 gizli bir şekilde eskort olarak çalışan bir genç kadının cinayetini çözmek için eski bir özel dedektifle bilrikte çalışmak zorunda kalır.

Bir turist farkında olmadan çalıntı bir Van Gogh tablosunu valizinde taşımış ve öldürülmüştür. Davayı araştıran Kono ve Chin kılık değiştirerek paha biçilemez sanat eserlerinin alınıp satıldığı kara borsa dünyasına girerler ve rehin alınırlar. Ayrıca, McGarrett, Demir Şef Masaharu Morimoto'dan, Kamekona'nın bir karides pişirme yarışmasında Şef Sam Choy'yu yenmesine yardımcı olmasını ister.

Bir beyin cerrahının, ameliyata girmeden hemen önce suikaste uğraması, Five-0’nun 40 yıl önce bir ıslahevindeyken ortadan kaybolan 4 çocukla ilgili tüyler ürpertici gerçeği ortaya çıkarmasını sağlar. Ayrıca, McGarrett’ın arabası, beklenmedik bir zanlı tarafından çalınır.

Bulaşıcı ve öldürücü bir kuş gribi virüsü taşıyan bir hasta kaçırılır, kaçıranlar virüsü silaha dönüştürmek istemektedir. Five-0 suçluları bulmalıdır.

Five-0 ünlü ve gizemli bir suçlunun peşindedir. Kono olaydaki tek tanıklarını korurken, suçlunun gerçek kimliğini keşfeder ve hayatını kurtarmak için mücadele etmek zorunda kalır. Ayrıca, Kono Adam'a, Adam’ın yolsuzluğa bulaşmış aile şirketiyle olan bağları nedeniyle, gelecekleri konusunda emin olamadığını itiraf eder.

Bir gazeteci öldürülmüştür ve Five-0, onun yaptığı haberleri, öldüğü varsayılan ancak Oahu’da yaşamını sürdürmekte olan Kongolu bir diktatörü yakalamak için kullanır. Ayrıca Sevgililer Günü yaklaşmaktadır ve Danny, Grace'in bir çocuğa yazdığı mesajlar kazayla kendi cep telefonuna geldiğinde aşırı tepki verir.

Five-0, Oahu'daki çiftleri hedef alan seri bir kundakçıyı bulmak için bir Kaliforniya ATF Ajanınından yardım alır. Bu arada, Danny Amber’ı romantik bir kaçamak yapmak için tatile çıkarır ancak Amber’ı geri kazanmak isteyen istismarcı eski kocası onların peşine düşer.

McGarrett ve Danny, bir elmas soygunu sonrasında kaçan bir kadının evini gözetlemekle görevlidir. Bu sırada ilişkilerini geliştirmek için çalışırlar.

Danny ve Chin'in geçmişteki geniş çaplı görev ihlalleri nedeniyle tutuklanması üzerine McGarrett, Joe’dan yardım ister.

McGarrett ve Odell, bir çete tarafından kovalanan genç bir adamı korumaya çalışırken, kuşatma altında kalırlar. Ayrıca, Jerry haksız yere bir dizi haneye tecavüz vakasıyla suçlanmaktadır.

Grover'ın en eski ve en yakın arkadaşı, eşinin uçurumdan düşerek ölmesine şahit olduğunu söyler. Grover'ın içgüdüleri ona olayın kaza olmadığını söylemektedir. Ayrıca, Danny ve Dr. Shaw, asansöre kalırlar ve yanlarında otopsi yapılması gereken bir ceset vardır.

Elvis benzerleri toplantısında bir sanatçı öldürülür ve cesedi çalınır. Five-0, elmasların kurbanın kostümüne dikilerek saklanan elmasları çalan suçluları bulmalıdır. Ayrıca, Gabriel Waincroft, Chin'den adadan ayrılmasına yardım etmesini istemek üzere geri döner.

Üç evli erkeğin kaldığı bir otel odasında, bir kadın ölü bulunur ve Five-0, katili bulabilmek için, çılgın bir gece geçiren üç arkadaşın akşam ne yaptıklarını hatırlayacak kadar ayılmalarına yardım etmek zorunda kalır. Ayrıca Jerry, Oahu caddelerinde bir kadının kaçırılmasına tanıklık eder.

Kono, annesinin onuruna Hawaii adalarının etrafında tek başına bir geziye çıkar. Bu sırada bir fırtınaya yakalanır ve hayatı tehlikeye girer. Five-0 Kono’yu aradığı sırada, uyuşturucu üretirken yakalanan ve eğer devam etmezse oğlunu öldürmekle tehdit edildiğini iddia eden bir adamı soruşturmaktadır.

Five-0 Hawaii'de bir kaçağı yakaladıktan öldürülen bir ödül avcısının cinayetini araştırırken, Rachel da Danny’ye uzun süredir sakladığı ve ciddi sonuçlar doğurabilecek bir sırrını anlatır. Kono'nun düğünü yaklaşırken, Chin McGarrett ile beşinci sezon finalinde Adam’ın hala Yakuza ile birlikte çalıştığına dair endişelerini paylaşır.

Kono ve Adam'ın düğününu öncesinde Five-0, çalıntı bir nükleer bombanın adada bir yerlerde olduğu ve patlatılmak üzere olduğunu öğrenir. Ayrıca Catherine'in Hawaii'ye dönüşü ve Chin'in Adam'ı Yakuza ile bağlantısını sürdürmekle suçlaması McGarrett'ı şaşırtacaktır.