Le 5-0 est à la poursuite d’un terroriste qui utilise des drones armés sur des civils. Parallèlement, McGarrett et Danno sont obligés de suivre une thérapie qui ressemble beaucoup à celles destinées aux couples

Le 5-0 mène l'enquête quand une jeune fille d'un Navy Seal, actuellement en mission top-secrète, est kidnappée. Pendant ce temps, avec la vie de son frère en jeu, Danny doit trouver 18.5 millions de dollars pour les rapporter aux ravisseurs.

Le 5-0 enquête sur trois femmes qui, lors d'un braquage dans un bus touristique, ont dérobé quelque chose, et dont elles ignorent que ça fait d'elles une cible sérieuse. Pendant ce temps, Danny est toujours à la recherche des millions cachés par son frère en vue des les échanger contre sa liberté.

Alors qu'un tueur à gage qui a frappé à Detroit est éliminé par l'un de ses confrères dans les rues d'Oahu, le 5-0 est sous le choc quand il apprend le mobile très surprenant du tueur. Pendant ce temps, Chin met sa carrière en jeu pour aider Danny à obtenir l'argent dont il a besoin pour sauver la vie de son frère.

Pour commémorer le quatrième anniversaire de la mort de son père, McGarrett fait la rencontre d'une femme qui l'aide à rouvrir la dernière affaire non résolue sur laquelle travaillait son père avant sa mort.

C'est halloween et le 5-0 est à la recherche d'un serial killer qui copie les meurtres décrits dans un film d'horreur culte. Pendant ce temps, McGarrett doit aider Jerry après que ce dernier ait été enlevé par les contrefacteurs qu'il a poursuivi.

Lorsque McGarrett est kidnappé par Wo Fat, il imagine ce qui se serait passé pour l'équipe s'ils avaient pris un chemin totalement différent de l'actuel.

Alors que l'équipe mène l'enquête sur l'assassinat d'un couple dans laquelle leurs fils sont les principaux suspects, McGarrett est sous le choc d'apprendre que sa tante Deb revient sur l'île avec son nouveau fiancé.

Un citoyen meurt sur un site de simulation d'exploration de Mars, situé à Hawaii. Arrivé sur les lieux pour procéder à un examen préliminaire, Max a la désagréable surprise de tomber sur un confrère avec qui il ne s'entend pas. La victime ayant été empoisonnée, tous deux vont devoir identifier le poison tandis que le reste de l'équipe enquête dans le milieu du rodéo auquel la victime appartenait…

Une jeune femme de 22 ans a été jetée à la marina après avoir été tuée à bout portant. En investiguant, Steve et Danny tombent sur un détective privé et ami du père de la victime. Ce dernier était en réalité un service d'escortes girls. L'enquête se focalise alors sur les derniers clients et l'ex-fiancé de la victime…

Un voleur d'oeuvres d'art dissimule un tableau de Van Gogh dans le bagage d'un touriste venu à Hawaii en famille. Le 5-0 collabore avec Nicole Booth, une enquêtrice d'assurance qui les dirige vers un expert en art facilitant les transactions llicites. Kono et Chin Ho s'infiltrent alors à une convention réunissant les collectionneurs les plus riches du monde.

Une neurochirurgienne est assassinée alors qu'elle était sur le point d'opérer le mafieux Paul Delano, connu du 5-0 pour avoir tué la femme de Chin Ho. Lorsqu'un autre prisonnier et patient du docteur est abattu à son tour, l'enquête conduit Steve et son équipe vers une histoire survenue il a y 40 ans…

Joe White escorte sous haute protection à Hawaii un spécialiste dans la gestion des urgences pour l'Air Force qui a été contaminé par une souche mortelle de grippe aviaire. Le convoi est alors attaqué et le patient enlevé, ce qui représente un cas de sécurité nationale. Le 5-0 n'a que très peu de temps pour empêcher les mercenaires de transformer le virus en arme…

JC Dekker, ancien détenu, est blessé par balle en essayant d'escalader les grilles d'une prison. L'homme était l'indic de l'agent Jeff Morrison et tous deux travaillaient depuis plusieurs mois à coincer un mafieux bulgare dont le visage reste inconnu. Le problème est que Dekker a perdu la mémoire alors qu'il est le seul à pouvoir identifier le caïd…

Un journaliste indépendant ayant couvert plusieurs zones de combats a été assassiné à Hawaii. L'homme, qui se savait pourchassé, avait rédigé des messages cryptés sur son torse permettant au 5-0 de remonter jusqu'à un seigneur de guerre congolais protégé par un membre du département d'état américain…

Le 5-0 collabore avec l'agent Kathy Millwood pour arrêter un incendiaire en série, qui enferme ses victimes avant de mettre le feu à leur maison. De son côté, Danny s'accorde un week-end avec sa petite amie Amber, ignorant son ex-compagnon violent la recherche dans l'île…

Un ancien membre des forces spéciales serbes abat l'agent de sécurité d'une bijouterie pour dérober des diamants avant de se faire tirer dessus par sa complice. Alors qu'ils sont en pleine thérapie sur leur relation professionnelle, Danny et McGarrett mettent en place une surveillance de l'appartement de la jeune femme qui va durer plusieurs jours…

Danny est arrêté par l'agent de la CIA Rex Coughlin pour le meurtre de Marco Reyes en Colombie, où il doit être extradé. Accusé de complicité de meurtre, Chin Ho tombe sous le coup de l'inspecteur des affaires internes, Sam Alexander. Aidé par Joe White, McGarrett fait tout son possible pour obtenir la libération des deux agents…

La femme du meilleur ami de Lou fait une chute mortelle en tombant d'une falaise. Si tout indique qu'il s'agit d'un accident, Grover ressent l'intime conviction que Clay a maquillé le meurtre de son épouse. Par ailleurs, Danny et le Dr Shaw se retrouvent piégés dans un ascenseur avec un corps à autopsier…

Jerry et Max participent à une conférence réunissant les fans d'Elvis Presley et assistent, impuissants, à la mort d'un sosie en pleine prestation, empoisonné au cyanure. Si les agents du Hawaii 5-0 obtiennent rapidement les aveux d'une fan, l'affaire prend une autre tournure lorsque trois hommes armés viennent s'emparer du corps pour le dépouiller de son costume de scène…

Trois amis comptables, en visite à Hawaii sans leurs familles, se réveillent dans leur chambre d'hôtel avec le cadavre d'une jeune femme dans leur baignoire. Incapables de se souvenir de leur fin de soirée, ils ne peuvent que compter sur le 5-0 pour reconstituer leur alibi. Par ailleurs, Jerry mène l'enquête après avoir assisté au kidnapping d'une femme en pleine rue…

Kono entreprend un voyage en solitaire sur un canoë mais se retrouve rapidement en détresse lorsqu'elle est prise dans une tempête et perd son embarcation. Pendant ce temps, sur l'île, le 5-0 enquête sur une série de braquages commis dans des pharmacies. Les braqueurs volent des médicaments afin de fabriquer de la méthamphétamine...

Après l'assassinat d'un chasseur de prime, le 5-0 pourchasse le fuyard : un ancien flic impliqué dans les meurtres de trois jeunes femmes. Par ailleurs, alors que sa cousine Kono est sur le point d'épouser Adam, Chin Ho le soupçonne toujours d'être proche des Yakusa, et Danny apprend qu'il est père d'un second enfant…

À l'approche du mariage entre Kono et Adam, le 5-0, aidé de Catherine, doit retrouver une bombe nucléaire volée en Dakota du sud et arrivée à Hawaïi par avion. Le suspect, recalé après voulu intégrer l'armée suite aux attentats du 11 septembre, serait sur le point de revendre l'arme à un terroriste d'Al Quaïda présent sur l'île…